update author list in license for (JAL-826)
[jalview.git] / src / MCview / PDBCanvas.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index d38aa2a..987dcd1
@@ -1,20 +1,19 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
- * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
- *
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
- *
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
 package MCview;
 
@@ -28,83 +27,154 @@ import javax.swing.*;
 
 import jalview.analysis.*;
 import jalview.datamodel.*;
+import jalview.gui.*;
+import jalview.structure.*;
 
-public class PDBCanvas
-    extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener
+public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
+        MouseMotionListener, StructureListener
 {
-  MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
-  MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
   boolean redrawneeded = true;
+
   int omx = 0;
+
   int mx = 0;
+
   int omy = 0;
+
   int my = 0;
+
   public PDBfile pdb;
+
+  PDBEntry pdbentry;
+
   int bsize;
+
   Image img;
+
   Graphics ig;
+
   Dimension prefsize;
+
   float[] centre = new float[3];
+
   float[] width = new float[3];
+
   float maxwidth;
+
   float scale;
+
   String inStr;
+
   String inType;
+
   boolean bysequence = true;
+
   boolean depthcue = true;
+
   boolean wire = false;
+
   boolean bymolecule = false;
+
   boolean zbuffer = true;
+
   boolean dragging;
+
   int xstart;
+
   int xend;
+
   int ystart;
+
   int yend;
+
   int xmid;
+
   int ymid;
+
   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
+
   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
-  public Sequence sequence;
+
+  public SequenceI[] sequence;
+
   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
+
   PDBChain mainchain;
+
   Vector highlightRes;
+
   boolean pdbAction = false;
+
   boolean seqColoursReady = false;
+
   jalview.gui.FeatureRenderer fr;
+
   Color backgroundColour = Color.black;
 
-  public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
+  AlignmentPanel ap;
+
+  StructureSelectionManager ssm;
+
+  String errorMessage;
+
+  void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
+          AlignmentPanel ap, String protocol)
   {
-    this.seqcanvas = seqcanvas;
+    this.ap = ap;
+    this.pdbentry = pdbentry;
     this.sequence = seq;
-  }
 
-  public void setPDBFile(PDBfile pdb)
-  {
+    ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
+
+    try
+    {
+      pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
+
+      if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
+        pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
+
+    } catch (Exception ex)
+    {
+      ex.printStackTrace();
+      return;
+    }
+
+    if (pdb == null)
+    {
+      errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
+      return;
+    }
+    pdbentry.setId(pdb.id);
+
+    ssm.addStructureViewerListener(this);
+
+    colourBySequence();
+
     int max = -10;
     int maxchain = -1;
     int pdbstart = 0;
     int pdbend = 0;
     int seqstart = 0;
     int seqend = 0;
-    AlignSeq maxAlignseq = null;
+
+    // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
+    SequenceI sequence = seq[0];
 
     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
     {
 
-      mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
-                            ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
-                            getSequenceAsString());
-      mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
-                            ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
-                            "\n\n");
+      mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
+              + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
+                      .getSequenceAsString());
+      mappingDetails.append("\nNo of residues = "
+              + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
+              + "\n\n");
 
       // Now lets compare the sequences to get
       // the start and end points.
       // Align the sequence to the pdb
       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
-                                 ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
-                                 AlignSeq.PEP);
+              ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");
       as.calcScoreMatrix();
       as.traceAlignment();
       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
@@ -126,11 +196,11 @@ public class PDBCanvas
       {
         max = as.maxscore;
         maxchain = i;
+
         pdbstart = as.seq2start;
         pdbend = as.seq2end;
         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
-        maxAlignseq = as;
       }
 
       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
@@ -144,50 +214,18 @@ public class PDBCanvas
     mainchain.seqstart = seqstart;
     mainchain.seqend = seqend;
     mainchain.isVisible = true;
-    mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
-    mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
-    seqcanvas.getFeatureRenderer().featuresAdded();
-    this.pdb = pdb;
-    this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());
 
-    //Initialize the matrices to identity
-    for (int i = 0; i < 3; i++)
-    {
-      for (int j = 0; j < 3; j++)
-      {
-        if (i != j)
-        {
-          idmat.addElement(i, j, 0);
-          objmat.addElement(i, j, 0);
-        }
-        else
-        {
-          idmat.addElement(i, j, 1);
-          objmat.addElement(i, j, 1);
-        }
-      }
-    }
+    this.pdb = pdb;
+    this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 
     addMouseMotionListener(this);
     addMouseListener(this);
 
