Note on build target being usage

Default raget is :usage

2.08 update

2.08 updates

Modified for 2.08

New files

Draw threshold over graph

loadDataFile is public

Add annoations from the command line

Overview follows cursor movement

Set keyboard numbers to null if esc pressed

Keyboard editing added to applet

set current tree once the tree is prepared

Jalview2XML does not use static load

Pad gaps removes excess gaps

Specify com.stevesoft.pat.Regex

Autocalculate consensus

More keys for editing

Get hiddenBoundaryLeft and right

Jalview2XML does not use static load anymore

Disable hide regions

Scrolls if dragged off the screen

Keyboard editing

Cursor colour

Set current tree when ready

Allows loading of archive XML

For archive only

Uses descriptors

Binding with descriptors

Namespace changes

Feature settings

Has its own featureRenderer

Group colours not used

Associated Data menu item

Cursor added

Typo

fr.transferSettings

FeatureSettings bug fixed

Feature added to group search results

Groups compatibility

No need to hava SSX as array

CursoMode added

Load data file added

Trim line

Features added to group Uniprot

Add check if sequence already exists

FeaturesGroup added to constructor

1 too many

Features added to group search results

-1 +1 check removed

1 too many in drawgraph

Annotation colour scheme added

Called from AnnotationColourChooser and Feature Settings

Annotation colours added to applet

ZSort no longer static

Has own featurerenderer

Rearranged text

Correct reference

typo

Reference added

added example jnlp to memory settings help

added link to example jnlp file

example jnlp file for users to edit and save locally

jnet method description correction.

Fix for Finn Drablos bug. Must use equals for comparing strings

historyItem.restore

HideSequences

getWidth and getHeight just once

-1 to drawGraphs

isVisible and hiddenboundary added

UserColors not used here

Hidden Rows

Reveal

Faster

Hide Sequences

Tooltip for hidden columns

Hidden column adjustments

Scrolls when editing

Gethidden sequences

HiddenSequence methods

getHiddenSequences

Keeps a record of hidden sequences

Allow loading from Zip files

Load tree

CandP takes AlignFrame, not applet

Fastpaint updates

Check endres when drawing graphs

Cut and paste may be inserted into Dialog frame

Fastest implementation so far

Extra argument false

Scroll implemented for applet editing

Selection Group rendering updated

Reduced arguments for speed

Can be used for user features

Add new feature from seqrch results

Feature rendering in groups

Out of bounds check

added description of alignment quality scores and separated
description of conservation calculation from the instructions for
colouring alignments by it.

methods for searching DBRef lists

fixes bug 0013013 but reveals lack of a 'features retrieved' flag that should be set when a sequence's uniprot record has been retrieved and all its sequence features have been added.