JAL-1713 update from Jalview 2.11.3 develop
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / uniprot / SourceDataType.java
index 3b71bae..f66020c 100644 (file)
@@ -2,9 +2,10 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
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-// Generated on: 2019.04.05 at 08:01:44 AM BST 
+// Generated on: 2023.01.31 at 04:07:10 PM GMT 
 //
 
+
 package jalview.xml.binding.uniprot;
 
 import java.util.ArrayList;
@@ -17,16 +18,14 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlElements;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
 
+
 /**
- * Describes the source of the sequence according to the citation. Equivalent to
- * the flat file RC-line.
+ * Describes the source of the sequence according to the citation.
+ *             Equivalent to the flat file RC-line.
  * 
- * <p>
- * Java class for sourceDataType complex type.
+ * <p>Java class for sourceDataType complex type.
  * 
- * <p>
- * The following schema fragment specifies the expected content contained within
- * this class.
+ * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  * 
  * <pre>
  * &lt;complexType name="sourceDataType">
@@ -78,401 +77,385 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  * 
  */
 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-@XmlType(
-  name = "sourceDataType",
-  propOrder =
-  { "strainOrPlasmidOrTransposon" })
-public class SourceDataType
-{
-
-  @XmlElements({
-      @XmlElement(name = "strain", type = SourceDataType.Strain.class),
-      @XmlElement(name = "plasmid", type = SourceDataType.Plasmid.class),
-      @XmlElement(
-        name = "transposon",
-        type = SourceDataType.Transposon.class),
-      @XmlElement(name = "tissue", type = SourceDataType.Tissue.class) })
-  protected List<Object> strainOrPlasmidOrTransposon;
-
-  /**
-   * Gets the value of the strainOrPlasmidOrTransposon property.
-   * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the strainOrPlasmidOrTransposon property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
-   * 
-   * <pre>
-   * getStrainOrPlasmidOrTransposon().add(newItem);
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-   * {@link SourceDataType.Strain } {@link SourceDataType.Plasmid }
-   * {@link SourceDataType.Transposon } {@link SourceDataType.Tissue }
-   * 
-   * 
-   */
-  public List<Object> getStrainOrPlasmidOrTransposon()
-  {
-    if (strainOrPlasmidOrTransposon == null)
-    {
-      strainOrPlasmidOrTransposon = new ArrayList<Object>();
-    }
-    return this.strainOrPlasmidOrTransposon;
-  }
-
-  /**
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
-   * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
-   * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;simpleContent>
-   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-   *     &lt;/extension>
-   *   &lt;/simpleContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   */
-  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
-  public static class Plasmid
-  {
-
-    @XmlValue
-    protected String value;
-
-    @XmlAttribute(name = "evidence")
-    protected List<Integer> evidence;
-
-    /**
-     * Gets the value of the value property.
-     * 
-     * @return possible object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public String getValue()
-    {
-      return value;
-    }
+@XmlType(name = "sourceDataType", propOrder = {
+    "strainOrPlasmidOrTransposon"
+})
+public class SourceDataType {
+
+    @XmlElements({
+        @XmlElement(name = "strain", type = SourceDataType.Strain.class),
+        @XmlElement(name = "plasmid", type = SourceDataType.Plasmid.class),
+        @XmlElement(name = "transposon", type = SourceDataType.Transposon.class),
+        @XmlElement(name = "tissue", type = SourceDataType.Tissue.class)
+    })
+    protected List<Object> strainOrPlasmidOrTransposon;
 
     /**
-     * Sets the value of the value property.
-     * 
-     * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public void setValue(String value)
-    {
-      this.value = value;
-    }
-
-    /**
-     * Gets the value of the evidence property.
+     * Gets the value of the strainOrPlasmidOrTransposon property.
      * 
      * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
-     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
-     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
-     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+     * This accessor method returns a reference to the live list,
+     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+     * returned list will be present inside the JAXB object.
+     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the strainOrPlasmidOrTransposon property.
      * 
      * <p>
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * 
      * <pre>
-     * getEvidence().add(newItem);
+     *    getStrainOrPlasmidOrTransposon().add(newItem);
      * </pre>
      * 
      * 
      * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+     * {@link SourceDataType.Strain }
+     * {@link SourceDataType.Plasmid }
+     * {@link SourceDataType.Transposon }
+     * {@link SourceDataType.Tissue }
      * 
      * 
      */
-    public List<Integer> getEvidence()
-    {
-      if (evidence == null)
-      {
-        evidence = new ArrayList<Integer>();
-      }
-      return this.evidence;
+    public List<Object> getStrainOrPlasmidOrTransposon() {
+        if (strainOrPlasmidOrTransposon == null) {
+            strainOrPlasmidOrTransposon = new ArrayList<Object>();
+        }
+        return this.strainOrPlasmidOrTransposon;
     }
 