-    addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()
+    addKeyListener(new KeyAdapter()
     {
-      public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
+      public void keyPressed(KeyEvent evt)
       {
-        if (e.getWheelRotation() > 0)
-        {
-          scale = (float) (scale * 1.1);
-          redrawneeded = true;
-          repaint();
-        }
-
-        else
-        {
-          scale = (float) (scale * 0.9);
-          redrawneeded = true;
-          repaint();
-        }
+        keyPressed(evt);
       }
     });
 
@@ -204,6 +242,7 @@ public class PDBCanvas
   }
 
   Vector visiblebonds;
+
   void setupBonds()
   {
     seqColoursReady = false;
@@ -212,9 +251,9 @@ public class PDBCanvas
 
     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
     {
-      if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
+      if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
       {
-        Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
+        Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 
         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
         {
@@ -234,9 +273,9 @@ public class PDBCanvas
     float[] max = new float[3];
     float[] min = new float[3];
 
-    max[0] = (float) - 1e30;
-    max[1] = (float) - 1e30;
-    max[2] = (float) - 1e30;
+    max[0] = (float) -1e30;
+    max[1] = (float) -1e30;
+    max[2] = (float) -1e30;
 
     min[0] = (float) 1e30;
     min[1] = (float) 1e30;
@@ -244,9 +283,9 @@ public class PDBCanvas
 
     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
     {
-      if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
+      if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
       {
-        Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
+        Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 
         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
         {
@@ -315,9 +354,10 @@ public class PDBCanvas
       }
     }
     /*
-             System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
-             System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
-             System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/
+     * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
+     * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
+     * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
+     */
 
     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
@@ -375,25 +415,25 @@ public class PDBCanvas
 
     int bsize = 0;
 
-    //Find centre coordinate
+    // Find centre coordinate
     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
     {
-      if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
+      if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
       {
-        Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
+        Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 
         bsize += bonds.size();
 
         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
         {
-          xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
-              ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
+          xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
+                  + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 
-          ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
-              ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
+          ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
+                  + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 
-          ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
-              ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
+          ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
+                  + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
         }
       }
     }
@@ -407,19 +447,19 @@ public class PDBCanvas
   {
     super.paintComponent(g);
 
-    if (!seqColoursReady)
+    if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
     {
       g.setColor(Color.black);
       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
-      g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight() / 2);
+      g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
+              : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
       return;
     }
 
-    //Only create the image at the beginning -
-    //this saves much memory usage
-    if ( (img == null)
-        || (prefsize.width != getWidth())
-        || (prefsize.height != getHeight()))
+    // Only create the image at the beginning -
+    // this saves much memory usage
+    if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
+            || (prefsize.height != getHeight()))
 
     {
       prefsize.width = getWidth();
@@ -431,7 +471,7 @@ public class PDBCanvas
       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 
       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
-                           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
+              RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 
       redrawneeded = true;
     }
@@ -462,118 +502,81 @@ public class PDBCanvas
       return;
     }
 
-    // System.out.println("update seq colours");
-    if (bysequence && pdb != null)
-    {
-      for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
-      {
-        colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
-      }
-    }
+    colourBySequence();
 
     redrawneeded = true;
     repaint();
   }
 
-  int findTrueIndex(int pos)
-  {
-    // returns the alignment position for a residue
-    int j = sequence.getStart(); // first position in PDB atom coordinate sequence
-    int i = 0;
-
-    while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= pos + 1))
-    {
-      if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
-      {
-        j++;
-      }
-
-      i++;
-    }
-
-    if (i > 1)
-    {
-      i--;
-    }
-
-    if (j < pos)
-    {
-      return sequence.getEnd() + 1;
-    }
-    else
-    {
-      return i;
-    }
-  }
-
   // This method has been taken out of PDBChain to allow
   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
-  void colourBySequence(PDBChain chain)
+  void colourBySequence()
   {
-    // System.out.println("colour by seq");
+    SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
+
+    StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
+
     boolean showFeatures = false;
-    if (seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
+    if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
     {
-      showFeatures = true;
       if (fr == null)
       {
-        fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
+        fr = new FeatureRenderer(ap);
       }
 
