JAL-4281 store/restore ID width and manual adjustment flag in Jalview projects
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Feature.java
index afedb4c..83ed623 100644 (file)
@@ -1,10 +1,11 @@
 //
-// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
-// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
+// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
+// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
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-// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:41 PM BST 
+// Generated on: 2023.09.08 at 03:55:49 PM BST 
 //
 
+
 package jalview.xml.binding.jalview;
 
 import java.util.ArrayList;
@@ -14,365 +15,349 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
+
 /**
- * <p>
- * Java class for feature complex type.
+ * &lt;p&gt;Java class for feature complex type.
  * 
- * <p>
- * The following schema fragment specifies the expected content contained within
- * this class.
+ * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  * 
- * <pre>
- * &lt;complexType name="feature">
- *   &lt;complexContent>
- *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *       &lt;sequence>
- *         &lt;element name="otherData" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
- *           &lt;complexType>
- *             &lt;complexContent>
- *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *                 &lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *                 &lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *                 &lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *               &lt;/restriction>
- *             &lt;/complexContent>
- *           &lt;/complexType>
- *         &lt;/element>
- *       &lt;/sequence>
- *       &lt;attribute name="begin" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
- *       &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
- *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="status" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="featureGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
- *     &lt;/restriction>
- *   &lt;/complexContent>
- * &lt;/complexType>
- * </pre>
+ * &lt;pre&gt;
+ * &amp;lt;complexType name="feature"&amp;gt;
+ *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element name="otherData" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
+ *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
+ *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ *                 &amp;lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *                 &amp;lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *                 &amp;lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
+ *         &amp;lt;/element&amp;gt;
+ *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="begin" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="status" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="featureGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
+ *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
+ * &lt;/pre&gt;
  * 
  * 
  */
 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-@XmlType(
-  name = "feature",
-  namespace = "www.jalview.org",
-  propOrder =
-  { "otherData" })
-public class Feature
-{
-
-  protected List<Feature.OtherData> otherData;
-
-  @XmlAttribute(name = "begin", required = true)
-  protected int begin;
-
-  @XmlAttribute(name = "end", required = true)
-  protected int end;
-
-  @XmlAttribute(name = "type", required = true)
-  protected String type;
-
-  @XmlAttribute(name = "description")
-  protected String description;
-
-  @XmlAttribute(name = "status")
-  protected String status;
-
-  @XmlAttribute(name = "featureGroup")
-  protected String featureGroup;
-
-  @XmlAttribute(name = "score")
-  protected Float score;
-
-  /**
-   * Gets the value of the otherData property.
-   * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the otherData property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
-   * 
-   * <pre>
-   * getOtherData().add(newItem);
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-   * {@link Feature.OtherData }
-   * 
-   * 
-   */
-  public List<Feature.OtherData> getOtherData()
-  {
-    if (otherData == null)
-    {
-      otherData = new ArrayList<Feature.OtherData>();
+@XmlType(name = "feature", namespace = "www.jalview.org", propOrder = {
+    "otherData"
+})
+public class Feature {
+
+    protected List<Feature.OtherData> otherData;
+    @XmlAttribute(name = "begin", required = true)
+    protected int begin;
+    @XmlAttribute(name = "end", required = true)
+    protected int end;
+    @XmlAttribute(name = "type", required = true)
+    protected String type;
+    @XmlAttribute(name = "description")
+    protected String description;
+    @XmlAttribute(name = "status")
+    protected String status;
+    @XmlAttribute(name = "featureGroup")
+    protected String featureGroup;
+    @XmlAttribute(name = "score")
+    protected Float score;
+
+    /**
+     * Gets the value of the otherData property.
+     * 
+     * &lt;p&gt;
+     * This accessor method returns a reference to the live list,
+     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+     * returned list will be present inside the JAXB object.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the otherData property.
+     * 
+     * &lt;p&gt;
+     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * &lt;pre&gt;
+     *    getOtherData().add(newItem);
+     * &lt;/pre&gt;
+     * 
+     * 
+     * &lt;p&gt;
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+     * {@link Feature.OtherData }
+     * 
+     * 
+     */
+    public List<Feature.OtherData> getOtherData() {
+        if (otherData == null) {
+            otherData = new ArrayList<Feature.OtherData>();
+        }
+        return this.otherData;
     }
-    return this.otherData;
-  }
-
-  /**
-   * Gets the value of the begin property.
-   * 
-   */
-  public int getBegin()
-  {
-    return begin;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of the begin property.
-   * 
-   */
-  public void setBegin(int value)
-  {
-    this.begin = value;
-  }
-
-  /**
-   * Gets the value of the end property.
-   * 
-   */
-  public int getEnd()
-  {
-    return end;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of the end property.
-   * 
-   */
-  public void setEnd(int value)
-  {
-    this.end = value;
-  }
-
-  /**
-   * Gets the value of the type property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getType()
-  {
-    return type;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of the type property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setType(String value)
-  {
-    this.type = value;
-  }
-
-  /**
-   * Gets the value of the description property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getDescription()
-  {
-    return description;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of the description property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setDescription(String value)
-  {
-    this.description = value;
-  }
-
-  /**
-   * Gets the value of the status property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getStatus()
-  {
-    return status;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of the status property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setStatus(String value)
-  {
-    this.status = value;
-  }
-
-  /**
-   * Gets the value of the featureGroup property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getFeatureGroup()
-  {
-    return featureGroup;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of the featureGroup property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setFeatureGroup(String value)
-  {
-    this.featureGroup = value;
-  }
-
-  /**
-   * Gets the value of the score property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link Float }
-   * 
-   */
-  public Float getScore()
-  {
-    return score;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of the score property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link Float }
-   * 
-   */
-  public void setScore(Float value)
-  {
-    this.score = value;
-  }
-
-  /**
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
-   * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
-   * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;complexContent>
-   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-   *       &lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-   *       &lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-   *       &lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-   *     &lt;/restriction>
-   *   &lt;/complexContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   */
-  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-  @XmlType(name = "")
-  public static class OtherData
-  {
-
-    @XmlAttribute(name = "key", required = true)
-    protected String key;
-
-    @XmlAttribute(name = "key2")
-    protected String key2;
-
-    @XmlAttribute(name = "value", required = true)
-    protected String value;
 
