Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2
tweaking to deal with my own conflict finessing
Conflicts:
src/jalview/io/StockholmFile.java

Merge branch 'JAL-1161_optimisingAnnotationPanel' into develop

Conflicts:
src/jalview/datamodel/Annotation.java
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
Feature conflict left unresolved - JAL-1081 (Pseuodknots) which utilises VARNA to process stockholm annotation data

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

JAL-1259 patch to avoid NPE

Merge branch 'menard' into develop_m2_8_1_2

JAL-???? notes on summarisation and analysis of annotation tracks

JAL-1291 reinstate fastPaint flag manipulation to make trackPad scrolling smooth

JAL-1291 TODO: revised graphGroup model so grouped graphs are more efficiently rendered

JAL-1291 - don't touch the graphics object until after deciding to skip annotation row

JAL-1291 conditional output of rendering debugging info

patch for JAL-1300 fixes JAL-1294: read and write COMBINE statements that use SEQUENCE_REF and GROUP_REF scope to conserve annotation rows with seqeunce and group references

JAL-1300 test and example data for parsing annotation files with COMBINE statements to group sequence associated annotation

JAL-1295 test to demonstrate JAL-1294 (caused by JAL-1297)

JAL-1295 refactored Jws2 discovery bootstrap code to test utility class

JAL-1295 relaxed test for Annotation element equivalence and javadoc to clarify format for Annotation.toString

JAL-381 Desktop.addInternalFrame cannot be called in headless mode

JAL-1299 fix: ensure a new graphGroup is created if first row identified in COMBINE statement doesn't have existing graphGroup assignment

JAL-1295 JAL-1296 clearer assertion failed message

JAL-1295 JAL-1297 enhance test to check graph visiblity and graphGroup set equivalence

fix for JAL-1297: COMBINE output now follows specification and all additional annotation rows included in output (not just the first one which wasn't hidden)

JAL-1296 JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294
test alignment annotation file IO for example given in documentation and for multiple combine statement

JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 allow alignment+annotation equivalence test to be used in other tests

javadoc and formatting

JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 sensible toString for benefit of annotation IO test

JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 improve test logic for comparing annotation elements

JAL-1296 reinstated tab characters so example annotation file can be copied and pasted to a file and imported

JAL-1070 - [ not a real patch ] - include offending line number and content in output when an Alignment annotation file parsing exception stacktraces to stderr

JAL-966 paintrefresher should be abstract [ Merge branch 'jv3_notes' into JAL-1161_optAnnotPanelRendering ]

JAL-1161 conditional parameters for controlling clipping

JAL-1292 avoid exception by using bitset of arbitrary width for remembering which graphgroups have been drawn

JAL-1161 changed signature to allow clipping bounds for panel to be obtained

formatting

JAL-1161 only trigger an annotation repaint in unwrapped view when the horizontal offset changes.

JAL-1161 enable fastPaint for nudges from scroll bars or trackpad

JAL-1161 stick to api

typo

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

JAL-1140 JAL-674 process with annotate3d and Jmol to get RNA and protein secondary structure (will need to refactor this when merging to development branch)

JAL-674 ensure annotation is properly annotated

JAL-1231 add chain ID

JAL-1231 allow Jmol file handler to read from a stream

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into rnaml_test

split test for general Stockholm IO consistency (JAL-1199) from test for IO of sequence metadata (JAL-1265)

JAL-1199 JAL-1272 remove main() method from test class

formatting

JAL-1199 JAL-1272 refactored Natasha's test to a generic alignment data consistency test

JAL-1286 URL stream reader tries to use a GZIPInputStream if URL ends in .gz

Merge branch 'JAL-1289_initCallBack' into Release_2_8_Branch

Merge branch 'JAL-1289_initCallBack' into develop

JAL-1289 call oninit callback even if no alignment data was loaded

Merge branch 'JAL-1286_gzip' into Release_2_8_Branch

JAL-1286 URL stream reader tries to use a GZIPInputStream if URL ends in .gz

JAL-1140 JAL-1215 JAL-1272 test import of RNAML and output as stockholm

split test for general Stockholm IO consistency (JAL-1199) from test for IO of sequence metadata (JAL-1265)

JAL-1199 JAL-1272 remove main() method from test class

formatting

JAL-1199 JAL-1272 refactored Natasha's test to a generic alignment data consistency test

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into rnaml_test

Conflicts:
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
Merged in Natasha's writer and enhanced parser and relocated VARNA based parser to unused function. This version will *not* cope with pseudoknots

JAL-1140 reinstate the simpler version of parsing code from annotate3d update

patch for bizarre ConcurrentModificationException that I've never seen before !

Merge branch 'jims_annotate3d_update' into menard_finalsep2012

JAL-1269 is fixed by this merge
Conflicts:
.classpath
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/io/RnamlFile.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java

fix merge conflicts for finess on JAL-1140 (introduced by 1a8f953dd71a9e319e910261927f269d69b4692c)

JAL-1216 switch to official release of VARNA 3.9

JAL-1213 JAL-674 robust test with an existing structure in the examples directory

JAL-1214 todo

JAL-1213 JAL-674 - import a PDB file using Jmol data api and decorate any peptide sequences with secondary structure annotation

JAL-674 commented out annotate3d calling code for Jmol external processing routine

JAL-1028 JAL-674 hooks to call external processing for peptide and nucleic acid sequences and map secondary structure annotation onto sequence imported into Jalview

patch for 'This parser does not support specification "null" version "null"' error

json simple library

upgrade to latest paradise services model using JSon response.

Merge branch 'Release_2_8_Branch' into JAL-1199-Stk_writing

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

JAL-1265 basic support for parsing database accessions from Stockholm
JAL-851 - guess the primary sequence accession based on RFAM or PFAM alignment accession code

JAL-1199 added test for Rfam Stockholm file example

JAL-1199 refactored stockholm test code from main class and added a Pfam Stockholm file for testing purposes (with new PDB dbref test)

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

formatting

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

Merge branch 'Dbfetch_hotfix-JAL-1238' into develop

Merge branch 'Dbfetch_hotfix-JAL-1238' into Release_2_8_Branch

JAL-1238 test to see if the primary Uniprot source is placed first in list of Uniprot sources

JAL-1238 order to place primary sources before lower tier sources

JAL-1238 method to test if DAS source is a primary reference source

JAL-1238 tier index indicating distance of a source from the primary source for that database - level 0 sources are the only ones that should be used to validate sequences.

Merge branch 'JAL-1254-hotfix' into develop

Merge branch 'JAL-1254-hotfix' into Release_2_8_Branch

JAL-1255 don't show 'Right click to add annotations' message in wrapped mode

JAL-1254 patch for NPE in annotation renderer when no annotations shown in alignment.

test for output a file in Stockholm format

Output accession number for file in stockholm format

JAL-1217 check and avoid NPE if no datastore object instantiated

JAL-1217 report exception for service when no datastore can be created

revised renderer and annotation model to support different pair-patterns - needs merging and debugging

convenience function to get the RNA model for an annotation row (probably unused - need to check)

use new secstructure process algorithm

Anne's refined RNAML parser. Seems to have some bugs still (merge with jprocter's bugfixed parser)

Anne reinstated general stockholm parser code but extended to support pseudoknot annotation lines. This will need merging with Natasha's upgraded io.StockholmFile class

typing

consensus secondary structure algorithm (possibly came from VARNA)