git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Formatting changes
[jalview.git] / src / jalview / util / Comparison.java
diff --git a/src/jalview/util/Comparison.java b/src/jalview/util/Comparison.java
index 8041d80..c779bb1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/Comparison.java
+++ b/src/jalview/util/Comparison.java
@@ -21,10 +21,27 @@ package jalview.util;
 import jalview.datamodel.*;\r
 \r
 \r
-public class Comparison {\r
+/**\r
+ * DOCUMENT ME!\r
+ *\r
+ * @author $author$\r
+ * @version $Revision$\r
+ */\r
+public class Comparison\r
+{\r
+    /** DOCUMENT ME!! */\r
     public static String GapChars = " .-";\r
 \r
-    public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj) {\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param ii DOCUMENT ME!\r
+     * @param jj DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
+    {\r
         return Comparison.compare(ii, jj, 0, ii.getLength() - 1);\r
     }\r
 \r
@@ -36,18 +53,21 @@ public class Comparison {
      * @param end int\r
      * @return float\r
      */\r
-    public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end) {\r
+    public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end)\r
+    {\r
         String si = ii.getSequence();\r
         String sj = jj.getSequence();\r
 \r
         int ilen = si.length() - 1;\r
         int jlen = sj.length() - 1;\r
 \r
-        while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen))) {\r
+        while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen)))\r
+        {\r
             ilen--;\r
         }\r
 \r
-        while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen))) {\r
+        while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen)))\r
+        {\r
             jlen--;\r
         }\r
 \r
@@ -55,10 +75,13 @@ public class Comparison {
         int match = 0;\r
         float pid = -1;\r
 \r
-        if (ilen > jlen) {\r
-            for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
+        if (ilen > jlen)\r
+        {\r
+            for (int j = 0; j < jlen; j++)\r
+            {\r
                 if (si.substring(start + j, start + j + 1).equals(sj.substring(start +\r
-                                j, start + j + 1))) {\r
+                                j, start + j + 1)))\r
+                {\r
                     match++;\r
                 }\r
 \r
@@ -66,10 +89,14 @@ public class Comparison {
             }\r
 \r
             pid = (float) match / (float) ilen * 100;\r
-        } else {\r
-            for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
+            for (int j = 0; j < jlen; j++)\r
+            {\r
                 if (si.substring(start + j, start + j + 1).equals(sj.substring(start +\r
-                                j, start + j + 1))) {\r
+                                j, start + j + 1)))\r
+                {\r
                     match++;\r
                 }\r
 \r
@@ -89,36 +116,49 @@ public class Comparison {
      * @param s2 SequenceI\r
      * @return float\r
      */\r
-    public static float PID(SequenceI s1, SequenceI s2) {\r
+    public static float PID(SequenceI s1, SequenceI s2)\r
+    {\r
         int len;\r
 \r
-        if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length()) {\r
+        if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
+        {\r
             len = s1.getSequence().length();\r
-        } else {\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
             len = s2.getSequence().length();\r
         }\r
 \r
         int bad = 0;\r
 \r
-        for (int i = 0; i < len; i++) {\r
+        for (int i = 0; i < len; i++)\r
+        {\r
             char chr1;\r
             char chr2;\r
 \r
-            if (i < s1.getSequence().length()) {\r
+            if (i < s1.getSequence().length())\r
+            {\r
                 chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
-            } else {\r
+            }\r
+            else\r
+            {\r
                 chr1 = '.';\r
             }\r
 \r
-            if (i < s2.getSequence().length()) {\r
+            if (i < s2.getSequence().length())\r
+            {\r
                 chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
-            } else {\r
+            }\r
+            else\r
+            {\r
                 chr2 = '.';\r
             }\r
 \r
             if (!(jalview.util.Comparison.isGap(chr1)) &&\r
-                    !(jalview.util.Comparison.isGap(chr2))) {\r
-                if (chr1 != chr2) {\r
+                    !(jalview.util.Comparison.isGap(chr2)))\r
+            {\r
+                if (chr1 != chr2)\r
+                {\r
                     bad++;\r
                 }\r
             }\r
@@ -128,44 +168,59 @@ public class Comparison {
     }\r
 \r
     // Another pid with region specification\r
-    public static float PID(SequenceI s1, SequenceI s2, int start, int end) {\r
+    public static float PID(SequenceI s1, SequenceI s2, int start, int end)\r
+    {\r
         int len;\r
 \r
-        if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length()) {\r
+        if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
+        {\r
             len = s1.getSequence().length();\r
-        } else {\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
             len = s2.getSequence().length();\r
         }\r
 \r
-        if (end < len) {\r
+        if (end < len)\r
+        {\r
             len = end;\r
         }\r
 \r
-        if (len < start) {\r
+        if (len < start)\r
+        {\r
             start = len - 1; // we just use a single residue for the difference\r
         }\r
 \r
         int bad = 0;\r
 \r
-        for (int i = start; i < len; i++) {\r
+        for (int i = start; i < len; i++)\r
+        {\r
             char chr1;\r
             char chr2;\r
 \r
-            if (i < s1.getSequence().length()) {\r
+            if (i < s1.getSequence().length())\r
+            {\r
                 chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
-            } else {\r
+            }\r
+            else\r
+            {\r
                 chr1 = '.';\r
             }\r
 \r
-            if (i < s2.getSequence().length()) {\r
+            if (i < s2.getSequence().length())\r
+            {\r
                 chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
-            } else {\r
+            }\r
+            else\r
+            {\r
                 chr2 = '.';\r
             }\r
 \r
             if (!(jalview.util.Comparison.isGap(chr1)) &&\r
-                    !(jalview.util.Comparison.isGap(chr2))) {\r
-                if (chr1 != chr2) {\r
+                    !(jalview.util.Comparison.isGap(chr2)))\r
+            {\r
+                if (chr1 != chr2)\r
+                {\r
                     bad++;\r
                 }\r
             }\r
@@ -174,7 +229,15 @@ public class Comparison {
         return ((float) 100 * (len - bad)) / len;\r
     }\r
 \r
-    public static boolean isGap(char c) {\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param c DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public static boolean isGap(char c)\r
+    {\r
         return ((c != '.') && (c != '-') && (c != ' ')) ? false : true;\r
     }\r
 }\r