apply version 2.7 copyright
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / TreePanel.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index f3cde9d..0351d14
@@ -1,20 +1,19 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
- * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * This file is part of Jalview.
  * 
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
 package jalview.appletgui;
 
@@ -42,6 +41,7 @@ public class TreePanel extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
   TreeCanvas treeCanvas;
 
   NJTree tree;
+  AlignmentPanel ap;
 
   AlignViewport av;
 
@@ -49,24 +49,30 @@ public class TreePanel extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
   {
     return tree;
   }
+  
+  public void finalize() throws Throwable {
+    ap=null;
+    av=null;
+    super.finalize();
+  }
 
   /**
    * Creates a new TreePanel object.
    * 
    * @param av
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param seqVector
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param type
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param pwtype
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param s
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
-  public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)
+  public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
   {
     try
     {
@@ -77,24 +83,24 @@ public class TreePanel extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
       ex.printStackTrace();
     }
 
-    initTreePanel(av, type, pwtype, null);
+    initTreePanel(ap, type, pwtype, null);
   }
 
   /**
    * Creates a new TreePanel object.
    * 
    * @param av
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param seqVector
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param newtree
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param type
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param pwtype
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
-  public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype,
+  public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
           NewickFile newtree)
   {
     try
@@ -106,18 +112,19 @@ public class TreePanel extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
       e.printStackTrace();
     }
 
-    initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);
+    initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree);
   }
 
-  void initTreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype,
+  void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
           NewickFile newTree)
   {
 
-    this.av = av;
+    this.ap = ap;
+    this.av = ap.av;
     this.type = type;
     this.pwtype = pwtype;
 
-    treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);
+    treeCanvas = new TreeCanvas(ap, scrollPane);
     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
     tl.start();
     embedMenuIfNeeded(treeCanvas);
@@ -215,14 +222,20 @@ public class TreePanel extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
       treeCanvas.setTree(tree);
       if (newtree != null)
       {
-        // Set default view, paying lip service to any overriding tree view parameter settings
-        boolean showDist = newtree.HasDistances() && av.applet.getDefaultParameter("showTreeDistances", newtree.HasDistances());
-        boolean showBoots = newtree.HasBootstrap() && av.applet.getDefaultParameter("showTreeBootstraps", newtree.HasBootstrap());
+        // Set default view, paying lip service to any overriding tree view
+        // parameter settings
+        boolean showDist = newtree.HasDistances()
+                && av.applet.getDefaultParameter("showTreeDistances",
+                        newtree.HasDistances());
+        boolean showBoots = newtree.HasBootstrap()
+                && av.applet.getDefaultParameter("showTreeBootstraps",
+                        newtree.HasBootstrap());
         distanceMenu.setState(showDist);
         bootstrapMenu.setState(showBoots);
         treeCanvas.setShowBootstrap(showBoots);
         treeCanvas.setShowDistances(showDist);
-        treeCanvas.setMarkPlaceholders(av.applet.getDefaultParameter("showUnlinkedTreeNodes", false));
+        treeCanvas.setMarkPlaceholders(av.applet.getDefaultParameter(
+                "showUnlinkedTreeNodes", false));
       }
 
       treeCanvas.repaint();
@@ -275,8 +288,8 @@ public class TreePanel extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
 
   public void newickOutput_actionPerformed()
   {
-    jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree
-            .getTopNode());
+    jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
+            tree.getTopNode());
     String output = fout.print(false, true);
     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
     cap.setText(output);