Formatting changes
[jalview.git] / src / jalview / binding / JSeq.java
index 751409f..9b8ddcb 100755 (executable)
@@ -1,36 +1,36 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with \r
+ * This class was automatically generated with\r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-\r
 package jalview.binding;\r
 \r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-\r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
+\r
 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
+//---------------------------------/\r
+//- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
+import java.io.IOException;\r
+import java.io.Reader;\r
+import java.io.Serializable;\r
+import java.io.Writer;\r
+\r
+\r
 /**\r
  * Class JSeq.\r
- * \r
+ *\r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
-\r
-\r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
+public class JSeq implements java.io.Serializable\r
+{\r
+    //--------------------------/\r
+    //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -73,261 +73,302 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
      */\r
     private boolean _has_id;\r
 \r
-\r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-\r
-    public JSeq() {\r
+    //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+    public JSeq()\r
+    {\r
         super();\r
-    } //-- jalview.binding.JSeq()\r
+    }\r
 \r
-\r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
+    //-- jalview.binding.JSeq()\r
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteColour\r
-     * \r
+     * DOCUMENT ME!\r
      */\r
     public void deleteColour()\r
     {\r
-        this._has_colour= false;\r
-    } //-- void deleteColour() \r
+        this._has_colour = false;\r
+    }\r
+\r
+    //-- void deleteColour() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteEnd\r
-     * \r
+     *\r
      */\r
     public void deleteEnd()\r
     {\r
-        this._has_end= false;\r
-    } //-- void deleteEnd() \r
+        this._has_end = false;\r
+    }\r
+\r
+    //-- void deleteEnd() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteId\r
-     * \r
+     *\r
      */\r
     public void deleteId()\r
     {\r
-        this._has_id= false;\r
-    } //-- void deleteId() \r
+        this._has_id = false;\r
+    }\r
+\r
+    //-- void deleteId() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteStart\r
-     * \r
+     *\r
      */\r
     public void deleteStart()\r
     {\r
-        this._has_start= false;\r
-    } //-- void deleteStart() \r
+        this._has_start = false;\r
+    }\r
+\r
+    //-- void deleteStart() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'colour'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'colour'.\r
      */\r
     public int getColour()\r
     {\r
         return this._colour;\r
-    } //-- int getColour() \r
+    }\r
+\r
+    //-- int getColour() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'end'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'end'.\r
      */\r
     public int getEnd()\r
     {\r
         return this._end;\r
-    } //-- int getEnd() \r
+    }\r
+\r
+    //-- int getEnd() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'id'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'id'.\r
      */\r
     public int getId()\r
     {\r
         return this._id;\r
-    } //-- int getId() \r
+    }\r
+\r
+    //-- int getId() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'start'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'start'.\r
      */\r
     public int getStart()\r
     {\r
         return this._start;\r
-    } //-- int getStart() \r
+    }\r
+\r
+    //-- int getStart() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasColour\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasColour()\r
     {\r
         return this._has_colour;\r
-    } //-- boolean hasColour() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean hasColour() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasEnd\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasEnd()\r
     {\r
         return this._has_end;\r
-    } //-- boolean hasEnd() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean hasEnd() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasId\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasId()\r
     {\r
         return this._has_id;\r
-    } //-- boolean hasId() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean hasId() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasStart\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasStart()\r
     {\r
         return this._has_start;\r
-    } //-- boolean hasStart() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean hasStart() \r
 \r
     /**\r
      * Method isValid\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean isValid()\r
     {\r
-        try {\r
+        try\r
+        {\r
             validate();\r
         }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
+        {\r
             return false;\r
         }\r
+\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean isValid() \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @param out\r
      */\r
     public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-        \r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @param handler\r
      */\r
     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-        \r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'colour'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param colour the value of field 'colour'.\r
      */\r
     public void setColour(int colour)\r
     {\r
         this._colour = colour;\r
         this._has_colour = true;\r
-    } //-- void setColour(int) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setColour(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'end'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param end the value of field 'end'.\r
      */\r
     public void setEnd(int end)\r
     {\r
         this._end = end;\r
         this._has_end = true;\r
-    } //-- void setEnd(int) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setEnd(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'id'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param id the value of field 'id'.\r
      */\r
     public void setId(int id)\r
     {\r
         this._id = id;\r
         this._has_id = true;\r
-    } //-- void setId(int) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setId(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'start'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param start the value of field 'start'.\r
      */\r
     public void setStart(int start)\r
     {\r
         this._start = start;\r
         this._has_start = true;\r
-    } //-- void setStart(int) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setStart(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @param reader\r
      * @return Object\r
      */\r
     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-        return (jalview.binding.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JSeq.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+        return (jalview.binding.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JSeq.class,\r
+            reader);\r
+    }\r
+\r
+    //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r
-     * \r
+     *\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+    }\r
 \r
+    //-- void validate() \r
 }\r