JAL-1432 updated copyright notices
[jalview.git] / help / html / keys.html
index 586f436..1c0ffc8 100755 (executable)
@@ -1,4 +1,22 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+-->
 <head><title>Key Strokes</title></head>
 <body>
 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
@@ -21,19 +39,22 @@ Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
 <td>The Panic button.</td></tr>
 <tr> -->
-  <tr><td><strong> Escape</strong></td>
-  <td>Normal</td>
-  <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted 
-    residues. </td>
+  <tr> 
+    <td><strong> Escape</strong></td>
+    <td>Normal</td>
+    <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted 
+      residues. </td>
   </tr>
   <tr> 
     <td><strong>Escape</strong></td>
     <td>Cursor</td>
-    <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td></tr>
+    <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
+  </tr>
   <tr> 
     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
     <td>Both</td>
-    <td>Show Help Documentation</td></tr>
+    <td>Show Help Documentation</td>
+  </tr>
   <tr> 
     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
     <td></td>
@@ -52,36 +73,53 @@ Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
   <tr> 
     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
     <td>Normal</td>
-    <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td></tr>
+    <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
+  </tr>
   <tr> 
     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
     <td>Normal</td>
-    <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td></tr>
-  <tr><td><strong>Cursor Keys<br>
-    (Arrow Keys)</strong></td>
+    <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
+  </tr>
+  <tr> 
+    <td><strong>Left Arrow</strong></td>
+    <td>Normal </td>
+    <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
+  </tr>
+  <tr> 
+    <td><strong>Right Arrow</strong></td>
+    <td>Normal</td>
+    <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
+  </tr>
+  <tr> 
+    <td><strong>Cursor Keys<br>
+      (Arrow Keys)</strong></td>
     <td>Cursor</td>
     <td>Move cursor around alignment</td>
   </tr>
-  <tr><td><strong>Page Up</strong></td><td>Both</td><td>Scroll up the alignment view</td></tr>
-  <tr><td><strong>Page Down</strong></td><td>Both</td><td>Scroll down the alignment view</td></tr>
+  <tr> 
+    <td><strong>Page Up</strong></td>
+    <td>Both</td>
+    <td>Scroll up the alignment view</td>
+  </tr>
+  <tr> 
+    <td><strong>Page Down</strong></td>
+    <td>Both</td>
+    <td>Scroll down the alignment view</td>
+  </tr>
   <tr> 
     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
     <td>Both</td>
     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
   </tr>
-  <tr>
-  <td><strong>Control 'I'</strong></td>
-  <td>Both
-  </td>
-  <td>Invert sequence selection.
-  </td>
+  <tr> 
+    <td><strong>Control 'I'</strong></td>
+    <td>Both </td>
+    <td>Invert sequence selection. </td>
   </tr>
-  <tr>
-  <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
-  <td>Both
-  </td>
-  <td>Invert column selection.
-  </td>
+  <tr> 
+    <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
+    <td>Both </td>
+    <td>Invert column selection. </td>
   </tr>
   <tr> 
     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
@@ -92,16 +130,16 @@ Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
   <tr> 
     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
     <td>Both</td>
-    <td>
-    Paste the contents of the clipboard to the current alignment
-    window. (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br>
-    <em>nb. if the paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment 
-    annotations will also be copied over.</em></td></tr>
+    <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window. 
+      (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the 
+      paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations 
+      will also be copied over.</em></td>
+  </tr>
   <tr> 
     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
     <td>Both</td>
-    <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment
-    window. (Alignment Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
+    <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment 
+      Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
   </tr>
   <tr> 
     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
@@ -132,6 +170,11 @@ columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hi
     <td>Both</td>
     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
   </tr>
+  <tr>
+    <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
+    <td>Both</td>
+    <td>Hides everything but the current selection</td>
+  </tr>
   <tr> 
     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
     <td>Both</td>
@@ -187,14 +230,11 @@ columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hi
     <td>Both</td>
     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
   </tr>
-
   <tr> 
     <td><strong></strong></td>
     <td>Normal</td>
     <td></td>
   </tr>
-
-
 </table>
 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition