Merge branch 'develop' into feature/JAL-2759
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqCanvas.java
index 29e3c7b..10c60c1 100755 (executable)
@@ -298,47 +298,48 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       int transX = 0;
       int transY = 0;
 
-    gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
-            img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
-            -vertical * charHeight);
+      gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
+              img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
+              -vertical * charHeight);
 
-    if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
-    {
-      transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
-      startRes = endRes - horizontal;
-    }
-    else if (horizontal < 0)
-    {
-      endRes = startRes - horizontal;
-    }
-    else if (vertical > 0) // scroll down
-    {
-      startSeq = endSeq - vertical;
-
-      if (startSeq < ranges.getStartSeq())
-      { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
-        startSeq = ranges.getStartSeq();
+      if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
+      {
+        transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
+        startRes = endRes - horizontal;
       }
-      else
+      else if (horizontal < 0)
       {
-        transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
+        endRes = startRes - horizontal;
       }
-    }
-    else if (vertical < 0)
-    {
-      endSeq = startSeq - vertical;
 
-      if (endSeq > ranges.getEndSeq())
+      if (vertical > 0) // scroll down
       {
-        endSeq = ranges.getEndSeq();
+        startSeq = endSeq - vertical;
+
+        if (startSeq < ranges.getStartSeq())
+        { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
+          startSeq = ranges.getStartSeq();
+        }
+        else
+        {
+          transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
+        }
+      }
+      else if (vertical < 0)
+      {
+        endSeq = startSeq - vertical;
+
+        if (endSeq > ranges.getEndSeq())
+        {
+          endSeq = ranges.getEndSeq();
+        }
       }
-    }
 
-    gg.translate(transX, transY);
-    drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
-    gg.translate(-transX, -transY);
+      gg.translate(transX, transY);
+      drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
+      gg.translate(-transX, -transY);
 
-    repaint();
+      repaint();
     } finally
     {
       fastpainting = false;
@@ -412,6 +413,13 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
+
+    }
+
+    if (av.cursorMode)
+    {
+      drawCursor(g, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
+              ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
     }
   }
   
@@ -510,6 +518,7 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
               AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
       g2d.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
     }
+
     g2d.dispose();
 
     return lcimg;
@@ -917,9 +926,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
           int canvasWidth,
           int canvasHeight, int startRes)
   {
-       int charHeight = av.getCharHeight();
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+    int charHeight = av.getCharHeight();
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+      
     // height gap above each panel
     int hgap = charHeight;
     if (av.getScaleAboveWrapped())
@@ -1124,13 +1133,6 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
           }
         }
       }
-
-      if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
-              && cursorX <= endRes)
-      {
-        seqRdr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
-                offset + ((i - startSeq) * charHeight));
-      }
     }
 
     if (av.getSelectionGroup() != null
@@ -1228,6 +1230,94 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
     return selectionImage;
   }
 
