JAL-1925 update source version in license
[jalview.git] / src / MCview / MCMatrix.java
index 2effba6..5818093 100755 (executable)
-/*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
-package MCview;\r
-\r
-public class MCMatrix {\r
-    float[][] matrix;\r
-    float[][] tmp;\r
-    float mycos;\r
-    float mysin;\r
-    float myconst = (float) (Math.PI / 180);\r
-\r
-    public MCMatrix(int rows, int cols) {\r
-        matrix = new float[rows][cols];\r
-        tmp = new float[rows][cols];\r
-    }\r
-\r
-    public void addElement(int i, int j, float value) {\r
-        matrix[i][j] = value;\r
-    }\r
-\r
-    public void print() {\r
-        System.out.println(matrix[0][0] + " " + matrix[0][1] + " " +\r
-            matrix[0][2]);\r
-        System.out.println(matrix[1][0] + " " + matrix[1][1] + " " +\r
-            matrix[1][2]);\r
-        System.out.println(matrix[2][0] + " " + matrix[2][1] + " " +\r
-            matrix[2][2]);\r
-    }\r
-\r
-    public void rotatex(float degrees) {\r
-        mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
-        mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
-\r
-        tmp[0][0] = 1;\r
-        tmp[0][1] = 0;\r
-        tmp[0][2] = 0;\r
-        tmp[1][0] = 0;\r
-        tmp[1][1] = mycos;\r
-        tmp[1][2] = mysin;\r
-        tmp[2][0] = 0;\r
-        tmp[2][1] = -mysin;\r
-        tmp[2][2] = mycos;\r
-        preMultiply(tmp);\r
-    }\r
-\r
-    public void rotatez(float degrees) {\r
-        mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
-        mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
-\r
-        tmp[0][0] = mycos;\r
-        tmp[0][1] = -mysin;\r
-        tmp[0][2] = 0;\r
-        tmp[1][0] = mysin;\r
-        tmp[1][1] = mycos;\r
-        tmp[1][2] = 0;\r
-        tmp[2][0] = 0;\r
-        tmp[2][1] = 0;\r
-        tmp[2][2] = 1;\r
-\r
-        preMultiply(tmp);\r
-    }\r
-\r
-    public void rotatey(float degrees) {\r
-        mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
-        mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
-\r
-        tmp[0][0] = mycos;\r
-        tmp[0][1] = 0;\r
-        tmp[0][2] = -mysin;\r
-        tmp[1][0] = 0;\r
-        tmp[1][1] = 1;\r
-        tmp[1][2] = 0;\r
-        tmp[2][0] = mysin;\r
-        tmp[2][1] = 0;\r
-        tmp[2][2] = mycos;\r
-\r
-        preMultiply(tmp);\r
-    }\r
-\r
-    public float[] vectorMultiply(float[] vect) {\r
-        float[] temp = new float[3];\r
-\r
-        temp[0] = vect[0];\r
-        temp[1] = vect[1];\r
-        temp[2] = vect[2];\r
-\r
-        for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
-            temp[i] = ((float) matrix[i][0] * vect[0]) +\r
-                ((float) matrix[i][1] * vect[1]) +\r
-                ((float) matrix[i][2] * vect[2]);\r
-        }\r
-\r
-        vect[0] = temp[0];\r
-        vect[1] = temp[1];\r
-        vect[2] = temp[2];\r
-\r
-        return vect;\r
-    }\r
-\r
-    public void preMultiply(float[][] mat) {\r
-        float[][] tmp = new float[3][3];\r
-\r
-        for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
-            for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
-                tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) +\r
-                    (mat[i][1] * matrix[1][j]) + (mat[i][2] * matrix[2][j]);\r
-            }\r
-        }\r
-\r
-        for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
-            for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
-                matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
-            }\r
-        }\r
-    }\r
-\r
-    public void postMultiply(float[][] mat) {\r
-        float[][] tmp = new float[3][3];\r
-\r
-        for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
-            for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
-                tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) +\r
