rearranged project structure

new ant build for Jalview.

add titles

add history for cut and paste

updated help files

images moved

note of user_defined_colours added

image moved

Sets USER_DEFINED_COLOUR as property

images in image folder

Updated help pages

treepanel is now internalframe, has a menu

show sequence features is false by default

tree is printable

treepanel is now internalframe

featuresAdded = false

wrap alignment id drawing bug fixed

Save as jpg added

Fix bug when creating treepanel

abovePIDThreshold added to viewport

no action if supplied colour isnull

catch any pid or conservation related bugs here

add applytoallgroups colouring option

must add all features even if start and end res are beyond sequence length

move sequences up and down

add VK_F key, up down

end of seq adjustments

dont add new seqs to group

watch out for end of seq in findposition

update start and end res when copying

add control a key to select all

bug fixed if featureEnd is beyond end of sequence

watch end of sequence when asking for (start, end)

dont add new sequences to null groups!

change of label text

cut and paste now in main menu

trimmed down

Key listener works!!

Cut and paste implemented

check that we're not off the end of a sequence

check that mouse is over sequence if unaligned

edit sequence name method

remove try catch loop

isAligned method added, check before making tree

isAligned method added

removed

Start the thread

Display tooltip updated

Correct number of ids is drawn

Fixed display bugs when feature is off the screen

Blasts asynchronously

Set property returns key

Looks for missing ids using BlastClient

new class

formatting imports.

Properties bug fixed

New class

Use Cache.getProperty

Settooltip for sequence feature

load properties on startup

Properties added

Now displays sequence features

New class for fetching sequence features

SequenceFeature display added

Modified for wrapAlignement

Remove test image

Modified for wrappingAlignment

Apply to all groups method added

Update PID or conservationSlider if necessary

Bugs in column selection fixed

Conservation and PID colouring methods updated, also remove group added

Conservation and PID colouring methods updated

Secondary panel is hidden for the moment

Enable wrap menu item

Ability to apply to all groups added

No need for drawableSequence

Clustal colours now work

New layout, works 1.4 and 1.5

correct border width

JavaHelp files added

ColourSchemeKey now in documentation

system.exit or destroy if applet or app

change order of menuitems

don't system.ext

now has key listener

clustalColour bug fixed, clear selection

extends Applet

Adds regex.jar to classpath

warning! this is obfuscated

bug in compare fixed

returns color.white if the underlying colourscheme is null

creates new groups when selecting branches of the tree

now uses 1.1 friendly regex

Clear selection when deleting all groups

Allow removal of colour when deleting groups

remove a few imports

Nucleotide colours added

New colourScheme

Create group from search added

Delete groups added, nucleotide color added