+  /**
+   * Draw the cursor as a separate image and overlay
+   * 
+   * @param startRes
+   *          start residue of area to draw cursor in
+   * @param endRes
+   *          end residue of area to draw cursor in
+   * @param startSeq
+   *          start sequence of area to draw cursor in
+   * @param endSeq
+   *          end sequence of are to draw cursor in
+   * @return a transparent image of the same size as the sequence canvas, with
+   *         the cursor drawn on it, if any
+   */
+  private void drawCursor(Graphics g, int startRes, int endRes,
+          int startSeq,
+          int endSeq)
+  {
+    // convert the cursorY into a position on the visible alignment
+    int cursor_ypos = cursorY;
+
+    // don't do work unless we have to
+    if (cursor_ypos >= startSeq && cursor_ypos <= endSeq)
+    {
+      int yoffset = 0;
+      int xoffset = 0;
+      int startx = startRes;
+      int endx = endRes;
+
+      // convert the cursorX into a position on the visible alignment
+      int cursor_xpos = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+              .findColumnPosition(cursorX);
+
+      if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(cursorX))
+      {
+
+        if (av.getWrapAlignment())
+        {
+          // work out the correct offsets for the cursor
+          int charHeight = av.getCharHeight();
+          int charWidth = av.getCharWidth();
+          int canvasWidth = getWidth();
+          int canvasHeight = getHeight();
+
+          // height gap above each panel
+          int hgap = charHeight;
+          if (av.getScaleAboveWrapped())
+          {
+            hgap += charHeight;
+          }
+
+          int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
+                  / charWidth;
+          int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
+
+          endx = startx + cWidth - 1;
+          int ypos = hgap; // vertical offset
+
+          // iterate down the wrapped panels
+          while ((ypos <= canvasHeight) && (endx < cursor_xpos))
+          {
+            // update vertical offset
+            ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
+
+            // update horizontal offset
+            startx += cWidth;
+            endx = startx + cWidth - 1;
+          }
+          yoffset = ypos;
+          xoffset = labelWidthWest;
+        }
+
+        // now check if cursor is within range for x values
+        if (cursor_xpos >= startx && cursor_xpos <= endx)
+        {
+          // get the character the cursor is drawn at
+          SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(cursorY);
+          char s = seq.getCharAt(cursorX);
+
+          seqRdr.drawCursor(g, s,
+                  xoffset + (cursor_xpos - startx) * av.getCharWidth(),
+                  yoffset + (cursor_ypos - startSeq) * av.getCharHeight());
+        }
+      }
+    }
+  }
+
+
   /*
    * Set up graphics for selection group
    */
@@ -1259,8 +1349,8 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
   {
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+          
     if (!av.hasHiddenColumns())
     {
       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
@@ -1299,9 +1389,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
           int verticalOffset)
   {
-       int charHeight = av.getCharHeight();
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+        int charHeight = av.getCharHeight();
+        int charWidth = av.getCharWidth();
+          
     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 
     int oldY = -1;
@@ -1620,15 +1710,31 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       repaint();
       return;
     }
+    else if (eventName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
+    {
+      fastPaint = false;
+      repaint();
+      return;
+    }
 
     int scrollX = 0;
-    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
+    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES)
+            || eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
     {
       // Make sure we're not trying to draw a panel
       // larger than the visible window
+      if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
+      {
+        scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
+      }
+      else
+      {
+        scrollX = ((int[]) evt.getNewValue())[0]
+                - ((int[]) evt.getOldValue())[0];
+      }
       ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
-      scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
-      int range = vpRanges.getViewportWidth();
+
+      int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
       if (scrollX > range)
       {
         scrollX = range;
@@ -1637,30 +1743,43 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       {
         scrollX = -range;
       }
-    }
-
-    // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
-    // both start and end points, but resize only changes end values.
-    // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
-    // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
-    // vertical start value.
 
-    // scroll - startres and endres both change
-    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
-    {
-      if (av.getWrapAlignment())
+      // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
+      // both start and end points, but resize only changes end values.
+      // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
+      // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
+      // vertical start value.
+      if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
       {
-        fastPaintWrapped(scrollX);
+         if (av.getWrapAlignment())
+          {
+            fastPaintWrapped(scrollX);
+          }
+          else
+          {
+            fastPaint(scrollX, 0);
+          }
       }
-      else
+      else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
       {
-        fastPaint(scrollX, 0);
+        // scroll
+        fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
+      }
+      else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
+      {
+        if (av.getWrapAlignment())
+        {
+          fastPaintWrapped(scrollX);
+        }
+        else
+        {
+          fastPaint(scrollX, 0);
+        }
+        // bizarrely, we only need to scroll on the x value here as fastpaint
+        // copies the full height of the image anyway. Passing in the y value
+        // causes nasty repaint artefacts, which only disappear on a full
+        // repaint.
       }
-    }
-    else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
-    {
-      // scroll
-      fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
     }
   }
 
@@ -1677,7 +1796,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
   {
     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 
-    if (Math.abs(scrollX) > ranges.getViewportWidth())
+    // if (Math.abs(scrollX) > ranges.getViewportWidth())
+    // JAL-2836, 2836 temporarily removed wrapped fastpaint for release 2.10.3
+    if (true)
     {
       /*
        * shift of more than one view width is