git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1645 source formatting and organise imports
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ResidueProperties.java
diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
index ce83875..de99987 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
@@ -298,9 +298,9 @@ public class ResidueProperties
     aa2Triplet.put("v", "VAL");
   }
 
-  public static final String[] aa =
-  { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
-      "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
+  public static final String[] aa = { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E",
+      "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F", "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B",
+      "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
 
   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 
@@ -320,8 +320,8 @@ public class ResidueProperties
     scaleColours.addElement(Color.white);
   }
 
-  public static final Color[] taylor =
-  { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
+  public static final Color[] taylor = { new Color(204, 255, 0), // A
+                                                                 // Greenish-yellowy-yellow
       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
@@ -349,8 +349,7 @@ public class ResidueProperties
       Color.white // .
   };
 
-  public static final Color[] nucleotide =
-  { new Color(100, 247, 63), // A
+  public static final Color[] nucleotide = { new Color(100, 247, 63), // A
       new Color(255, 179, 64), // C
       new Color(235, 65, 60), // G
       new Color(60, 136, 238), // T
@@ -364,16 +363,15 @@ public class ResidueProperties
   };
 
   // Added for PurinePyrimidineColourScheme
-  public static final Color[] purinepyrimidine =
-  { new Color(255, 131, 250), // A, G, R purines purplish/orchid
+  public static final Color[] purinepyrimidine = {
+      new Color(255, 131, 250), // A, G, R purines purplish/orchid
       new Color(64, 224, 208), // C,U, T, Y pyrimidines turquoise
       Color.white, // all other nucleotides
       Color.white // Gap
   };
 
   // Zappo
-  public static final Color[] zappo =
-  { Color.pink, // A
+  public static final Color[] zappo = { Color.pink, // A
       midBlue, // R
       Color.green, // N
       Color.red, // D
@@ -403,8 +401,7 @@ public class ResidueProperties
   };
 
   // Dunno where I got these numbers from
-  public static final double[] hyd2 =
-  { 0.62, // A
+  public static final double[] hyd2 = { 0.62, // A
       0.29, // R
       -0.90, // N
       -0.74, // D
@@ -429,34 +426,33 @@ public class ResidueProperties
       0.0 // X
   };
 
-  public static final double[] helix =
-  { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
-      1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
+  public static final double[] helix = { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70,
+      1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16, 1.45, 1.13, 0.57, 0.77,
+      0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 
   public static final double helixmin = 0.57;
 
   public static final double helixmax = 1.51;
 
-  public static final double[] strand =
-  { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
-      1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
+  public static final double[] strand = { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19,
+      1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74, 1.05, 1.38, 0.55, 0.75,
+      1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 
   public static final double strandmin = 0.37;
 
   public static final double strandmax = 1.7;
 
-  public static final double[] turn =
-  { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
-      0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
-      0 };
+  public static final double[] turn = { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98,
+      0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01, 0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96,
+      0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0 };
 
   public static final double turnmin = 0.47;
 
   public static final double turnmax = 1.56;
 
-  public static final double[] buried =
-  { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
-      0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
+  public static final double[] buried = { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3,
+      0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2, 0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5,
+      2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
 
   public static final double buriedmin = 0.05;
 
@@ -465,9 +461,9 @@ public class ResidueProperties
   // This is hydropathy index
   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
   // 1157, 105-132, 1982
-  public static final double[] hyd =
-  { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
-      1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
+  public static final double[] hyd = { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5,
+      -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9,
+      -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 
   public static final double hydmax = 4.5;
 
@@ -475,8 +471,7 @@ public class ResidueProperties
 
   // public static final double hydmax = 1.38;
   // public static final double hydmin = -2.53;
-  private static final int[][] BLOSUM62 =
-  {
+  private static final int[][] BLOSUM62 = {
       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
@@ -526,8 +521,7 @@ public class ResidueProperties
       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 
-  static final int[][] PAM250 =
-  {
+  static final int[][] PAM250 = {
       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
           0, 0, 0, 0, -8 },
       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
@@ -603,9 +597,7 @@ public class ResidueProperties
   // treats T and U identically. R and Y weak equivalence with AG and CTU.
   // N matches any other base weakly
   //
-  static final int[][] DNA =
-  {
-  { 10, -8, -8, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // A
+  static final int[][] DNA = { { 10, -8, -8, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // A
       { -8, 10, -8, -8, -8, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // C
       { -8, -8, 10, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // G
       { -8, -8, -8, 10, 10, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // T
@@ -628,13 +620,12 @@ public class ResidueProperties
 
