git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Save links and scores and keyValues for features
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Feature.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
index 3c738bd..305e287 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
@@ -15,6 +15,8 @@ import java.io.IOException;
 import java.io.Reader;\r
 import java.io.Serializable;\r
 import java.io.Writer;\r
+import java.util.Enumeration;\r
+import java.util.Vector;\r
 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
@@ -73,6 +75,21 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
      */\r
     private java.lang.String _featureGroup;\r
 \r
+    /**\r
+     * Field _score\r
+     */\r
+    private float _score;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _score\r
+     */\r
+    private boolean _has_score;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _otherDataList\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _otherDataList;\r
+\r
 \r
       //----------------/\r
      //- Constructors -/\r
@@ -80,6 +97,7 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
 \r
     public Feature() {\r
         super();\r
+        _otherDataList = new Vector();\r
     } //-- jalview.schemabinding.version2.Feature()\r
 \r
 \r
@@ -88,6 +106,33 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
+     * Method addOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vOtherData\r
+     */\r
+    public void addOtherData(jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _otherDataList.addElement(vOtherData);\r
+    } //-- void addOtherData(jalview.schemabinding.version2.OtherData) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method addOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vOtherData\r
+     */\r
+    public void addOtherData(int index, jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _otherDataList.insertElementAt(vOtherData, index);\r
+    } //-- void addOtherData(int, jalview.schemabinding.version2.OtherData) \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteBegin\r
      * \r
      */\r
@@ -106,6 +151,27 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteEnd() \r
 \r
     /**\r
+     * Method deleteScore\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteScore()\r
+    {\r
+        this._has_score= false;\r
+    } //-- void deleteScore() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return Enumeration\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateOtherData()\r
+    {\r
+        return _otherDataList.elements();\r
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateOtherData() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'begin'.\r
      * \r
      * @return int\r
@@ -150,6 +216,65 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
     } //-- java.lang.String getFeatureGroup() \r
 \r
     /**\r
+     * Method getOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return OtherData\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.OtherData getOtherData(int index)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _otherDataList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) _otherDataList.elementAt(index);\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.OtherData getOtherData(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return OtherData\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.OtherData[] getOtherData()\r
+    {\r
+        int size = _otherDataList.size();\r
+        jalview.schemabinding.version2.OtherData[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.OtherData[size];\r
+        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
+            mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.OtherData) _otherDataList.elementAt(index);\r
+        }\r
+        return mArray;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.OtherData[] getOtherData() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getOtherDataCount\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return int\r
+     */\r
+    public int getOtherDataCount()\r
+    {\r
+        return _otherDataList.size();\r
+    } //-- int getOtherDataCount() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'score'.\r
+     * \r
+     * @return float\r
+     * @return the value of field 'score'.\r
+     */\r
+    public float getScore()\r
+    {\r
+        return this._score;\r
+    } //-- float getScore() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'status'.\r
      * \r
      * @return String\r
@@ -196,6 +321,18 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean hasEnd() \r
 \r
     /**\r
+     * Method hasScore\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasScore()\r
+    {\r
+        return this._has_score;\r
+    } //-- boolean hasScore() \r
+\r
+    /**\r
      * Method isValid\r
      * \r
      * \r
@@ -242,6 +379,30 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
+     * Method removeAllOtherData\r
+     * \r
+     */\r
+    public void removeAllOtherData()\r
+    {\r
+        _otherDataList.removeAllElements();\r
+    } //-- void removeAllOtherData() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return OtherData\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.OtherData removeOtherData(int index)\r
+    {\r
+        java.lang.Object obj = _otherDataList.elementAt(index);\r
+        _otherDataList.removeElementAt(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) obj;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.OtherData removeOtherData(int) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'begin'.\r
      * \r
      * @param begin the value of field 'begin'.\r
@@ -284,6 +445,51 @@ public class Feature implements java.io.Serializable {
     } //-- void setFeatureGroup(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
+     * Method setOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vOtherData\r
+     */\r
+    public void setOtherData(int index, jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _otherDataList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        _otherDataList.setElementAt(vOtherData, index);\r
+    } //-- void setOtherData(int, jalview.schemabinding.version2.OtherData) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method setOtherData\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param otherDataArray\r
+     */\r
+    public void setOtherData(jalview.schemabinding.version2.OtherData[] otherDataArray)\r
+    {\r
+        //-- copy array\r
+        _otherDataList.removeAllElements();\r
+        for (int i = 0; i < otherDataArray.length; i++) {\r
+            _otherDataList.addElement(otherDataArray[i]);\r
+        }\r
+    } //-- void setOtherData(jalview.schemabinding.version2.OtherData) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'score'.\r
+     * \r
+     * @param score the value of field 'score'.\r
+     */\r
+    public void setScore(float score)\r
+    {\r
+        this._score = score;\r
+        this._has_score = true;\r
+    } //-- void setScore(float) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'status'.\r
      * \r
      * @param status the value of field 'status'.\r