updated to jalview 2.1 and begun ArchiveClient/VamsasClient/VamsasStore updates.
[jalview.git] / src / MCview / Residue.java
index 0f24137..39e7112 100755 (executable)
@@ -1,48 +1,48 @@
-/*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
-package MCview;\r
-\r
-import java.util.*;\r
-\r
-\r
-public class Residue {\r
-    Vector atoms = new Vector();\r
-    int number;\r
-    int count;\r
-    int seqnumber;\r
-\r
-    public Residue(Vector atoms, int number, int count) {\r
-        this.atoms = atoms;\r
-        this.number = number;\r
-        this.count = count;\r
-    }\r
-\r
-    public Atom findAtom(String name)\r
-    {\r
-        for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)\r
-        {\r
-            if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))\r
-            {\r
-                return (Atom) atoms.elementAt(i);\r
-            }\r
-        }\r
-\r
-        return null;\r
-    }\r
-}\r
+/*
+* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
+* Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+*
+* This program is free software; you can redistribute it and/or
+* modify it under the terms of the GNU General Public License
+* as published by the Free Software Foundation; either version 2
+* of the License, or (at your option) any later version.
+*
+* This program is distributed in the hope that it will be useful,
+* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+* GNU General Public License for more details.
+*
+* You should have received a copy of the GNU General Public License
+* along with this program; if not, write to the Free Software
+* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+*/
+package MCview;
+
+import java.util.*;
+
+
+public class Residue {
+    Vector atoms = new Vector();
+    int number;
+    int count;
+    int seqnumber;
+
+    public Residue(Vector atoms, int number, int count) {
+        this.atoms = atoms;
+        this.number = number;
+        this.count = count;
+    }
+
+    public Atom findAtom(String name)
+    {
+        for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)
+        {
+            if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))
+            {
+                return (Atom) atoms.elementAt(i);
+            }
+        }
+
+        return null;
+    }
+}