JAL-4023 use %g for distances (scientific notation for very small or large values)
[jalview.git] / src / jalview / gui / TreeCanvas.java
index f21c5e7..6f143db 100755 (executable)
  */
 package jalview.gui;
 
-import jalview.analysis.Conservation;
-import jalview.analysis.NJTree;
-import jalview.api.AlignViewportI;
-import jalview.datamodel.Sequence;
-import jalview.datamodel.SequenceGroup;
-import jalview.datamodel.SequenceI;
-import jalview.datamodel.SequenceNode;
-import jalview.schemes.ColourSchemeI;
-import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
-import jalview.schemes.ResidueProperties;
-import jalview.schemes.UserColourScheme;
-import jalview.structure.SelectionSource;
-import jalview.util.Format;
-import jalview.util.MappingUtils;
-import jalview.util.MessageManager;
-
 import java.awt.Color;
 import java.awt.Dimension;
 import java.awt.Font;
@@ -52,15 +36,30 @@ import java.awt.print.PageFormat;
 import java.awt.print.Printable;
 import java.awt.print.PrinterException;
 import java.awt.print.PrinterJob;
-import java.util.Enumeration;
 import java.util.Hashtable;
+import java.util.List;
+import java.util.Map;
+import java.util.Map.Entry;
 import java.util.Vector;
 
-import javax.swing.JColorChooser;
 import javax.swing.JPanel;
 import javax.swing.JScrollPane;
+import javax.swing.SwingUtilities;
 import javax.swing.ToolTipManager;
 
+import jalview.analysis.Conservation;
+import jalview.analysis.TreeModel;
+import jalview.api.AlignViewportI;
+import jalview.datamodel.Sequence;
+import jalview.datamodel.SequenceGroup;
+import jalview.datamodel.SequenceI;
+import jalview.datamodel.SequenceNode;
+import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
+import jalview.schemes.ColourSchemeI;
+import jalview.structure.SelectionSource;
+import jalview.util.Format;
+import jalview.util.MessageManager;
+
 /**
  * DOCUMENT ME!
  * 
@@ -73,15 +72,15 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
   /** DOCUMENT ME!! */
   public static final String PLACEHOLDER = " * ";
 
-  NJTree tree;
+  TreeModel tree;
 
   JScrollPane scrollPane;
 
   TreePanel tp;
 
-  AlignViewport av;
+  private AlignViewport av;
 
-  AlignmentPanel ap;
+  private AlignmentPanel ap;
 
   Font font;
 
@@ -99,15 +98,15 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
   int offy;
 
-  float threshold;
+  private float threshold;
 
   String longestName;
 
   int labelLength = -1;
 
-  Hashtable nameHash = new Hashtable();
+  Map<Object, Rectangle> nameHash = new Hashtable<>();
 
-  Hashtable nodeHash = new Hashtable();
+  Map<SequenceNode, Rectangle> nodeHash = new Hashtable<>();
 
   SequenceNode highlightNode;
 
@@ -129,7 +128,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
   {
     this.tp = tp;
     this.av = ap.av;
-    this.ap = ap;
+    this.setAssociatedPanel(ap);
     font = av.getFont();
     scrollPane = scroller;
     addMouseListener(this);
@@ -168,19 +167,19 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
    * @param tree
    *          DOCUMENT ME!
    */
-  public void setTree(NJTree tree)
+  public void setTree(TreeModel tree)
   {
     this.tree = tree;
     tree.findHeight(tree.getTopNode());
 
     // Now have to calculate longest name based on the leaves
-    Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());
+    Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode());
     boolean has_placeholders = false;
     longestName = "";
 
     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
     {
-      SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);
+      SequenceNode lf = leaves.elementAt(i);
 
       if (lf.isPlaceholder())
       {
@@ -207,7 +206,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
    *          DOCUMENT ME!
    * @param chunk
    *          DOCUMENT ME!
-   * @param scale
+   * @param wscale
    *          DOCUMENT ME!
    * @param width
    *          DOCUMENT ME!
@@ -217,7 +216,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
    *          DOCUMENT ME!
    */
   public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,
-          float scale, int width, int offx, int offy)
+          double wscale, int width, int offx, int offy)
   {
     if (node == null)
     {
@@ -227,11 +226,11 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
     {
       // Drawing leaf node
-      float height = node.height;
-      float dist = node.dist;
+      double height = node.height;
+      double dist = node.dist;
 
-      int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
-      int xend = (int) (height * scale) + offx;
+      int xstart = (int) ((height - dist) * wscale) + offx;
+      int xend = (int) (height * wscale) + offx;
 