-                    (matrix[i][1] * mat[1][j]) + (matrix[i][2] * mat[2][j]);\r
-            }\r
-        }\r
-\r
-        for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
-            for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
-                matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
-            }\r
-        }\r
-    }\r
-\r
-    public void setIdentity() {\r
-        matrix[0][0] = 1;\r
-        matrix[1][1] = 1;\r
-        matrix[2][2] = 1;\r
-        matrix[0][1] = 0;\r
-        matrix[0][2] = 0;\r
-        matrix[1][0] = 0;\r
-        matrix[1][2] = 0;\r
-        matrix[2][0] = 0;\r
-        matrix[2][1] = 0;\r
-    }\r
-}\r
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
+ * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
+package MCview;
+
+public class MCMatrix
+{
+  float[][] matrix;
+
+  float[][] tmp;
+
+  float mycos;
+
+  float mysin;
+
+  float myconst = (float) (Math.PI / 180);
+
+  public MCMatrix(int rows, int cols)
+  {
+    matrix = new float[rows][cols];
+    tmp = new float[rows][cols];
+  }
+
+  public void addElement(int i, int j, float value)
+  {
+    matrix[i][j] = value;
+  }
+
+  public void rotatex(float degrees)
+  {
+    mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
+    mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
+
+    tmp[0][0] = 1;
+    tmp[0][1] = 0;
+    tmp[0][2] = 0;
+    tmp[1][0] = 0;
+    tmp[1][1] = mycos;
+    tmp[1][2] = mysin;
+    tmp[2][0] = 0;
+    tmp[2][1] = -mysin;
+    tmp[2][2] = mycos;
+    preMultiply(tmp);
+  }
+
+  public void rotatez(float degrees)
+  {
+    mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
+    mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
+
+    tmp[0][0] = mycos;
+    tmp[0][1] = -mysin;
+    tmp[0][2] = 0;
+    tmp[1][0] = mysin;
+    tmp[1][1] = mycos;
+    tmp[1][2] = 0;
+    tmp[2][0] = 0;
+    tmp[2][1] = 0;
+    tmp[2][2] = 1;
+
+    preMultiply(tmp);
+  }
+
+  public void rotatey(float degrees)
+  {
+    mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
+    mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
+
+    tmp[0][0] = mycos;
+    tmp[0][1] = 0;
+    tmp[0][2] = -mysin;
+    tmp[1][0] = 0;
+    tmp[1][1] = 1;
+    tmp[1][2] = 0;
+    tmp[2][0] = mysin;
+    tmp[2][1] = 0;
+    tmp[2][2] = mycos;
+
+    preMultiply(tmp);
+  }
+
+  public float[] vectorMultiply(float[] vect)
+  {
+    float[] temp = new float[3];
+
+    temp[0] = vect[0];
+    temp[1] = vect[1];
+    temp[2] = vect[2];
+
+    for (int i = 0; i < 3; i++)
+    {
+      temp[i] = ((float) matrix[i][0] * vect[0])
+              + ((float) matrix[i][1] * vect[1])
+              + ((float) matrix[i][2] * vect[2]);
+    }
+
+    vect[0] = temp[0];
+    vect[1] = temp[1];
+    vect[2] = temp[2];
+
+    return vect;
+  }
+
+  public void preMultiply(float[][] mat)
+  {
+    float[][] tmp = new float[3][3];
+
+    for (int i = 0; i < 3; i++)
+    {
+      for (int j = 0; j < 3; j++)
+      {
+        tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) + (mat[i][1] * matrix[1][j])
+                + (mat[i][2] * matrix[2][j]);
+      }
+    }
+
+    for (int i = 0; i < 3; i++)
+    {
+      for (int j = 0; j < 3; j++)
+      {
+        matrix[i][j] = tmp[i][j];
+      }
+    }
+  }
+
+  public void postMultiply(float[][] mat)
+  {
+    float[][] tmp = new float[3][3];
+
+    for (int i = 0; i < 3; i++)
+    {
+      for (int j = 0; j < 3; j++)
+      {
+        tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) + (matrix[i][1] * mat[1][j])
+                + (matrix[i][2] * mat[2][j]);
+      }
+    }
+
+    for (int i = 0; i < 3; i++)
+    {
+      for (int j = 0; j < 3; j++)
+      {
+        matrix[i][j] = tmp[i][j];
+      }
+    }
+  }
+
+  public void setIdentity()
+  {
+    matrix[0][0] = 1;
+    matrix[1][1] = 1;
+    matrix[2][2] = 1;
+    matrix[0][1] = 0;
+    matrix[0][2] = 0;
+    matrix[1][0] = 0;
+    matrix[1][2] = 0;
+    matrix[2][0] = 0;
+    matrix[2][1] = 0;
+  }
+}