jalview 2.5 documentation (still)
[jalview.git] / help / html / webServices / index.html
index 6425e9c..8e785dc 100755 (executable)
 <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
 bioinformatic data retrieval and analysis.
 <ul>
-       <li>The <a href="../features/seqfetcher.html">Sequence Fetcher</a>
+       <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>
        utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval
        provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed
        Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
-       <li>The DAS Feature Fetcher enables the retrieval and
-       visualization of features from DAS annotation sources</li>
+       <li>The <a href="../features/dasfeatures.html">DAS Feature
+       Fetcher</a> enables the retrieval and visualization of features from DAS
+       annotation sources</li>
+       <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference Fetcher</a>
+       transfers database references from records available from DAS or the
+       public sequence databases.</li>
        <li>Jalview SOAP Web Services for sequence and alignment analysis
        are provided by the University of Dundee, and are available from the
        Alignment window's <strong> Web Service</strong> menu.</li>
@@ -43,12 +47,13 @@ programs. These services actually run on the cluster based in the School
 of Life Sciences, University of Dundee, and are maintained by the Barton
 group.</p>
 <p><strong><a name="envision2">Envision2 Services</a></strong></p>
-<p>Jalview 2.5 includes a client to enable the user to
-submit one or more sequences or sequence IDs to analysis workflows provided 
-by the <a href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2
-web application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore network of
-databases and analysis services developed by members of <a href="http://www.enfin.org">ENFIN</a>.</p>
-<br/>
+<p>Jalview 2.5 includes a client to enable the user to submit one or
+more sequences or sequence IDs to analysis workflows provided by the <a
+       href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2 web
+application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore
+network of databases and analysis services developed by members of <a
+       href="http://www.enfin.org">ENFIN</a>.</p>
+<br />
 <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
 <img src="clwqueued.gif">
 <p>This dialog box is displayed when a web service job is submitted.