     /**
-     * Gets the value of the key property.
+     * Gets the value of the begin property.
      * 
-     * @return possible object is {@link String }
+     */
+    public int getBegin() {
+        return begin;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of the begin property.
      * 
      */
-    public String getKey()
-    {
-      return key;
+    public void setBegin(int value) {
+        this.begin = value;
     }
 
     /**
-     * Sets the value of the key property.
+     * Gets the value of the end property.
      * 
-     * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
+     */
+    public int getEnd() {
+        return end;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of the end property.
+     * 
+     */
+    public void setEnd(int value) {
+        this.end = value;
+    }
+
+    /**
+     * Gets the value of the type property.
      * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
      */
-    public void setKey(String value)
-    {
-      this.key = value;
+    public String getType() {
+        return type;
     }
 
     /**
-     * Gets the value of the key2 property.
+     * Sets the value of the type property.
      * 
-     * @return possible object is {@link String }
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setType(String value) {
+        this.type = value;
+    }
+
+    /**
+     * Gets the value of the description property.
      * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
      */
-    public String getKey2()
-    {
-      return key2;
+    public String getDescription() {
+        return description;
     }
 
     /**
-     * Sets the value of the key2 property.
+     * Sets the value of the description property.
      * 
      * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setDescription(String value) {
+        this.description = value;
+    }
+
+    /**
+     * Gets the value of the status property.
      * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
      */
-    public void setKey2(String value)
-    {
-      this.key2 = value;
+    public String getStatus() {
+        return status;
     }
 
     /**
-     * Gets the value of the value property.
+     * Sets the value of the status property.
      * 
-     * @return possible object is {@link String }
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setStatus(String value) {
+        this.status = value;
+    }
+
+    /**
+     * Gets the value of the featureGroup property.
      * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
      */
-    public String getValue()
-    {
-      return value;
+    public String getFeatureGroup() {
+        return featureGroup;
     }
 
     /**
-     * Sets the value of the value property.
+     * Sets the value of the featureGroup property.
      * 
      * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setFeatureGroup(String value) {
+        this.featureGroup = value;
+    }
+
+    /**
+     * Gets the value of the score property.
      * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link Float }
+     *     
      */
-    public void setValue(String value)
-    {
-      this.value = value;
+    public Float getScore() {
+        return score;
     }
 
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the score property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link Float }
+     *     
+     */
+    public void setScore(Float value) {
+        this.score = value;
+    }
+
+
+    /**
+     * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+     * 
+     * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * 
+     * &lt;pre&gt;
+     * &amp;lt;complexType&amp;gt;
+     *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+     *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+     *       &amp;lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+     *       &amp;lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+     *       &amp;lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+     *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+     *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+     * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
+     * &lt;/pre&gt;
+     * 
+     * 
+     */
+    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+    @XmlType(name = "")
+    public static class OtherData {
+
+        @XmlAttribute(name = "key", required = true)
+        protected String key;
+        @XmlAttribute(name = "key2")
+        protected String key2;
+        @XmlAttribute(name = "value", required = true)
+        protected String value;
+
+        /**
+         * Gets the value of the key property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getKey() {
+            return key;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the key property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setKey(String value) {
+            this.key = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the key2 property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getKey2() {
+            return key2;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the key2 property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setKey2(String value) {
+            this.key2 = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the value property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getValue() {
+            return value;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the value property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setValue(String value) {
+            this.value = value;
+        }
+
+    }
 
 }