{
String seqId = jseqs[i].getId();
- if (seqRefIds.get(seqId) != null)
+ SequenceI tmpSeq = seqRefIds.get(seqId);
+ if (tmpSeq != null)
{
- tmpseqs.add(seqRefIds.get(seqId));
+ tmpSeq.setStart(jseqs[i].getStart());
+ tmpSeq.setEnd(jseqs[i].getEnd());
+ tmpseqs.add(tmpSeq);
multipleView = true;
}
else
hiddenSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
}
- hiddenSeqs.add(seqRefIds.get(seqId));
+ hiddenSeqs.add(tmpSeq);
}
}