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JAL-2189 format help
[jalview.git] / help / html / io / tcoffeescores.html
diff --git a/help/html/io/tcoffeescores.html b/help/html/io/tcoffeescores.html
index 1e8ddc2..08d1889 100644 (file)
--- a/help/html/io/tcoffeescores.html
+++ b/help/html/io/tcoffeescores.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
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  * 
@@ -23,14 +23,24 @@
 <title>T-COFFEE Annotation Scores</title>
 </head>
 <body>
-<p><strong>Loading and viewing T-COFFEE Annotation Scores</strong></p>
-<p>T-COFFEE score files like the <a href="#tcoffeeeg">one below</a> can be displayed on the alignment using the <strong><em>Colours&rarr;T-COFFEE Scores</em></strong>
-or <strong><em>Colour &rarr; <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour by Annotation</a></em></strong> options.</p>
-<img src="../colourSchemes/colbytcoffee.png"/>
-<p><strong><a name="tcoffeeeg">Example T-COFFEE Score file</a></strong><br/>
-T-COFFEE score files like the one below can be dropped directly onto the corresponding alignment to visualize alignment confidence scores.
-</p>
-<pre>
+  <p>
+    <strong>Loading and viewing T-COFFEE Annotation Scores</strong>
+  </p>
+  <p>
+    T-COFFEE score files like the <a href="#tcoffeeeg">one below</a> can
+    be displayed on the alignment using the <strong><em>Colours&rarr;T-COFFEE
+        Scores</em></strong> or <strong><em>Colour &rarr; <a
+        href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour
+          by Annotation</a></em></strong> options.
+  </p>
+  <img src="../colourSchemes/colbytcoffee.png" />
+  <p>
+    <strong><a name="tcoffeeeg">Example T-COFFEE Score file</a></strong><br />
+    T-COFFEE score files like the one below can be dropped directly onto
+    the corresponding alignment to visualize alignment confidence
+    scores.
+  </p>
+  <pre>
 T-COFFEE, Version_9.02.r1228 (2012-02-16 18:15:12 - Revision 1228 - Build 336)
 Cedric Notredame 
 CPU TIME:0 sec.