       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 
@@ -260,7 +259,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
       if (showDistances && (node.dist > 0))
       {
-        nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
+        nodeLabel = new Format("%g").form(node.dist);
       }
 
       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
@@ -278,8 +277,9 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
       }
 
-      String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder()) ? (PLACEHOLDER + node
-              .getName()) : node.getName();
+      String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())
+              ? (PLACEHOLDER + node.getName())
+              : node.getName();
 
       int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;
       int charHeight = font.getSize();
@@ -306,16 +306,16 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     }
     else
     {
-      drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,
+      drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, wscale, width, offx,
               offy);
-      drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,
+      drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, wscale, width, offx,
               offy);
 
-      float height = node.height;
-      float dist = node.dist;
+      double height = node.height;
+      double dist = node.dist;
 
-      int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
-      int xend = (int) (height * scale) + offx;
+      int xstart = (int) ((height - dist) * wscale) + offx;
+      int xend = (int) (height * wscale) + offx;
       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 
       g.setColor(node.color.darker());
@@ -331,22 +331,23 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
         g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);
       }
 
-      int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk)
-              + offy;
-      int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk)
+      int ystart = (node.left() == null ? 0
+              : (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk)) + offy;
+      int yend = (node.right() == null ? 0
+              : (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk))
               + offy;
 
       Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);
       nodeHash.put(node, pos);
 
-      g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,
-              (int) (height * scale) + offx, yend);
+      g.drawLine((int) (height * wscale) + offx, ystart,
+              (int) (height * wscale) + offx, yend);
 
       String nodeLabel = "";
 
       if (showDistances && (node.dist > 0))
       {
-        nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
+        nodeLabel = new Format("%g").form(node.dist);
       }
 
       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
@@ -378,31 +379,25 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
    */
   public Object findElement(int x, int y)
   {
-    Enumeration keys = nameHash.keys();
-
-    while (keys.hasMoreElements())
+    for (Entry<Object, Rectangle> entry : nameHash.entrySet())
     {
-      Object ob = keys.nextElement();
-      Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);
+      Rectangle rect = entry.getValue();
 
       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
               && (y <= (rect.y + rect.height)))
       {
-        return ob;
+        return entry.getKey();
       }
     }
 
-    keys = nodeHash.keys();
-
-    while (keys.hasMoreElements())
+    for (Entry<SequenceNode, Rectangle> entry : nodeHash.entrySet())
     {
-      Object ob = keys.nextElement();
-      Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);
+      Rectangle rect = entry.getValue();
 
       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
               && (y <= (rect.y + rect.height)))
       {
-        return ob;
+        return entry.getKey();
       }
     }
 
@@ -422,8 +417,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 
-    float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2))
-            / tree.getMaxHeight();
+    double wscale = ((width * .8) - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();
 
     if (top.count == 0)
     {
@@ -445,7 +439,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
    *          DOCUMENT ME!
    * @param chunk
    *          DOCUMENT ME!
-   * @param scale
+   * @param wscale
    *          DOCUMENT ME!
    * @param width
    *          DOCUMENT ME!
@@ -455,7 +449,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
    *          DOCUMENT ME!
    */
   public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,
-          float scale, int width, int offx, int offy)
+          double wscale, int width, int offx, int offy)
   {
     if (node == null)
     {
@@ -464,11 +458,10 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
     {
-      float height = node.height;
-      float dist = node.dist;
-
-      int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
-      int xend = (int) (height * scale) + offx;
+      double height = node.height;
+      // double dist = node.dist;
+      // int xstart = (int) ((height - dist) * wscale) + offx;
+      int xend = (int) (height * wscale) + offx;
 
       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 
@@ -488,9 +481,9 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     }
     else
     {
-      pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,
+      pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, wscale, width,
               offx, offy);
-      pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,
+      pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, wscale, width,
               offx, offy);
     }
   }
@@ -510,29 +503,21 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
       return;
     }
 
-    if ((node.left() == null) && (node.right() == null)) // TODO: internal node
+    node.color = c;
+    if (node.element() instanceof SequenceI)
     {
-      node.color = c;
-
-      if (node.element() instanceof SequenceI)
+      final SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
+      AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
+      if (aps != null)
       {
-        AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
-        if (aps != null)
+        for (int a = 0; a < aps.length; a++)
         {
-          for (int a = 0; a < aps.length; a++)
-          {
-            final SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
-            aps[a].av.setSequenceColour(seq, c);
-          }
+          aps[a].av.setSequenceColour(seq, c);
         }
       }
     }
-    else
-    {
-      node.color = c;
-      setColor((SequenceNode) node.left(), c);
-      setColor((SequenceNode) node.right(), c);
-    }
+    setColor((SequenceNode) node.left(), c);
+    setColor((SequenceNode) node.right(), c);
   }
 
