JAL-2089 patch broken merge to master for Release 2.10.0b1
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index e18e273..37ae169 100644 (file)
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 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Jalview Privacy Statement</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>Privacy for Jalview Users</strong><br>
+  <p>The Jalview Desktop application which is available from the
+    www.jalview.org site does not contain code designed to collect
+    personal or private information without your consent. However, we do
+    collect usage statistics to work out who is using Jalview, so we can
+    apply for funding to support Jalview development, and make it better
+    for our users.</p>
+  <p>Usage data is collected from the logs of various web services
+    that the Jalview Desktop contacts through its normal operation.
+    These are described below:</p>
+  <ul>
+    <li><em>HTTP logs on the Jalview website</em><br> We
+      record IP addresses of machines which access the web site, either
+      via the browser when downloading the application, or when the
+      Jalview Desktop user interface is launched.<br> <br>
+      <ul>
+        <li><i>The JNLP file at
+            www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp is retrieved to
+            determine if you are running the latest version of Jalview.</i></li>
+        <li><i>The questionnaire web service at
+            www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl is checked and a
+            unique cookie for the current questionnaire is stored in the
+            Jalview properties file.</i></li>
+        <li><i>The Jalview web services stack is contacted to
+            retrieve the currently available web services. All
+            interactions with the public Jalview web services are
+            logged, but we delete all job data (input data and results)
+            after about two weeks.</i></li>
+      </ul> <br></li>
+    <li><em>Google Analytics</em><br> Since Jalview 2.4.0b2,
+      the Jalview Desktop records usage data with Google Analytics via
+      the <a href="http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/">JGoogleAnalytics</a>
+      class.<br> The Google Analytics logs for Jalview version 2.4
+      only record the fact that the application was started, but in the
+      future, we will use this mechanism to improve the Desktop user
+      interface, by tracking which parts of the user interface are being
+      used most often.</li>
+  </ul>
+  </p>
+  <p>
+    <strong>Stopping Jalview from calling home</strong><br> If you
+    run Jalview in 'headless mode' via the command line, then the
+    program shouldn't try to contact any of the web servers mentioned
+    above (if it does, then it's a bug!). You can also specify some <a
+      href="features/commandline.html">command line options</a> to
+    disable the questionnaire and usage statistics check. Finally, the <a
+      href="features/preferences.html#connections">Connections
+      Tab</a> of the Jalview preferences contains options for controlling
+    the submission of usage statistics.
+  <p>
+    <strong>Other Web Clients in Jalview</strong><br> The Jalview
+    desktop is intended to make it easier to interact with web-based
+    bioinformatics resources. However, we can't take any responsibility
+    for the integrity of any external services you might access via the
+    program. Sorry!
+  </p>
+</body>
+</html>