git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-2089 patch broken merge to master for Release 2.10.0b1
[jalview.git] / help / html / misc / aaproperties.html
diff --git a/help/html/misc/aaproperties.html b/help/html/misc/aaproperties.html
index f424fe9..51274d7 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aaproperties.html
+++ b/help/html/misc/aaproperties.html
@@ -1,30 +1,56 @@
-<html>\r
-<head><title>Amino Acid Properties</title>\r
-</head>\r
-<body><div align="center">\r
-<h1>Amino Acid Properties</h1>\r
-  <img src="properties.gif"></div>\r
-<p><br>\r
-  Adapted from Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>\r
-  "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue\r
-  Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9, 745-756. </p>\r
-<div align="center">\r
-  <table width="295" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">\r
-    <tr>\r
-      <td width="291"><pre><font size="4" face="Courier New, Courier, mono"><strong>ILVCAGMFYWHKREQDNSTPBZX-</strong>\r
-XXXXXXXXXXX&middot;ยท&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;XX Hydrophobic\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXXXXXXX&middot;XXXXX Polar\r
-&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXX&middot;&middot;XX Small\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;XX Proline\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;XX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;XX Tiny\r
-XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aliphatic\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aromatic\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Positive\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Negative\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Charged</font></pre></td>\r
-    </tr>\r
-  </table>\r
-  <pre>&nbsp;</pre>\r
-</div>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Amino Acid Properties</title>
+</head>
+<body>
+  <div align="center">
+    <h1>Amino Acid Properties</h1>
+    <img src="properties.gif"> <br>
+    <table width="295" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
+      <tr>
+        <td width="291"><pre>
+            <font size="4" face="Courier New, Courier, mono"><strong>ILVCAGMFYWHKREQDNSTPBZX-</strong>
+XXXXXXXXXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;XX Hydrophobic
+&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXXXXXXX&middot;XXXXX Polar
+&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXX&middot;&middot;XX Small
+&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;XX Proline
+&middot;&middot;&middot;&middot;XX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;XX Tiny
+XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aliphatic
+&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aromatic
+&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Positive
+&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Negative
+&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Charged</font>
+          </pre></td>
+      </tr>
+    </table>
+  </div>
+  <p>
+    <br> From Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>
+    "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical
+    Analysis of Residue Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9,
+    745-756.
+  </p>
+  <br>
+  </div>
+</body>
+</html>