git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
update author list in license for (JAL-826)
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqCanvas.java
diff --git a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
index a7ba035..fb5367f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
@@ -1,20 +1,19 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
- * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * This file is part of Jalview.
  * 
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
 package jalview.gui;
 
@@ -62,7 +61,7 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * Creates a new SeqCanvas object.
    * 
    * @param av
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
   {
@@ -88,13 +87,13 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param g
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param startx
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param endx
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param ypos
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
   {
@@ -125,13 +124,13 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param g
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param startx
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param endx
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param ypos
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
   {
@@ -185,13 +184,13 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param g
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param startx
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param endx
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param ypos
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
   {
@@ -239,9 +238,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * slider adjustment
    * 
    * @param horizontal
-   *                shift along
+   *          shift along
    * @param vertical
-   *                shift up or down in repaint
+   *          shift up or down in repaint
    */
   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
   {
@@ -322,7 +321,7 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
   public void paintComponent(Graphics g)
   {
     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
-                                // img and call later.
+    // img and call later.
     super.paintComponent(g);
 
     if (lcimg != null
@@ -392,7 +391,7 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param cwidth
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * 
    * @return DOCUMENT ME!
    */
@@ -446,13 +445,13 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param g
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param canvasWidth
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param canvasHeight
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param startRes
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
           int canvasHeight, int startRes)
@@ -606,17 +605,17 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param g1
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param startRes
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param endRes
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param startSeq
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param endSeq
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param offset
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes, int startSeq,
           int endSeq, int offset)
@@ -633,7 +632,7 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
       int blockStart = startRes;
       int blockEnd = endRes;
 
-      for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
+      for (int i = 0; regions != null && i < regions.size(); i++)
       {
         int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);
         int hideStart = region[0];
@@ -655,11 +654,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
         {
           g1.setColor(Color.blue);
 
-          g1
-                  .drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,
-                          0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1)
-                                  * av.charWidth - 1, (endSeq - startSeq)
-                                  * av.charHeight + offset);
+          g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,
+                  0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth
+                          - 1, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);
         }
 
         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
@@ -694,7 +691,12 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
     {
       nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);
-
+      if (nextSeq == null)
+      {
+        // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
+        // empty
+        continue;
+      }
       sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),
               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 
@@ -931,7 +933,7 @@ public class SeqCanvas extends JComponent
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param results
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
   {