JAL-3785 JAL- Merge branch 'bug/JAL-3785autoOverviewTitle' into 2_11_2_develop
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / uniprot / FeatureType.java
index e951659..d1ba929 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
 //
-// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
-// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
+// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
+// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
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-// Generated on: 2019.04.05 at 08:01:44 AM BST 
+// Generated on: 2022.02.07 at 04:44:21 PM GMT 
 //
 
 
@@ -21,81 +21,81 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  * Describes different types of sequence annotations.
  *             Equivalent to the flat file FT-line.
  * 
- * <p>Java class for featureType complex type.
+ * &lt;p&gt;Java class for featureType complex type.
  * 
- * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+ * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  * 
- * <pre>
- * &lt;complexType name="featureType">
- *   &lt;complexContent>
- *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *       &lt;sequence>
- *         &lt;element name="original" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element name="variation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element name="location" type="{http://uniprot.org/uniprot}locationType"/>
- *       &lt;/sequence>
- *       &lt;attribute name="type" use="required">
- *         &lt;simpleType>
- *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
- *             &lt;enumeration value="active site"/>
- *             &lt;enumeration value="binding site"/>
- *             &lt;enumeration value="calcium-binding region"/>
- *             &lt;enumeration value="chain"/>
- *             &lt;enumeration value="coiled-coil region"/>
- *             &lt;enumeration value="compositionally biased region"/>
- *             &lt;enumeration value="cross-link"/>
- *             &lt;enumeration value="disulfide bond"/>
- *             &lt;enumeration value="DNA-binding region"/>
- *             &lt;enumeration value="domain"/>
- *             &lt;enumeration value="glycosylation site"/>
- *             &lt;enumeration value="helix"/>
- *             &lt;enumeration value="initiator methionine"/>
- *             &lt;enumeration value="lipid moiety-binding region"/>
- *             &lt;enumeration value="metal ion-binding site"/>
- *             &lt;enumeration value="modified residue"/>
- *             &lt;enumeration value="mutagenesis site"/>
- *             &lt;enumeration value="non-consecutive residues"/>
- *             &lt;enumeration value="non-terminal residue"/>
- *             &lt;enumeration value="nucleotide phosphate-binding region"/>
- *             &lt;enumeration value="peptide"/>
- *             &lt;enumeration value="propeptide"/>
- *             &lt;enumeration value="region of interest"/>
- *             &lt;enumeration value="repeat"/>
- *             &lt;enumeration value="non-standard amino acid"/>
- *             &lt;enumeration value="sequence conflict"/>
- *             &lt;enumeration value="sequence variant"/>
- *             &lt;enumeration value="short sequence motif"/>
- *             &lt;enumeration value="signal peptide"/>
- *             &lt;enumeration value="site"/>
- *             &lt;enumeration value="splice variant"/>
- *             &lt;enumeration value="strand"/>
- *             &lt;enumeration value="topological domain"/>
- *             &lt;enumeration value="transit peptide"/>
- *             &lt;enumeration value="transmembrane region"/>
- *             &lt;enumeration value="turn"/>
- *             &lt;enumeration value="unsure residue"/>
- *             &lt;enumeration value="zinc finger region"/>
- *             &lt;enumeration value="intramembrane region"/>
- *           &lt;/restriction>
- *         &lt;/simpleType>
- *       &lt;/attribute>
- *       &lt;attribute name="status">
- *         &lt;simpleType>
- *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
- *             &lt;enumeration value="by similarity"/>
- *             &lt;enumeration value="probable"/>
- *             &lt;enumeration value="potential"/>
- *           &lt;/restriction>
- *         &lt;/simpleType>
- *       &lt;/attribute>
- *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
- *       &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *     &lt;/restriction>
- *   &lt;/complexContent>
- * &lt;/complexType>
- * </pre>
+ * &lt;pre&gt;
+ * &amp;lt;complexType name="featureType"&amp;gt;
+ *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element name="original" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element name="variation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element name="location" type="{http://uniprot.org/uniprot}locationType"/&amp;gt;
+ *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="type" use="required"&amp;gt;
+ *         &amp;lt;simpleType&amp;gt;
+ *           &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="active site"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="binding site"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="calcium-binding region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="chain"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="coiled-coil region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="compositionally biased region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="cross-link"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="disulfide bond"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="DNA-binding region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="domain"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="glycosylation site"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="helix"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="initiator methionine"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="lipid moiety-binding region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="metal ion-binding site"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="modified residue"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="mutagenesis site"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="non-consecutive residues"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="non-terminal residue"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="nucleotide phosphate-binding region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="peptide"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="propeptide"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="region of interest"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="repeat"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="non-standard amino acid"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="sequence conflict"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="sequence variant"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="short sequence motif"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="signal peptide"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="site"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="splice variant"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="strand"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="topological domain"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="transit peptide"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="transmembrane region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="turn"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="unsure residue"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="zinc finger region"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="intramembrane region"/&amp;gt;
+ *           &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ *         &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
+ *       &amp;lt;/attribute&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="status"&amp;gt;
+ *         &amp;lt;simpleType&amp;gt;
+ *           &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="by similarity"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="probable"/&amp;gt;
+ *             &amp;lt;enumeration value="potential"/&amp;gt;
+ *           &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ *         &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
+ *       &amp;lt;/attribute&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
+ * &lt;/pre&gt;
  * 
  * 
  */
@@ -151,20 +151,20 @@ public class FeatureType {
     /**
      * Gets the value of the variation property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the variation property.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the variation property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
+     * &lt;pre&gt;
      *    getVariation().add(newItem);
-     * </pre>
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link String }
      * 
@@ -300,20 +300,20 @@ public class FeatureType {
     /**
      * Gets the value of the evidence property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the evidence property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
+     * &lt;pre&gt;
      *    getEvidence().add(newItem);
-     * </pre>
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link Integer }
      *