Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

[jalview.git] / utils / patchGt.pl
diff --git a/utils/patchGt.pl b/utils/patchGt.pl

index 07811b0..6f8162c 100644 (file)
--- a/utils/patchGt.pl
+++ b/utils/patchGt.pl
@@ -1,10 +1,29 @@
  #!/bin/perl
+##
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+# Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+#  
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+# The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+##
  
  use strict;
  use Env qw($GTID);
  
  defined($GTID) or $GTID="UA-9060947-1";
  my $SCRIPT = <<FOO;
+<body>
  <script type="text/javascript">
      var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ?
         "https://ssl." : "http://www.");
@@ -17,7 +36,6 @@ try{
      pageTracker._trackPageview();
  } catch(err) {}
  </script>
-</body>
  FOO
                 
  while (scalar @ARGV)
@@ -28,8 +46,10 @@ while (scalar @ARGV)
             if (open OF,">$f.".$GTID) {
                 if (open IF,"$f") {
                 while (<IF>) {
-                   if ($_=~m!</body>!) {
-                       $_=~s!</body>!$SCRIPT!;
+                   if ($_=~m!<body>!) {
+                       $_=~s!<body>!$SCRIPT!;
+                   } else {
+#                      $_=~s!href="([~"]+)"!href="$1" onclick="
                     }
                     print OF $_;
                 }