   /**
@@ -549,7 +534,16 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
   public void run()
   {
     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
-    PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
+    PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
+    PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
+
+    if (defaultPage == pf)
+    {
+      /*
+       * user cancelled
+       */
+      return;
+    }
 
     printJob.setPrintable(this, pf);
 
@@ -643,21 +637,22 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
     if (tree == null)
     {
-      g.drawString(MessageManager.getString("label.calculating_tree")
-              + "....", 20, getHeight() / 2);
+      g.drawString(
+              MessageManager.getString("label.calculating_tree") + "....",
+              20, getHeight() / 2);
     }
     else
     {
       fm = g.getFontMetrics(font);
 
-      if (nameHash.size() == 0)
+      int nameCount = nameHash.size();
+      if (nameCount == 0)
       {
         repaint();
       }
 
-      if (fitToWindow
-              || (!fitToWindow && (scrollPane.getHeight() > ((fm
-                      .getHeight() * nameHash.size()) + offy))))
+      if (fitToWindow || (!fitToWindow && (scrollPane
+              .getHeight() > ((fm.getHeight() * nameCount) + offy))))
       {
         draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());
         setPreferredSize(null);
@@ -665,8 +660,8 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
       else
       {
         setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),
-                fm.getHeight() * nameHash.size()));
-        draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());
+                fm.getHeight() * nameCount));
+        draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameCount);
       }
 
       scrollPane.revalidate();
@@ -715,7 +710,8 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
     labelLength = fm.stringWidth(longestName) + 20; // 20 allows for scrollbar
 
-    float wscale = (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();
+    double wscale = (width - labelLength - (offx * 2))
+            / tree.getMaxHeight();
 
     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 
@@ -740,28 +736,35 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
         g2.setColor(Color.gray);
       }
 
-      int x = (int) ((threshold * (getWidth() - labelLength - (2 * offx))) + offx);
+      int x = (int) ((threshold * (getWidth() - labelLength - (2 * offx)))
+              + offx);
 
       g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());
     }
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
+   * Empty method to satisfy the MouseListener interface
    * 
    * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
    */
   @Override
   public void mouseReleased(MouseEvent e)
   {
+    /*
+     * isPopupTrigger is set on mouseReleased on Windows
+     */
+    if (e.isPopupTrigger())
+    {
+      chooseSubtreeColour();
+      e.consume(); // prevent mouseClicked happening
+    }
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
+   * Empty method to satisfy the MouseListener interface
    * 
    * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
    */
   @Override
   public void mouseEntered(MouseEvent e)
@@ -769,10 +772,9 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
+   * Empty method to satisfy the MouseListener interface
    * 
    * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
    */
   @Override
   public void mouseExited(MouseEvent e)
@@ -780,49 +782,62 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
+   * Handles a mouse click on a tree node (clicks elsewhere are handled in
+   * mousePressed). Click selects the sub-tree, double-click swaps leaf nodes
+   * order, right-click opens a dialogue to choose colour for the sub-tree.
    * 
    * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
    */
   @Override
   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
   {
-    if (highlightNode != null)
+    if (highlightNode == null)
     {
-      if (evt.isPopupTrigger())
-      {
-        Color col = JColorChooser.showDialog(this,
-                MessageManager.getString("label.select_subtree_colour"),
-                highlightNode.color);
-        if (col != null)
-        {
-          setColor(highlightNode, col);
-        }
-      }
-      else if (evt.getClickCount() > 1)
+      return;
+    }
+
+    if (evt.getClickCount() > 1)
+    {
+      tree.swapNodes(highlightNode);
+      tree.reCount(tree.getTopNode());
+      tree.findHeight(tree.getTopNode());
+    }
+    else
+    {
+      Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(highlightNode);
+
+      for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
       {
-        tree.swapNodes(highlightNode);
-        tree.reCount(tree.getTopNode());
-        tree.findHeight(tree.getTopNode());
+        SequenceI seq = (SequenceI) leaves.elementAt(i).element();
+        treeSelectionChanged(seq);
       }
-      else
-      {
-        Vector leaves = new Vector();
-        tree.findLeaves(highlightNode, leaves);
+      av.sendSelection();
+    }
 
-        for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
-        {
-          SequenceI seq = (SequenceI) ((SequenceNode) leaves.elementAt(i))
-                  .element();
-          treeSelectionChanged(seq);
-        }
-        av.sendSelection();
-      }
+    PaintRefresher.Refresh(tp, av.getSequenceSetId());
+    repaint();
+  }
 