-      fr.transferSettings(seqcanvas.getFeatureRenderer());
+      fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
+
+      showFeatures = true;
     }
 
-    Bond tmp;
-    for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
+    PDBChain chain;
+    if (bysequence && pdb != null)
     {
-      tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
-
-      if (chain != mainchain)
-      {
-        continue;
-      }
-
-      //if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
-      //    (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
-      {
-        int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
-        //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
-        if (index != -1)
-        {
-          tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
-              getResidueBoxColour(sequence, index);
-
-          if (showFeatures)
-          {
-            tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
-          }
-
-          if (tmp.startCol == null)
-          {
-            tmp.startCol = Color.white;
-          }
-        }
-      }
-
-      //if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
-      //    (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))
+      for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
       {
+        chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 
-        int index = findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
-        //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
-        if (index != -1)
+        for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
         {
-          tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
-              getResidueBoxColour(sequence, index);
-
-          if (showFeatures)
+          Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
+          tmp.startCol = Color.lightGray;
+          tmp.endCol = Color.lightGray;
+          if (chain != mainchain)
           {
-            tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
+            continue;
           }
 
-          if (tmp.endCol == null)
+          for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
           {
-            tmp.endCol = Color.white;
+            for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
+            {
+              if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
+              {
+                int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
+                if (pos > 0)
+                {
+                  pos = sequence[s].findIndex(pos);
+                  tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
+                  if (showFeatures)
+                  {
+                    tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
+                            sequence[s], pos);
+                  }
+                }
+                pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
+                if (pos > 0)
+                {
+                  pos = sequence[s].findIndex(pos);
+                  tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
+                  if (showFeatures)
+                  {
+                    tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
+                            sequence[s], pos);
+                  }
+                }
+
+              }
+            }
           }
         }
       }
@@ -581,6 +584,7 @@ public class PDBCanvas
   }
 
   Zsort zsort;
+
   public void drawScene(Graphics g)
   {
     if (zbuffer)
@@ -598,15 +602,11 @@ public class PDBCanvas
     {
       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 
-      xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
-                      (getWidth() / 2));
-      ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
-                      (getHeight() / 2));
+      xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
+      ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 
-      xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
-                    (getWidth() / 2));
-      yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
-                    (getHeight() / 2));
+      xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
+      yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 
       xmid = (xend + xstart) / 2;
       ymid = (yend + ystart) / 2;
@@ -670,13 +670,15 @@ public class PDBCanvas
 
       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
       {
-        g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
+        g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
+                .brighter());
         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
       }
 
       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
       {
-        g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
+        g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
+                .brighter());
         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
       }
 
@@ -688,7 +690,7 @@ public class PDBCanvas
   {
     if (!wire)
     {
-      if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
+      if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
       {
         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
@@ -795,52 +797,33 @@ public class PDBCanvas
       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
       if (chain == mainchain)
       {
-        highlightSeqcanvas(fatom.alignmentMapping);
+        mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
       }
     }
 
     if (fatom != null)
     {
-      this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " +
-                          fatom.resName);
+      this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
+              + fatom.resName);
     }
     else
     {
-      highlightSeqcanvas( -1);
+      mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
       this.setToolTipText(null);
     }
   }
 
-  void highlightSeqcanvas(int pos)
+  public void mouseClicked(MouseEvent e)
   {
-    SearchResults searchResults = new SearchResults();
-    if (highlightRes != null)
-    {
-      for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
-      {
-        int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
-            i).toString()) + 1;
-
-        searchResults.addResult(sequence, a, a);
-      }
-    }
-
-    if (pos != -1)
-    {
-      searchResults.addResult(sequence, pos + 1, pos + 1);
-    }
-
-    seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
   }
 
-  public void mouseClicked(MouseEvent e)
-  {}
-
   public void mouseEntered(MouseEvent e)
-  {}
+  {
+  }
 
   public void mouseExited(MouseEvent e)
-  {}
+  {
+  }
 
   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
   {
@@ -852,33 +835,33 @@ public class PDBCanvas
     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
     objmat.setIdentity();
 
