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Jalview 2.6 source licence
[jalview.git] / help / html / menus / alwcalculate.html
diff --git a/help/html/menus/alwcalculate.html b/help/html/menus/alwcalculate.html
index 6ee7ed8..451fb09 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwcalculate.html
+++ b/help/html/menus/alwcalculate.html
@@ -1,4 +1,21 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->
 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
 
 <body>
@@ -9,6 +26,9 @@
       <li><strong>by ID</strong><em><br>
         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is 
         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
+      <li><strong>by Length</strong><em><br>
+        This will sort the sequences according to their length (excluding gap characters). If the sort is 
+        repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
       <li><strong>by Group</strong><strong><br>
         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. 
         If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. 
@@ -45,6 +65,12 @@
     in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component 
     Analysis</a>.</em> <br>
   </li>
+       <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
+               <em>This option is only visible if Jalview detects one or more white-space separated values in the description line of the alignment sequences.<br>
+               When selected, these numbers are parsed into sequence associated annotation which can 
+               then be used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.</em> <br>
+       </li>
+  
   <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
     <em>For large alignments it can be useful to deselect &quot;Autocalculate 
     Consensus&quot; when editing. This prevents the sometimes lengthy calculations