-  }
-
-  /**
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
-   * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
-   * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;simpleContent>
-   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-   *     &lt;/extension>
-   *   &lt;/simpleContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   */
-  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
-  public static class Strain
-  {
-
-    @XmlValue
-    protected String value;
-
-    @XmlAttribute(name = "evidence")
-    protected List<Integer> evidence;
 
     /**
-     * Gets the value of the value property.
+     * <p>Java class for anonymous complex type.
      * 
-     * @return possible object is {@link String }
+     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
      * 
-     */
-    public String getValue()
-    {
-      return value;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of the value property.
+     * <pre>
+     * &lt;complexType>
+     *   &lt;simpleContent>
+     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+     *     &lt;/extension>
+     *   &lt;/simpleContent>
+     * &lt;/complexType>
+     * </pre>
      * 
-     * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
      * 
      */
-    public void setValue(String value)
-    {
-      this.value = value;
+    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+    @XmlType(name = "", propOrder = {
+        "value"
+    })
+    public static class Plasmid {
+
+        @XmlValue
+        protected String value;
+        @XmlAttribute(name = "evidence")
+        protected List<Integer> evidence;
+
+        /**
+         * Gets the value of the value property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getValue() {
+            return value;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the value property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setValue(String value) {
+            this.value = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * This accessor method returns a reference to the live list,
+         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+         * returned list will be present inside the JAXB object.
+         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * For example, to add a new item, do as follows:
+         * <pre>
+         *    getEvidence().add(newItem);
+         * </pre>
+         * 
+         * 
+         * <p>
+         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+         * {@link Integer }
+         * 
+         * 
+         */
+        public List<Integer> getEvidence() {
+            if (evidence == null) {
+                evidence = new ArrayList<Integer>();
+            }
+            return this.evidence;
+        }
+
     }
 
+
     /**
-     * Gets the value of the evidence property.
+     * <p>Java class for anonymous complex type.
      * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
-     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
-     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
-     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
      * 
      * <pre>
-     * getEvidence().add(newItem);
+     * &lt;complexType>
+     *   &lt;simpleContent>
+     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+     *     &lt;/extension>
+     *   &lt;/simpleContent>
+     * &lt;/complexType>
      * </pre>
      * 
      * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
-     * 
-     * 
      */
-    public List<Integer> getEvidence()
-    {
-      if (evidence == null)
-      {
-        evidence = new ArrayList<Integer>();
-      }
-      return this.evidence;
-    }
-
-  }
-
-  /**
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
-   * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
-   * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;simpleContent>
-   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-   *     &lt;/extension>
-   *   &lt;/simpleContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   */
-  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
-  public static class Tissue
-  {
-
-    @XmlValue
-    protected String value;
-
-    @XmlAttribute(name = "evidence")
-    protected List<Integer> evidence;
+    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+    @XmlType(name = "", propOrder = {
+        "value"
+    })
+    public static class Strain {
+
+        @XmlValue
+        protected String value;
+        @XmlAttribute(name = "evidence")
+        protected List<Integer> evidence;
+
+        /**
+         * Gets the value of the value property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getValue() {
+            return value;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the value property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setValue(String value) {
+            this.value = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * This accessor method returns a reference to the live list,
+         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+         * returned list will be present inside the JAXB object.
+         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * For example, to add a new item, do as follows:
+         * <pre>
+         *    getEvidence().add(newItem);
+         * </pre>
+         * 
+         * 
+         * <p>
+         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+         * {@link Integer }
+         * 
+         * 
+         */
+        public List<Integer> getEvidence() {
+            if (evidence == null) {
+                evidence = new ArrayList<Integer>();
+            }
+            return this.evidence;
+        }
 