-      PaintRefresher.Refresh(tp, av.getSequenceSetId());
-      repaint();
-    }
+  /**
+   * Offer the user the option to choose a colour for the highlighted node and
+   * its children; this colour is also applied to the corresponding sequence ids
+   * in the alignment
+   */
+  void chooseSubtreeColour()
+  {
+    String ttl = MessageManager.getString("label.select_subtree_colour");
+    ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
+    {
+      @Override
+      public void colourSelected(Color c)
+      {
+        setColor(highlightNode, c);
+        PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
+        repaint();
+      }
+    };
+    JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, highlightNode.color,
+            listener);
   }
 
   @Override
@@ -835,8 +850,8 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     if (ob instanceof SequenceNode)
     {
       highlightNode = (SequenceNode) ob;
-      this.setToolTipText("<html>"
-              + MessageManager.getString("label.highlightnode"));
+      this.setToolTipText(
+              "<html>" + MessageManager.getString("label.highlightnode"));
       repaint();
 
     }
@@ -857,16 +872,42 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
+   * Handles a mouse press on a sequence name or the tree background canvas
+   * (click on a node is handled in mouseClicked). The action is to create
+   * groups by partitioning the tree at the mouse position. Colours for the
+   * groups (and sequence names) are generated randomly.
    * 
    * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
    */
   @Override
   public void mousePressed(MouseEvent e)
   {
     av.setCurrentTree(tree);
 
+    /*
+     * isPopupTrigger is set for mousePressed (Mac)
+     * or mouseReleased (Windows)
+     */
+    if (e.isPopupTrigger())
+    {
+      if (highlightNode != null)
+      {
+        chooseSubtreeColour();
+      }
+      return;
+    }
+
+    /*
+     * defer right-click handling on Windows to
+     * mouseClicked; note isRightMouseButton
+     * also matches Cmd-click on Mac which should do
+     * nothing here
+     */
+    if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
+    {
+      return;
+    }
+
     int x = e.getX();
     int y = e.getY();
 
@@ -875,7 +916,8 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     if (ob instanceof SequenceI)
     {
       treeSelectionChanged((Sequence) ob);
-      PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
+      PaintRefresher.Refresh(tp,
+              getAssociatedPanel().av.getSequenceSetId());
       repaint();
       av.sendSelection();
       return;
@@ -888,8 +930,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
         threshold = (float) (x - offx)
                 / (float) (getWidth() - labelLength - (2 * offx));
 
-        tree.getGroups().removeAllElements();
-        tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);
+        List<SequenceNode> groups = tree.groupNodes(threshold);
         setColor(tree.getTopNode(), Color.black);
 
         AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
@@ -908,34 +949,43 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
                     .deleteAllGroups();
             aps[a].av.getCodingComplement().clearSequenceColours();
           }
+          aps[a].av.setUpdateStructures(true);
+        }
+        colourGroups(groups);
+
+        /*
+         * clear partition (don't show vertical line) if
+         * it is to the right of all nodes
+         */
+        if (groups.isEmpty())
+        {
+          threshold = 0f;
         }
-        colourGroups();
       }
 
-      PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
+      PaintRefresher.Refresh(tp,
+              getAssociatedPanel().av.getSequenceSetId());
       repaint();
     }
 
   }
 
-  void colourGroups()
+  void colourGroups(List<SequenceNode> groups)
   {
     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
-    for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)
+    for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
     {
       Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
               (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
-      setColor((SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i), col.brighter());
+      setColor(groups.get(i), col.brighter());
 
-      Vector l = tree.findLeaves(
-              (SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i), new Vector());
+      Vector<SequenceNode> l = tree.findLeaves(groups.get(i));
 
-      Vector sequences = new Vector();
+      Vector<SequenceI> sequences = new Vector<>();
 
       for (int j = 0; j < l.size(); j++)
       {
-        SequenceI s1 = (SequenceI) ((SequenceNode) l.elementAt(j))
-                .element();
+        SequenceI s1 = (SequenceI) l.elementAt(j).element();
 
         if (!sequences.contains(s1))
         {
@@ -944,89 +994,56 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
       }
 
