jalview XML schema update for 2.4.1 (or 2.5?) introducing IDs for views and treepanel...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / AnnotationColours.java
index b2af2c4..36f9f93 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*\r
  * This class was automatically generated with \r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
@@ -11,15 +11,8 @@ package jalview.schemabinding.version2;
  //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class AnnotationColours.\r
@@ -34,7 +27,7 @@ public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
-     * Field _aboveThreshold\r
+     * Field _aboveThreshold.\r
      */\r
     private int _aboveThreshold;\r
 \r
@@ -44,12 +37,12 @@ public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_aboveThreshold;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _annotation\r
+     * Field _annotation.\r
      */\r
     private java.lang.String _annotation;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _minColour\r
+     * Field _minColour.\r
      */\r
     private int _minColour;\r
 \r
@@ -59,7 +52,7 @@ public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_minColour;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _maxColour\r
+     * Field _maxColour.\r
      */\r
     private int _maxColour;\r
 \r
@@ -69,12 +62,12 @@ public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_maxColour;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _colourScheme\r
+     * Field _colourScheme.\r
      */\r
     private java.lang.String _colourScheme;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _threshold\r
+     * Field _threshold.\r
      */\r
     private float _threshold;\r
 \r
@@ -90,7 +83,7 @@ public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {
 \r
     public AnnotationColours() {\r
         super();\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours()\r
+    }\r
 \r
 \r
       //-----------/\r
@@ -98,288 +91,272 @@ public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteAboveThreshold\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteAboveThreshold()\r
-    {\r
+    public void deleteAboveThreshold(\r
+    ) {\r
         this._has_aboveThreshold= false;\r
-    } //-- void deleteAboveThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteMaxColour\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteMaxColour()\r
-    {\r
+    public void deleteMaxColour(\r
+    ) {\r
         this._has_maxColour= false;\r
-    } //-- void deleteMaxColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteMinColour\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteMinColour()\r
-    {\r
+    public void deleteMinColour(\r
+    ) {\r
         this._has_minColour= false;\r
-    } //-- void deleteMinColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteThreshold\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteThreshold()\r
-    {\r
+    public void deleteThreshold(\r
+    ) {\r
         this._has_threshold= false;\r
-    } //-- void deleteThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'aboveThreshold'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'aboveThreshold'.\r
+     * @return the value of field 'AboveThreshold'.\r
      */\r
-    public int getAboveThreshold()\r
-    {\r
+    public int getAboveThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._aboveThreshold;\r
-    } //-- int getAboveThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'annotation'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'annotation'.\r
+     * @return the value of field 'Annotation'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getAnnotation()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getAnnotation(\r
+    ) {\r
         return this._annotation;\r
-    } //-- java.lang.String getAnnotation() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'colourScheme'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'colourScheme'.\r
+     * @return the value of field 'ColourScheme'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getColourScheme()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getColourScheme(\r
+    ) {\r
         return this._colourScheme;\r
-    } //-- java.lang.String getColourScheme() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'maxColour'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'maxColour'.\r
+     * @return the value of field 'MaxColour'.\r
      */\r
-    public int getMaxColour()\r
-    {\r
+    public int getMaxColour(\r
+    ) {\r
         return this._maxColour;\r
-    } //-- int getMaxColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'minColour'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'minColour'.\r
+     * @return the value of field 'MinColour'.\r
      */\r
-    public int getMinColour()\r
-    {\r
+    public int getMinColour(\r
+    ) {\r
         return this._minColour;\r
-    } //-- int getMinColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'threshold'.\r
      * \r
-     * @return float\r
-     * @return the value of field 'threshold'.\r
+     * @return the value of field 'Threshold'.\r
      */\r
-    public float getThreshold()\r
-    {\r
+    public float getThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._threshold;\r
-    } //-- float getThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasAboveThreshold\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method hasAboveThreshold.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one AboveThreshold has been added\r
      */\r
-    public boolean hasAboveThreshold()\r
-    {\r
+    public boolean hasAboveThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._has_aboveThreshold;\r
-    } //-- boolean hasAboveThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasMaxColour\r
+     * Method hasMaxColour.\r
      * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one MaxColour has been added\r
      */\r
-    public boolean hasMaxColour()\r
-    {\r
+    public boolean hasMaxColour(\r
+    ) {\r
         return this._has_maxColour;\r
-    } //-- boolean hasMaxColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasMinColour\r
-     * \r
+     * Method hasMinColour.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one MinColour has been added\r
      */\r
-    public boolean hasMinColour()\r
-    {\r
+    public boolean hasMinColour(\r
+    ) {\r
         return this._has_minColour;\r
-    } //-- boolean hasMinColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasThreshold\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method hasThreshold.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one Threshold has been added\r
      */\r
-    public boolean hasThreshold()\r
-    {\r
+    public boolean hasThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._has_threshold;\r
-    } //-- boolean hasThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method isValid\r
+     * Method isValid.\r
      * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
      */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
         try {\r
             validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param out\r
-     */\r
-    public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param handler\r
-     */\r
-    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'aboveThreshold'.\r
      * \r
      * @param aboveThreshold the value of field 'aboveThreshold'.\r
      */\r
-    public void setAboveThreshold(int aboveThreshold)\r
-    {\r
+    public void setAboveThreshold(\r
+            final int aboveThreshold) {\r
         this._aboveThreshold = aboveThreshold;\r
         this._has_aboveThreshold = true;\r
-    } //-- void setAboveThreshold(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'annotation'.\r
      * \r
      * @param annotation the value of field 'annotation'.\r
      */\r
-    public void setAnnotation(java.lang.String annotation)\r
-    {\r
+    public void setAnnotation(\r
+            final java.lang.String annotation) {\r
         this._annotation = annotation;\r
-    } //-- void setAnnotation(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'colourScheme'.\r
      * \r
      * @param colourScheme the value of field 'colourScheme'.\r
      */\r
-    public void setColourScheme(java.lang.String colourScheme)\r
-    {\r
+    public void setColourScheme(\r
+            final java.lang.String colourScheme) {\r
         this._colourScheme = colourScheme;\r
-    } //-- void setColourScheme(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'maxColour'.\r
      * \r
      * @param maxColour the value of field 'maxColour'.\r
      */\r
-    public void setMaxColour(int maxColour)\r
-    {\r
+    public void setMaxColour(\r
+            final int maxColour) {\r
         this._maxColour = maxColour;\r
         this._has_maxColour = true;\r
-    } //-- void setMaxColour(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'minColour'.\r
      * \r
      * @param minColour the value of field 'minColour'.\r
      */\r
-    public void setMinColour(int minColour)\r
-    {\r
+    public void setMinColour(\r
+            final int minColour) {\r
         this._minColour = minColour;\r
         this._has_minColour = true;\r
-    } //-- void setMinColour(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'threshold'.\r
      * \r
      * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
      */\r
-    public void setThreshold(float threshold)\r
-    {\r
+    public void setThreshold(\r
+            final float threshold) {\r
         this._threshold = threshold;\r
         this._has_threshold = true;\r
-    } //-- void setThreshold(float) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method unmarshal.\r
      * \r
      * @param reader\r
-     * @return Object\r
-     */\r
-    public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method validate\r
      * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+    }\r
 \r
 }\r