git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
update author list in license for (JAL-826)
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java
index f5cf03c..11ef52a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -1,20 +1,19 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
- * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * This file is part of Jalview.
  * 
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
 package jalview.gui;
 
@@ -43,8 +42,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
   protected AlignmentPanel alignPanel;
 
   ScrollThread scrollThread = null;
+
   String linkImageURL;
-  
+
   int offy;
 
   // int width;
@@ -56,9 +56,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * Creates a new IdPanel object.
    * 
    * @param av
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param parent
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
   {
@@ -78,7 +78,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void mouseMoved(MouseEvent e)
   {
@@ -123,8 +123,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
           {
             int sz = -tip.length();
             tfeat[0] = features[i];
-            sp.appendFeatures(tip, linkImageURL, 0, tfeat,sp.seqCanvas.fr.minmax);
-            sz+=tip.length();
+            sp.appendFeatures(tip, linkImageURL, 0, tfeat,
+                    sp.seqCanvas.fr.minmax);
+            sz += tip.length();
             maxWidth = Math.max(maxWidth, sz);
           }
         }
@@ -138,7 +139,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
       tip.append("</html>");
 
-      setToolTipText("<html>" + sequence.getDisplayId(true)
+      setToolTipText("<html>" + sequence.getDisplayId(true) + " "
               + tip.toString());
     }
   }
@@ -147,7 +148,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void mouseDragged(MouseEvent e)
   {
@@ -163,7 +164,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       selectSeqs(lastid + 1, seq);
     }
-    
+
     lastid = seq;
     alignPanel.paintAlignment(true);
   }
@@ -185,7 +186,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void mouseClicked(MouseEvent e)
   {
@@ -257,7 +258,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void mouseEntered(MouseEvent e)
   {
@@ -271,7 +272,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void mouseExited(MouseEvent e)
   {
@@ -296,7 +297,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void mousePressed(MouseEvent e)
   {
@@ -309,28 +310,27 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
     {
-      Sequence sq = (Sequence) av
-      .getAlignment().getSequenceAt(seq);
-      // build a new links menu based on the current links + any non-positional features
+      Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
+      // build a new links menu based on the current links + any non-positional
+      // features
       Vector nlinks = new Vector(Preferences.sequenceURLLinks);
-      SequenceFeature sf[] = sq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
-      for (int sl=0;sf!=null && sl<sf.length;sl++)
+      SequenceFeature sf[] = sq==null ? null : sq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
+      for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
       {
-        if (sf[sl].begin==sf[sl].end && sf[sl].begin==0)
+        if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
         {
-          if (sf[sl].links!=null && sf[sl].links.size()>0)
+          if (sf[sl].links != null && sf[sl].links.size() > 0)
           {
-            for (int l=0, lSize=sf[sl].links.size(); l<lSize; l++)
-            { 
+            for (int l = 0, lSize = sf[sl].links.size(); l < lSize; l++)
+            {
               nlinks.addElement(sf[sl].links.elementAt(l));
             }
           }
         }
       }
-      
-      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,
-              sq,
-              nlinks);
+
+      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel, sq,
+              nlinks, new Vector(Preferences.getGroupURLLinks()));
       pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 
       return;
@@ -353,7 +353,6 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       selectSeq(seq);
     }
-    av.sendSelection();
     alignPanel.paintAlignment(true);
   }
 
@@ -361,7 +360,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param seq
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   void selectSeq(int seq)
   {
@@ -375,9 +374,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param start
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param end
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   void selectSeqs(int start, int end)
   {
@@ -407,11 +406,12 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
               av.getAlignment().getSequenceAt(i), true);
     }
   }
+
   /**
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void mouseReleased(MouseEvent e)
   {
@@ -419,22 +419,18 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       scrollThread.running = false;
     }
-    if (mouseDragging)
-    {
-     
-      av.sendSelection();
-      
-    }
 
     mouseDragging = false;
     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
+    // always send selection message when mouse is released
+    av.sendSelection();
   }
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param found
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)
   {