-    if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
+    if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
     {
-      objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
+      objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
     }
     else
     {
-      objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
-      objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
+      objmat.rotatex((float) ((my - omy)));
+      objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
     }
 
-    //Alter the bonds
+    // Alter the bonds
     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
     {
-      Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
+      Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 
       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
       {
         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 
-        //Translate the bond so the centre is 0,0,0
-        tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
+        // Translate the bond so the centre is 0,0,0
+        tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 
-        //Now apply the rotation matrix
+        // Now apply the rotation matrix
         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 
-        //Now translate back again
+        // Now translate back again
         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
       }
     }
@@ -910,7 +893,7 @@ public class PDBCanvas
 
       if (chain.isVisible)
       {
-        Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
+        Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 
         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
         {
@@ -937,26 +920,23 @@ public class PDBCanvas
     g.setColor(Color.red);
     if (n == 1)
     {
-      int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
-                          (getWidth() / 2));
-      int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
-                          (getHeight() / 2));
+      int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
+      int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 
       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
     }
 
     if (n == 2)
     {
-      int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
-                          (getWidth() / 2));
-      int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
-                          (getHeight() / 2));
+      int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
+      int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 
       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
     }
   }
 
   int foundchain = -1;
+
   public Atom findAtom(int x, int y)
   {
     Atom fatom = null;
@@ -971,19 +951,17 @@ public class PDBCanvas
 
       if (chain.isVisible)
       {
-        Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
+        Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 
         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
         {
           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 
-          truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
-                         (getWidth() / 2));
+          truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 
           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
           {
-            int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
-                               (getHeight() / 2));
+            int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 
             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
             {
@@ -996,13 +974,11 @@ public class PDBCanvas
 
         // Still here? Maybe its the last bond
 
-        truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
-                       (getWidth() / 2));
+        truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 
         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
         {
-          int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
-                             (getHeight() / 2));
+          int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 
           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
           {
@@ -1014,7 +990,7 @@ public class PDBCanvas
 
       }
 
-      if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
+      if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
       {
         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
       }
@@ -1024,6 +1000,7 @@ public class PDBCanvas
   }
 
   Bond highlightBond1, highlightBond2;
+
   public void highlightRes(int ii)
   {
     if (!seqColoursReady)
@@ -1031,8 +1008,7 @@ public class PDBCanvas
       return;
     }
 
-    if (highlightRes != null
-        && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
+    if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
     {
       return;
     }
@@ -1088,4 +1064,104 @@ public class PDBCanvas
     findCentre();
     setupBonds();
   }
+
+  // ////////////////////////////////
+  // /StructureListener
+  public String[] getPdbFile()
+  {
+    return new String[]
+    { pdbentry.getFile() };
+  }
+
+  String lastMessage;
+
+  public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
+  {
+    if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
+      ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
+
+    lastMessage = pdbResNum + chain;
+  }
+
+  StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
+
+  StringBuffer eval = new StringBuffer();
+
+  public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
+          String pdbfile)
+  {
+    if (!seqColoursReady)
+    {
+      return;
+    }
+
+    if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
+    {
+      return;
+    }
+
+    int index = -1;
+    Bond tmpBond;
+    for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
+    {
+      tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
+      if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
+      {
+        if (highlightBond1 != null)
+        {
+          highlightBond1.at2.isSelected = false;
+        }
+
+        if (highlightBond2 != null)
+        {
+          highlightBond2.at1.isSelected = false;
+        }
+
+        highlightBond1 = null;
+        highlightBond2 = null;
+
+        if (index > 0)
+        {
+          highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
+          highlightBond1.at2.isSelected = true;
+        }
+
+        if (index != mainchain.bonds.size())
+        {
+          highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
+          highlightBond2.at1.isSelected = true;
+        }
+
+        break;
+      }
+    }
+
+    redrawneeded = true;
+    repaint();
+  }
+
+  public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
+          String pdbfile)
+  {
+    return Color.white;
+    // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
+    // return null;
+
+    // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
+  }
+
+  public void updateColours(Object source)
+  {
+    colourBySequence();
+    redrawneeded = true;
+    repaint();
+  }
+
+  @Override
+  public void releaseReferences(Object svl)
+  {
+    // TODO Auto-generated method stub
+    
+  }
+
 }