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[jalview.git] / src / jalview / analysis / SeqsetUtils.java
index d8da497..21dea57 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -21,26 +21,6 @@ import java.util.*;
 
 import jalview.datamodel.*;
 
-/**
- * <p>
- * Title:
- * </p>
- * 
- * <p>
- * Description:
- * </p>
- * 
- * <p>
- * Copyright: Copyright (c) 2004
- * </p>
- * 
- * <p>
- * Company: Dundee University
- * </p>
- * 
- * @author not attributable
- * @version 1.0
- */
 public class SeqsetUtils
 {
 
@@ -74,8 +54,9 @@ public class SeqsetUtils
     sqinfo.put("SeqFeatures", sfeat);
     sqinfo.put("PdbId", (seq.getPDBId() != null) ? seq.getPDBId()
             : new Vector());
-    sqinfo.put("datasetSequence", (seq.getDatasetSequence() != null) ? seq
-            .getDatasetSequence() : new Sequence("THISISAPLACEHOLDER", ""));
+    sqinfo.put("datasetSequence",
+            (seq.getDatasetSequence() != null) ? seq.getDatasetSequence()
+                    : new Sequence("THISISAPLACEHOLDER", ""));
     return sqinfo;
   }
 
@@ -287,8 +268,8 @@ public class SeqsetUtils
     for (int i = 0, j = sequences.length; i < j; i++)
     {
       String tempseq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
-              jalview.util.Comparison.GapChars, sequences[i]
-                      .getSequenceAsString());
+              jalview.util.Comparison.GapChars,
+              sequences[i].getSequenceAsString());
 
       if (tempseq.length() == 0)
       {