JAL-1764 add structure view type attribute to project schema
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / FeatureSettings.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index 5ce4054..19c567c
-/*\r
- * This class was automatically generated with \r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
- * Schema.\r
- * $Id$\r
- */\r
-\r
-package jalview.schemabinding.version2;\r
-\r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-\r
-/**\r
- * Class FeatureSettings.\r
- * \r
- * @version $Revision$ $Date$\r
- */\r
-public class FeatureSettings implements java.io.Serializable {\r
-\r
-\r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
-    //--------------------------/\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _settingList.\r
-     */\r
-    private java.util.Vector _settingList;\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _groupList.\r
-     */\r
-    private java.util.Vector _groupList;\r
-\r
-\r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
-    //----------------/\r
-\r
-    public FeatureSettings() {\r
-        super();\r
-        this._settingList = new java.util.Vector();\r
-        this._groupList = new java.util.Vector();\r
-    }\r
-\r
-\r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
-    //-----------/\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param vGroup\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     */\r
-    public void addGroup(\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        this._groupList.addElement(vGroup);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vGroup\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     */\r
-    public void addGroup(\r
-            final int index,\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        this._groupList.add(index, vGroup);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param vSetting\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     */\r
-    public void addSetting(\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        this._settingList.addElement(vSetting);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vSetting\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     */\r
-    public void addSetting(\r
-            final int index,\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        this._settingList.add(index, vSetting);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method enumerateGroup.\r
-     * \r
-     * @return an Enumeration over all\r
-     * jalview.schemabinding.version2.Group elements\r
-     */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateGroup(\r
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-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method enumerateSetting.\r
-     * \r
-     * @return an Enumeration over all\r
-     * jalview.schemabinding.version2.Setting elements\r
-     */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateSetting(\r
-    ) {\r
-        return this._settingList.elements();\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method getGroup.\r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     * @return the value of the\r
-     * jalview.schemabinding.version2.Group at the given index\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Group getGroup(\r
-            final int index)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        // check bounds for index\r
-        if (index < 0 || index >= this._groupList.size()) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException("getGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");\r
-        }\r
-        \r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Group) _groupList.get(index);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method getGroup.Returns the contents of the collection in an\r
-     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
-     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
-     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
-     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-     * \r
-     * @return this collection as an Array\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Group[] getGroup(\r
-    ) {\r
-        jalview.schemabinding.version2.Group[] array = new jalview.schemabinding.version2.Group[0];\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Group[]) this._groupList.toArray(array);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method getGroupCount.\r
-     * \r
-     * @return the size of this collection\r
-     */\r
-    public int getGroupCount(\r
-    ) {\r
-        return this._groupList.size();\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method getSetting.\r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     * @return the value of the\r
-     * jalview.schemabinding.version2.Setting at the given index\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Setting getSetting(\r
-            final int index)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        // check bounds for index\r
-        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");\r
-        }\r
-        \r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) _settingList.get(index);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method getSetting.Returns the contents of the collection in\r
-     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
-     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
-     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
-     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-     * \r
-     * @return this collection as an Array\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Setting[] getSetting(\r
-    ) {\r
-        jalview.schemabinding.version2.Setting[] array = new jalview.schemabinding.version2.Setting[0];\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Setting[]) this._settingList.toArray(array);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method getSettingCount.\r
-     * \r
-     * @return the size of this collection\r
-     */\r
-    public int getSettingCount(\r
-    ) {\r
-        return this._settingList.size();\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method isValid.\r
-     * \r
-     * @return true if this object is valid according to the schema\r
-     */\r
-    public boolean isValid(\r
-    ) {\r
-        try {\r
-            validate();\r
-        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
-            return false;\r
-        }\r
-        return true;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param out\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     */\r
-    public void marshal(\r
-            final java.io.Writer out)\r
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        Marshaller.marshal(this, out);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param handler\r
-     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
-     * marshaling\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
-     */\r
-    public void marshal(\r
-            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     */\r
-    public void removeAllGroup(\r
-    ) {\r
-        this._groupList.clear();\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     */\r
-    public void removeAllSetting(\r
-    ) {\r
-        this._settingList.clear();\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeGroup.\r
-     * \r
-     * @param vGroup\r
-     * @return true if the object was removed from the collection.\r
-     */\r
-    public boolean removeGroup(\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup) {\r
-        boolean removed = _groupList.remove(vGroup);\r
-        return removed;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeGroupAt.\r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @return the element removed from the collection\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Group removeGroupAt(\r
-            final int index) {\r
-        java.lang.Object obj = this._groupList.remove(index);\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Group) obj;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeSetting.\r
-     * \r
-     * @param vSetting\r
-     * @return true if the object was removed from the collection.\r
-     */\r
-    public boolean removeSetting(\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting) {\r
-        boolean removed = _settingList.remove(vSetting);\r
-        return removed;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeSettingAt.\r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @return the element removed from the collection\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Setting removeSettingAt(\r
-            final int index) {\r
-        java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) obj;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vGroup\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     */\r
-    public void setGroup(\r
