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JAL-1683 replace year/version strings with tokens in source
[jalview.git] / help / html / menus / alwcolour.html
diff --git a/help/html/menus/alwcolour.html b/help/html/menus/alwcolour.html
index 10ec9c7..4c295ad 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwcolour.html
+++ b/help/html/menus/alwcolour.html
@@ -1,21 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
 
 <body>
@@ -31,7 +34,7 @@
       </em></li>
     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage 
       Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, 
-      Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, User Defined<br>
+      Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User Defined<br>
       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for 
       a description of all colour schemes.</em><br>
     </li>
@@ -56,6 +59,11 @@
       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation. 
       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>
     </li>
+    <li><strong>By RNA Helices</strong><br>
+               <em>Colours the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file. See 
+               <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA Helices
+               Colouring</a>.</em><br>
+               </li>
   </ul>
 </body>
 </html>