   }
 
-  public static final Color[] pidColours =
-  { midBlue, new Color(153, 153, 255),
+  public static final Color[] pidColours = { midBlue,
+      new Color(153, 153, 255),
       // Color.lightGray,
       new Color(204, 204, 255), };
 
-  public static final float[] pidThresholds =
-  { 80, 60, 40, };
+  public static final float[] pidThresholds = { 80, 60, 40, };
 
   public static Map<String, List<String>> codonHash = new HashMap<String, List<String>>();
 
@@ -728,28 +719,17 @@ public class ResidueProperties
     /*
      * Ambiguity codes as per http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/misc/naseq.html
      */
-    ambiguityCodes.put("R", new String[]
-    { "A", "G" });
-    ambiguityCodes.put("Y", new String[]
-    { "T", "C" });
-    ambiguityCodes.put("W", new String[]
-    { "A", "T" });
-    ambiguityCodes.put("S", new String[]
-    { "G", "C" });
-    ambiguityCodes.put("M", new String[]
-    { "A", "C" });
-    ambiguityCodes.put("K", new String[]
-    { "G", "T" });
-    ambiguityCodes.put("H", new String[]
-    { "A", "T", "C" });
-    ambiguityCodes.put("B", new String[]
-    { "G", "T", "C" });
-    ambiguityCodes.put("V", new String[]
-    { "G", "A", "C" });
-    ambiguityCodes.put("D", new String[]
-    { "G", "A", "T" });
-    ambiguityCodes.put("N", new String[]
-    { "G", "A", "T", "C" });
+    ambiguityCodes.put("R", new String[] { "A", "G" });
+    ambiguityCodes.put("Y", new String[] { "T", "C" });
+    ambiguityCodes.put("W", new String[] { "A", "T" });
+    ambiguityCodes.put("S", new String[] { "G", "C" });
+    ambiguityCodes.put("M", new String[] { "A", "C" });
+    ambiguityCodes.put("K", new String[] { "G", "T" });
+    ambiguityCodes.put("H", new String[] { "A", "T", "C" });
+    ambiguityCodes.put("B", new String[] { "G", "T", "C" });
+    ambiguityCodes.put("V", new String[] { "G", "A", "C" });
+    ambiguityCodes.put("D", new String[] { "G", "A", "T" });
+    ambiguityCodes.put("N", new String[] { "G", "A", "T", "C" });
 
     // Now build codon translation table
     codonHash2.put("AAA", "K");
@@ -888,8 +868,7 @@ public class ResidueProperties
         }
         else
         {
-          acodon[i] = new String[]
-          {};
+          acodon[i] = new String[] {};
         }
       }
       // enumerate all combinations and test for veracity of translation
@@ -911,8 +890,7 @@ public class ResidueProperties
           if (acodon[ipos].length == 0 || tpos[ipos] < 0)
           {
             _acodon += codon.charAt(ipos);
-            allres[ipos] = new char[]
-            { codon.charAt(ipos) };
+            allres[ipos] = new char[] { codon.charAt(ipos) };
           }
           else
           {
@@ -1389,8 +1367,7 @@ public class ResidueProperties
         propMatrixF[i][j] = 0;
         propMatrixPos[i][j] = 0;
         propMatrixEpos[i][j] = 0;
-        for (Enumeration<String> en = propHash.keys(); en
-                .hasMoreElements();)
+        for (Enumeration<String> en = propHash.keys(); en.hasMoreElements();)
         {
           String ph = en.nextElement();
           Map<String, Integer> pph = (Map<String, Integer>) propHash
@@ -1808,6 +1785,7 @@ public class ResidueProperties
     }
     System.out.println("};");
   }
+
   // to here
 
   /**
@@ -1836,7 +1814,9 @@ public class ResidueProperties
           result.add(nuc);
         }
       }
-    } else {
+    }
+    else
+    {
       /*
        * Peptide
        */