accelerators, save menu item

Alignpanel is not new if copied from j2xml

Consensus may already have been removed

Remove unnecessary refresh

Use Jalview2XML to copy AlignmentPanel

return if image is null

Update editMenuBar after alignment  changed

Set menu state in alignFrame

Fire align change for case change

History is per viewport

selected states set in updateMenusFromViewport

Use system path separator char

dasregistry is now dasregistry.org

Fix for feature name amended

shift I to inverse sequence selection

Append html

Update features

conservation lock

deleteSequenceFeature

Remove consensus annotation if out of memory

updatingConsensus, updatingConservation is static - only one thread can run the calculation at once, otherwise we'll go out of memory

PaintRefresher can calculate seqs added or removed

Dont remove or add PaintRefresher registrations for explode, gather views

-1 error

Reset colour schemes and alignmentChanged moved to viewport

If sequence is null, dont add it

New padgaps works out number of gaps to insert, delete

Rename old properties file before writing new

Focus listener on Tabbed pane, gives keyboard focus back to alignFrame

Only adds history item if size>0

Returns number of columns deleted

Remove system.out

void changeCase(ActionEvent e

set quality to null if removed

showConservation, quality, identity not used

Dont readd the undo

check command.string[i] is not null

Sequence length maybe less than end

Error message changed

Sequences may be hidden, not in this aligment

Invert accelerators

sequence may be null if hidden or deleted

Set alignFrame of gathered panels to be the source AlignFrame

remove gaps size range

No need to reduce length if inserting more gaps at the end of a sequence

Check if hiddenSequence has been deleted

Known bugs fixed

Dont scroll off width-1

We can delete sequence 0

Return if negative width, ie alignment deleted

Check hiddenSequence before placing in tmp

Get sequence in routine

viewport.hasHiddenColumns updated after undo/redo performed

EditCommand added to AlignFrame

Adjusts columnSelection correctly

Adjusts hiddenColumns correctly

more accelerators

Only send one call per sequence at the moment

ShowConservation, quality, identity not used

Must set alignIndex before delete takes place

Use EditCommand.Cut

HistoryItem replaced by CommandI

EditCommand implemented

must translate graphics back the same amountcvs diff SeqCanvas.java

Change Case is undoable

SequenceIndex might be beyond old height

Must catch image outOfMemoryError

changeCase, removeGaps moved to commands package

maxIdLength redundant, deleteCols, trimLeft, removeGaps moved to Commands

Uses RemoveGapsCommand

Remove variables not used

Remove unneccessary import

Make everything final

New accelerators

Commented out for compilation

setOrder is public

Commands which can be done, or undone

Its historycvs remove jalview/datamodel/HistoryItem.java

fixes bug reported by Christopher Tan (help@jalview.org) - preservation of sequence description in aligned sequences.

Wait for response from server before next sequence

showqual, showcons never used

remove html and body from tooltip

new feature args

Can set description for new features

Faded anntotations when recalculating

set conserve and quality null if outofmemory

No longer a FeatureListener

parseDescriptionHTML

draw text after linkimage

Remove system.out

Gerneral XML parse error

fixed array out of bounds exception in copy constructor

showQuality may be updated during archive file load

Convenient function findEndRes

Add features from Popupmenu

Overview may request index beyond alignment height

Use i, not index if not representedSeqs

If conservation is null, disable Blosum62 and conservation colouring

Annotasiont[j] might be null

Local adjustForhiddenSeqs routine