git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
RIght align seq ids
[jalview.git] / src / jalview / jbgui / GAlignFrame.java
diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
index be0d082..d032756 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
@@ -88,7 +88,6 @@ public class GAlignFrame
   JMenuItem printMenuItem = new JMenuItem();\r
   public JCheckBoxMenuItem renderGapsMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
   JMenuItem findMenuItem = new JMenuItem();\r
-  JMenu searchMenu = new JMenu();\r
   public JCheckBoxMenuItem abovePIDThreshold = new JCheckBoxMenuItem();\r
   public JCheckBoxMenuItem showSeqFeatures = new JCheckBoxMenuItem();\r
   protected JRadioButtonMenuItem nucleotideColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
@@ -144,6 +143,11 @@ public class GAlignFrame
   JMenuItem jMenuItem1 = new JMenuItem();\r
   protected JMenuItem reload = new JMenuItem();\r
   JMenuItem newView = new JMenuItem();\r
+  JMenuItem textColour = new JMenuItem();\r
+  JMenu jMenu1 = new JMenu();\r
+  JCheckBoxMenuItem jCheckBoxMenuItem1 = new JCheckBoxMenuItem();\r
+  JMenu jMenu4 = new JMenu();\r
+  protected JCheckBoxMenuItem idRightAlign = new JCheckBoxMenuItem();\r
   public GAlignFrame()\r
   {\r
     try\r
@@ -748,8 +752,6 @@ public class GAlignFrame
         findMenuItem_actionPerformed(e);\r
       }\r
     });\r
-    searchMenu.setText("Search");\r
-\r
     abovePIDThreshold.setText("Above Identity Threshold");\r
     abovePIDThreshold.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
     {\r
@@ -821,7 +823,7 @@ public class GAlignFrame
     pasteNew.setText("To New Alignment");\r
     pasteNew.setAccelerator(javax.swing.KeyStroke.getKeyStroke(\r
         java.awt.event.KeyEvent.VK_V,\r
-        Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()|java.awt.event.KeyEvent.SHIFT_MASK, false));\r
+        Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()|java.awt.event.KeyEvent.ALT_MASK, false));\r
     pasteNew.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
     {\r
       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
@@ -1088,7 +1090,7 @@ public class GAlignFrame
         hideSelColumns_actionPerformed(e);\r
       }\r
     });\r
-    hiddenMarkers.setText("Hidden Markers");\r
+    hiddenMarkers.setText("Show Hidden Markers");\r
     hiddenMarkers.addActionListener(new ActionListener()\r
     {\r
       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
@@ -1160,11 +1162,31 @@ public class GAlignFrame
     });\r
     tabbedPane.setToolTipText("<html><i> Right-click to rename tab"\r
                               +"<br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.</i></html>");\r
+    textColour.setText("Text Colour");\r
+    textColour.addActionListener(new ActionListener()\r
+    {\r
+      public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
+      {\r
+        textColour_actionPerformed(e);\r
+      }\r
+    });\r
+    jMenu1.setText("Format");\r
+    jCheckBoxMenuItem1.setText("Right Align Ids");\r
+    jMenu4.setText("Select");\r
+    idRightAlign.setText("Right Align Sequence Id");\r
+    idRightAlign.addActionListener(new ActionListener()\r
+    {\r
+      public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
+      {\r
+        idRightAlign_actionPerformed(e);\r
+      }\r
+    });\r
 \r
     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
-    alignFrameMenuBar.add(searchMenu);\r
+    alignFrameMenuBar.add(jMenu4);\r
     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
+    alignFrameMenuBar.add(jMenu1);\r
     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
     alignFrameMenuBar.add(webService);\r
@@ -1192,12 +1214,6 @@ public class GAlignFrame
     editMenu.add(pasteMenu);\r
     editMenu.add(delete);\r
     editMenu.addSeparator();\r
-    editMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
-    editMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
-    editMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
-    editMenu.add(invertColSel);\r
-    editMenu.add(deleteGroups);\r
-    editMenu.addSeparator();\r
     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
@@ -1205,24 +1221,11 @@ public class GAlignFrame
     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
     editMenu.addSeparator();\r
     editMenu.add(padGapsMenuitem);\r
-    searchMenu.add(findMenuItem);\r
     viewMenu.add(newView);\r
     viewMenu.addSeparator();\r
-    viewMenu.add(font);\r
-    viewMenu.addSeparator();\r
     viewMenu.add(jMenu3);\r
     viewMenu.add(hideMenu);\r
-    viewMenu.add(hiddenMarkers);\r
     viewMenu.addSeparator();\r
-    viewMenu.add(wrapMenuItem);\r
-    viewMenu.add(seqLimits);\r
-    viewMenu.add(scaleAbove);\r
-    viewMenu.add(scaleLeft);\r
-    viewMenu.add(scaleRight);\r
-    viewMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
-    viewMenu.add(viewTextMenuItem);\r
-    viewMenu.add(colourTextMenuItem);\r
-    viewMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
     viewMenu.addSeparator();\r
     viewMenu.add(showSeqFeatures);\r
@@ -1230,6 +1233,7 @@ public class GAlignFrame
     viewMenu.addSeparator();\r
     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
+    colourMenu.add(textColour);\r
     colourMenu.addSeparator();\r
     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
     colourMenu.add(clustalColour);\r
@@ -1281,6 +1285,26 @@ public class GAlignFrame
     jMenu3.add(showAllSeqs);\r
     hideMenu.add(hideSelColumns);\r
     hideMenu.add(hideSelSequences);\r
+    jMenu1.add(font);\r
+    jMenu1.addSeparator();\r
+    jMenu1.add(wrapMenuItem);\r
+    jMenu1.add(scaleAbove);\r
+    jMenu1.add(scaleLeft);\r
+    jMenu1.add(scaleRight);\r
+    jMenu1.add(seqLimits);\r
+    jMenu1.add(idRightAlign);\r
+    jMenu1.add(hiddenMarkers);\r
+    jMenu1.add(viewBoxesMenuItem);\r
+    jMenu1.add(viewTextMenuItem);\r
+    jMenu1.add(colourTextMenuItem);\r
+    jMenu1.add(renderGapsMenuItem);\r
+    jMenu4.add(findMenuItem);\r
+    jMenu4.addSeparator();\r
+    jMenu4.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
+    jMenu4.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
+    jMenu4.add(invertSequenceMenuItem);\r
+    jMenu4.add(invertColSel);\r
+    jMenu4.add(deleteGroups);\r
   }\r
 \r
   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
@@ -1705,4 +1729,14 @@ public class GAlignFrame
   {\r
 \r
   }\r
+\r
+  public void textColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
+  {\r
+\r
+  }\r
+\r
+  public void idRightAlign_actionPerformed(ActionEvent e)\r
+  {\r
+\r
+  }\r
 }\r