-            final int index,\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        // check bounds for index\r
-        if (index < 0 || index >= this._groupList.size()) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException("setGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");\r
-        }\r
-        \r
-        this._groupList.set(index, vGroup);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param vGroupArray\r
-     */\r
-    public void setGroup(\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Group[] vGroupArray) {\r
-        //-- copy array\r
-        _groupList.clear();\r
-        \r
-        for (int i = 0; i < vGroupArray.length; i++) {\r
-                this._groupList.add(vGroupArray[i]);\r
-        }\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vSetting\r
-     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
-     * given is outside the bounds of the collection\r
-     */\r
-    public void setSetting(\r
-            final int index,\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
-    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
-        // check bounds for index\r
-        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");\r
-        }\r
-        \r
-        this._settingList.set(index, vSetting);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param vSettingArray\r
-     */\r
-    public void setSetting(\r
-            final jalview.schemabinding.version2.Setting[] vSettingArray) {\r
-        //-- copy array\r
-        _settingList.clear();\r
-        \r
-        for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++) {\r
-                this._settingList.add(vSettingArray[i]);\r
-        }\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Method unmarshal.\r
-     * \r
-     * @param reader\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     * @return the unmarshaled\r
-     * jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings\r
-     */\r
-    public static jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings unmarshal(\r
-            final java.io.Reader reader)\r
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class, reader);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     */\r
-    public void validate(\r
-    )\r
-    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-        validator.validate(this);\r
-    }\r
-\r
-}\r
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
+ */
+
+package jalview.schemabinding.version2;
+
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
+
+/**
+ * Class FeatureSettings.
+ * 
+ * @version $Revision$ $Date$
+ */
+public class FeatureSettings implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _settingList.
+     */
+    private java.util.Vector _settingList;
+
+    /**
+     * Field _groupList.
+     */
+    private java.util.Vector _groupList;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public FeatureSettings() {
+        super();
+        this._settingList = new java.util.Vector();
+        this._groupList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vGroup
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addGroup(
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._groupList.addElement(vGroup);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vGroup
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addGroup(
+            final int index,
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._groupList.add(index, vGroup);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSetting
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSetting(
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._settingList.addElement(vSetting);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSetting
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSetting(
+            final int index,
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._settingList.add(index, vSetting);
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateGroup.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all
+     * jalview.schemabinding.version2.Group elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateGroup(
+    ) {
+        return this._groupList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateSetting.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all
+     * jalview.schemabinding.version2.Setting elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateSetting(
+    ) {
+        return this._settingList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method getGroup.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the
+     * jalview.schemabinding.version2.Group at the given index
+     */
+    public jalview.schemabinding.version2.Group getGroup(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._groupList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.schemabinding.version2.Group) _groupList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getGroup.Returns the contents of the collection in an
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.schemabinding.version2.Group[] getGroup(
+    ) {
+        jalview.schemabinding.version2.Group[] array = new jalview.schemabinding.version2.Group[0];
+        return (jalview.schemabinding.version2.Group[]) this._groupList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getGroupCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getGroupCount(
+    ) {
+        return this._groupList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method getSetting.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the
+     * jalview.schemabinding.version2.Setting at the given index
+     */
+    public jalview.schemabinding.version2.Setting getSetting(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) _settingList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getSetting.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.schemabinding.version2.Setting[] getSetting(
+    ) {
+        jalview.schemabinding.version2.Setting[] array = new jalview.schemabinding.version2.Setting[0];
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting[]) this._settingList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getSettingCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getSettingCount(
+    ) {
+        return this._settingList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllGroup(
+    ) {
+        this._groupList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllSetting(
+    ) {
+        this._settingList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeGroup.
+     * 
+     * @param vGroup
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeGroup(
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup) {
+        boolean removed = _groupList.remove(vGroup);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeGroupAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.schemabinding.version2.Group removeGroupAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._groupList.remove(index);
+        return (jalview.schemabinding.version2.Group) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSetting.
+     * 
+     * @param vSetting
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeSetting(
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting) {
+        boolean removed = _settingList.remove(vSetting);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSettingAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.schemabinding.version2.Setting removeSettingAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) obj;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vGroup
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setGroup(
+            final int index,
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._groupList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._groupList.set(index, vGroup);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vGroupArray
+     */
+    public void setGroup(
+            final jalview.schemabinding.version2.Group[] vGroupArray) {
+        //-- copy array
+        _groupList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vGroupArray.length; i++) {
+                this._groupList.add(vGroupArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSetting
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setSetting(
+            final int index,
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._settingList.set(index, vSetting);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSettingArray
+     */
+    public void setSetting(
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting[] vSettingArray) {
+        //-- copy array
+        _settingList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++) {
+                this._settingList.add(vSettingArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled
+     * jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings
+     */
+    public static jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
+
+}