-    /**
-     * Gets the value of the value property.
-     * 
-     * @return possible object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public String getValue()
-    {
-      return value;
     }
 
-    /**
-     * Sets the value of the value property.
-     * 
-     * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public void setValue(String value)
-    {
-      this.value = value;
-    }
 
     /**
-     * Gets the value of the evidence property.
+     * <p>Java class for anonymous complex type.
      * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
-     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
-     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
-     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
      * 
      * <pre>
-     * getEvidence().add(newItem);
+     * &lt;complexType>
+     *   &lt;simpleContent>
+     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+     *     &lt;/extension>
+     *   &lt;/simpleContent>
+     * &lt;/complexType>
      * </pre>
      * 
      * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
-     * 
-     * 
      */
-    public List<Integer> getEvidence()
-    {
-      if (evidence == null)
-      {
-        evidence = new ArrayList<Integer>();
-      }
-      return this.evidence;
-    }
+    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+    @XmlType(name = "", propOrder = {
+        "value"
+    })
+    public static class Tissue {
+
+        @XmlValue
+        protected String value;
+        @XmlAttribute(name = "evidence")
+        protected List<Integer> evidence;
+
+        /**
+         * Gets the value of the value property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getValue() {
+            return value;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the value property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setValue(String value) {
+            this.value = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * This accessor method returns a reference to the live list,
+         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+         * returned list will be present inside the JAXB object.
+         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * For example, to add a new item, do as follows:
+         * <pre>
+         *    getEvidence().add(newItem);
+         * </pre>
+         * 
+         * 
+         * <p>
+         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+         * {@link Integer }
+         * 
+         * 
+         */
+        public List<Integer> getEvidence() {
+            if (evidence == null) {
+                evidence = new ArrayList<Integer>();
+            }
+            return this.evidence;
+        }
 
-  }
-
-  /**
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
-   * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
-   * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;simpleContent>
-   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-   *     &lt;/extension>
-   *   &lt;/simpleContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   */
-  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
-  public static class Transposon
-  {
-
-    @XmlValue
-    protected String value;
-
-    @XmlAttribute(name = "evidence")
-    protected List<Integer> evidence;
-
-    /**
-     * Gets the value of the value property.
-     * 
-     * @return possible object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public String getValue()
-    {
-      return value;
     }
 
-    /**
-     * Sets the value of the value property.
-     * 
-     * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public void setValue(String value)
-    {
-      this.value = value;
-    }
 
     /**
-     * Gets the value of the evidence property.
+     * <p>Java class for anonymous complex type.
      * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
-     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
-     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
-     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
      * 
      * <pre>
-     * getEvidence().add(newItem);
+     * &lt;complexType>
+     *   &lt;simpleContent>
+     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+     *     &lt;/extension>
+     *   &lt;/simpleContent>
+     * &lt;/complexType>
      * </pre>
      * 
      * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
-     * 
-     * 
      */
-    public List<Integer> getEvidence()
-    {
-      if (evidence == null)
-      {
-        evidence = new ArrayList<Integer>();
-      }
-      return this.evidence;
-    }
+    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+    @XmlType(name = "", propOrder = {
+        "value"
+    })
+    public static class Transposon {
+
+        @XmlValue
+        protected String value;
+        @XmlAttribute(name = "evidence")
+        protected List<Integer> evidence;
+
+        /**
+         * Gets the value of the value property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getValue() {
+            return value;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the value property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setValue(String value) {
+            this.value = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * This accessor method returns a reference to the live list,
+         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+         * returned list will be present inside the JAXB object.
+         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+         * 
+         * <p>
+         * For example, to add a new item, do as follows:
+         * <pre>
+         *    getEvidence().add(newItem);
+         * </pre>
+         * 
+         * 
+         * <p>
+         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+         * {@link Integer }
+         * 
+         * 
+         */
+        public List<Integer> getEvidence() {
+            if (evidence == null) {
+                evidence = new ArrayList<Integer>();
+            }
+            return this.evidence;
+        }
 
-  }
+    }
 
 }