       ColourSchemeI cs = null;
-      SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences, null, cs, true, true,
+      SequenceGroup _sg = new SequenceGroup(sequences, null, cs, true, true,
               false, 0, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 
-      if (av.getGlobalColourScheme() != null)
-      {
-        if (av.getGlobalColourScheme() instanceof UserColourScheme)
-        {
-          cs = new UserColourScheme(
-                  ((UserColourScheme) av.getGlobalColourScheme())
-                          .getColours());
-
-        }
-        else
-        {
-          cs = ColourSchemeProperty.getColour(sg, ColourSchemeProperty
-                  .getColourName(av.getGlobalColourScheme()));
-        }
-        // cs is null if shading is an annotationColourGradient
-        if (cs != null)
-        {
-          cs.setThreshold(av.getGlobalColourScheme().getThreshold(),
-                  av.isIgnoreGapsConsensus());
-        }
-      }
-      sg.cs = cs;
-      // sg.recalcConservation();
-      sg.setName("JTreeGroup:" + sg.hashCode());
-      sg.setIdColour(col);
+      _sg.setName("JTreeGroup:" + _sg.hashCode());
+      _sg.setIdColour(col);
 
       for (int a = 0; a < aps.length; a++)
       {
-        if (aps[a].av.getGlobalColourScheme() != null
-                && aps[a].av.getGlobalColourScheme().conservationApplied())
-        {
-          Conservation c = new Conservation("Group",
-                  ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(null),
-                  sg.getStartRes(), sg.getEndRes());
+        SequenceGroup sg = new SequenceGroup(_sg);
+        AlignViewport viewport = aps[a].av;
 
-          c.calculate();
-          c.verdict(false, aps[a].av.getConsPercGaps());
-          sg.cs.setConservation(c);
-        }
-
-        aps[a].av.getAlignment().addGroup(new SequenceGroup(sg));
-        // TODO can we push all of the below into AlignViewportI?
-        final AlignViewportI codingComplement = aps[a].av
-                .getCodingComplement();
-        if (codingComplement != null)
+        // Propagate group colours in each view
+        if (viewport.getGlobalColourScheme() != null)
         {
-          if (codingComplement != null)
+          cs = viewport.getGlobalColourScheme().getInstance(viewport, sg);
+          sg.setColourScheme(cs);
+          sg.getGroupColourScheme().setThreshold(
+                  viewport.getResidueShading().getThreshold(),
+                  viewport.isIgnoreGapsConsensus());
+
+          if (viewport.getResidueShading().conservationApplied())
           {
-            SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,
-                    av, codingComplement);
-            if (mappedGroup.getSequences().size() > 0)
-            {
-              codingComplement.getAlignment().addGroup(mappedGroup);
-              for (SequenceI seq : mappedGroup.getSequences())
-              {
-                codingComplement.setSequenceColour(seq, col.brighter());
-              }
-            }
+            Conservation c = new Conservation("Group",
+                    sg.getSequences(null), sg.getStartRes(),
+                    sg.getEndRes());
+            c.calculate();
+            c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());
+            sg.cs.setConservation(c);
           }
         }
+        // indicate that associated structure views will need an update
+        viewport.setUpdateStructures(true);
+        // propagate structure view update and sequence group to complement view
+        viewport.addSequenceGroup(sg);
       }
     }
 
-    // notify the panel(s) to redo any group specific stuff.
+    // notify the panel(s) to redo any group specific stuff
+    // also updates structure views if necessary
     for (int a = 0; a < aps.length; a++)
     {
       aps[a].updateAnnotation();
-      // TODO: JAL-868 - need to ensure view colour change message is broadcast
-      // to any Jmols listening in
       final AlignViewportI codingComplement = aps[a].av
               .getCodingComplement();
       if (codingComplement != null)
       {
         ((AlignViewport) codingComplement).getAlignPanel()
                 .updateAnnotation();
-
       }
-
     }
-
   }
 
   /**
@@ -1073,7 +1090,47 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     }
     else
     {
-      return new AlignmentPanel[] { ap };
+      return new AlignmentPanel[] { getAssociatedPanel() };
     }
   }
+
+  public AlignmentPanel getAssociatedPanel()
+  {
+    return ap;
+  }
+
+  public void setAssociatedPanel(AlignmentPanel ap)
+  {
+    this.ap = ap;
+  }
+
+  public AlignViewport getViewport()
+  {
+    return av;
+  }
+
+  public void setViewport(AlignViewport av)
+  {
+    this.av = av;
+  }
+
+  public float getThreshold()
+  {
+    return threshold;
+  }
+
+  public void setThreshold(float threshold)
+  {
+    this.threshold = threshold;
+  }
+
+  public boolean isApplyToAllViews()
+  {
+    return this.applyToAllViews;
+  }
+
+  public void setApplyToAllViews(boolean applyToAllViews)
+  {
+    this.applyToAllViews = applyToAllViews;
+  }
 }