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apply version 2.7 copyright
[jalview.git] / src / jalview / gui / UserDefinedColours.java
diff --git a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
index 83f9d0c..792ef7d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
@@ -1,20 +1,19 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * This file is part of Jalview.
  * 
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
 package jalview.gui;
 
@@ -60,9 +59,9 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * Creates a new UserDefinedColours object.
    * 
    * @param ap
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param sg
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
   {
@@ -218,7 +217,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param evt
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
   {
@@ -249,7 +248,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
   {
@@ -298,9 +297,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
         if (!selectedButtons.contains(button))
         {
-          button
-                  .setForeground(button.getBackground().brighter()
-                          .brighter());
+          button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
           selectedButtons.add(button);
         }
       }
@@ -326,9 +323,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
       }
       else
       {
-        pressed
-                .setForeground(pressed.getBackground().brighter()
-                        .brighter());
+        pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
         selectedButtons.addElement(pressed);
       }
     }
@@ -344,9 +339,9 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param label
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * @param aa
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
           int buttonIndex)
@@ -373,7 +368,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 
       col = Color.white;
-      if (oldColourScheme!=null)
+      if (oldColourScheme != null)
       {
         try
         {
@@ -405,7 +400,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
@@ -423,7 +418,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
@@ -481,17 +476,17 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
     upperCaseButtons = new Vector();
     lowerCaseButtons = new Vector();
 
-    JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
-            .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
-    { "jc" }, new String[]
-    { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
+    JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
+            jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
+            { "jc" }, new String[]
+            { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
     chooser.setToolTipText("Load");
@@ -581,7 +576,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param file
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    * 
    * @return DOCUMENT ME!
    */
@@ -694,7 +689,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
@@ -709,7 +704,8 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
     if (userColourSchemes != null
             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
     {
-      int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
+      int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(
+              Desktop.desktop,
               "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."
                       + "\nContinue saving colour scheme as "
                       + schemeName.getText() + "?",
@@ -721,10 +717,10 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
 
       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
     }
-    JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
-            .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
-    { "jc" }, new String[]
-    { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
+    JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
+            jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
+            { "jc" }, new String[]
+            { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 
     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
@@ -783,7 +779,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
    * DOCUMENT ME!
    * 
    * @param e
-   *                DOCUMENT ME!
+   *          DOCUMENT ME!
    */
   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
@@ -857,8 +853,8 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
     {
       if (coloursFound.toString().length() > 1)
       {
-        jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
-                .toString());
+        jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
+                coloursFound.toString());
       }
       else
       {
@@ -877,8 +873,8 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
     userColourSchemes = new Hashtable();
 
     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
-    StringTokenizer st = new StringTokenizer(jalview.bin.Cache
-            .getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
+    StringTokenizer st = new StringTokenizer(
+            jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 
     while (st.hasMoreElements())
     {
@@ -903,8 +899,8 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
 
     if (coloursFound.toString().length() > 1)
     {
-      jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
-              .toString());
+      jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
+              coloursFound.toString());
     }
     else
     {