git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Jalview 2.8 Source Header
[jalview.git] / src / jalview / gui / TextColourChooser.java
diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
index 771d9c7..8bc01b8 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
@@ -1,20 +1,19 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
- * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
+ * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * This file is part of Jalview.
  * 
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
 package jalview.gui;
 
@@ -66,12 +65,11 @@ public class TextColourChooser
     final JPanel bigpanel = new JPanel(new BorderLayout());
     JPanel panel = new JPanel();
     bigpanel.add(panel, BorderLayout.CENTER);
-    bigpanel
-            .add(
-                    new JLabel(
-                            "<html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to"
-                                    + "<br>switch between colours, based on background colour</i></html>"),
-                    BorderLayout.NORTH);
+    bigpanel.add(
+            new JLabel(
+                    "<html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to"
+                            + "<br>switch between colours, based on background colour</i></html>"),
+            BorderLayout.NORTH);
     panel.add(col1);
     panel.add(slider);
     panel.add(col2);
@@ -139,7 +137,7 @@ public class TextColourChooser
     if (sg == null)
     {
       ap.av.textColour = col;
-      if (ap.av.colourAppliesToAllGroups)
+      if (ap.av.getColourAppliesToAllGroups())
       {
         setGroupTextColour();
       }
@@ -157,7 +155,7 @@ public class TextColourChooser
     if (sg == null)
     {
       ap.av.textColour2 = col;
-      if (ap.av.colourAppliesToAllGroups)
+      if (ap.av.getColourAppliesToAllGroups())
       {
         setGroupTextColour();
       }
@@ -175,7 +173,7 @@ public class TextColourChooser
     if (sg == null)
     {
       ap.av.thresholdTextColour = value;
-      if (ap.av.colourAppliesToAllGroups)
+      if (ap.av.getColourAppliesToAllGroups())
       {
         setGroupTextColour();
       }
@@ -190,16 +188,13 @@ public class TextColourChooser
 
   void setGroupTextColour()
   {
-    if (ap.av.alignment.getGroups() == null)
+    if (ap.av.getAlignment().getGroups() == null)
     {
       return;
     }
 
-    Vector groups = ap.av.alignment.getGroups();
-
-    for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
+    for (SequenceGroup sg : ap.av.getAlignment().getGroups())
     {
-      SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);
       sg.textColour = ap.av.textColour;
       sg.textColour2 = ap.av.textColour2;
       sg.thresholdTextColour = ap.av.thresholdTextColour;