patched Jmol and code for embedding JmolAppConsole in a JPanel (JAL-638)

jabaws, not jaba

threaded off ws menu building to avoid initial pause when services are discovered

properly report invalid jobs (server doesn't support service, seuqence set too big/wide, invalid input parameters) in a pop up dialog

early bail out for long urls, and threaded off group url construction: JAL-402

wrap preset description tooltips

remove duplicate host URLs in service list when not indexing services by host

wrap tooltips and revise layout (JAL-644)

wrap tooltips

tabbed panes for parameters and options.

JAL-634 and JAL-635

JAL-634

todos & added simple method for other classes to monitor when fileUpdate events have occured

trap NPE possiblity for trees that have no associated alignment panels (usually because they've been closed)

right click opens view URL popup for both parameters and option boxes JAL-601

fix for JAL-631

debug warning / option dialog box display

kick off the first time service parameter set discovery thread when service is discovered

JAL-591

new XML representation for web services parameters

pass user preset arguments to job

abstracted GUI to use jalview.ws.params objects (JAL-591, JAL-633). User defined presets shown in menu - which is dynamically populated

abstracted GUI to use jalview.ws.params objects (JAL-591, JAL-633)

distinguish between userdefined parameter set job and preset job

parameter set serialization/deserialization and preset/userdefined parameter set recall

fix occasional arrayIndexOutOfBounds when sequences in subgroup are shorter than alignment width

debugged option changed logic and layout

update gui in gui thread - not structure loading thread

increment if strings *dont* match

1.1 compatibility

re-implemented user prefs logic - still need to debug option change detection.

notes re JAL-623 and JAL-583, new api methods for adding several structure/seq mappings at once

notes re JAL-629

fixed various null pointer exceptions that occur when PDB files imported into Jmol which do not map to a sequence. Notes re JAL-623

fixed various null pointer exceptions that occur when PDB files imported into Jmol which do not map to a sequence

added URL display for parameters/options and debugged parameter set switching

utilities for cloning and manipulating JabaWS parameter objects.

refactored seq/str binding methods and ensured that structures added to existing view get loaded first

patch for structures with multiple models, and refactored seq/str binding methods

1.2 compatibility

revised sequence/structure binding so one structure associated with x-seuqenceI's, and bugfixed superposition code(See JAL-583)

revised sequence/structure binding so one structure associated with x-seuqenceI's

patch re issues.jalview.org/browse/JAL-583 : hack to prevent chains being mapped to sequences with different chainspecs

update to Jmol 12.1.5 (will become 12.2.X when released)

applet now requires java 1.5 minimum (jmol 12.1.xx series is 1.5 only).

update to Jmol 12.1.5 (will become 12.2.X when released)

init Jmol with 'SmarterJmolAdapter'

correct initing of JmolViewer to avoid security exception in unsigned applet moed

excluded methods related to broken Jmol applet binding mechanism (JAL-621)

excluded methods related to broken Jmol applet binding mechanism (JAL-621) and implemented default 'search all alignment' mode when opening a new PDB structure view

ensure template InstallAnywhere build file is always copied before file locations are updated

avoid race condition by setting sequence logo flag directly rather than via accessor. See todo for further threadsafety

rollback to 1.58 - since excludes are unnecessary

broken xml ? (could be old ant issue)

complete the sequence-structure mapping details. * JAL-582

refactor jmol api so it doesn't clash with Swing component method. * JAL-582

check that we have mappings before trying to broadcast mouseovers involving them

(probably unnecessary) explicit inclusion of jalview/ext package

refactored external structure viewer binding API calls so they do not reference Jmol classes (re-instate's Jmol free launch of JalviewLite).

wrapped code from URL retrieval tester as a function to determine correct protocol to retrieve data of a certain type from a datasource string. note - not rigourously tested

improved debug output when Jmol viewer creation fails

extend jmol binding handles selection events and add in a 'refreshPdbEntries' step so the list of PDB entries jalview knows about can be updated before a Jmol notifyUpdate event is handled

binding between JalviewLite alignment windows and some external Jmol viewer

JAL-617 - new menu items for exporting current view or complete PCA pointset

output the eigenvector matrix in full: JAL-616

JAL-612 - catch hidden OOM related to filling in cut and paste text boxes

new appletlib path for jars specific to the applet

new appletlib path for jars specific to the applet

source level now 1.5

source level now 1.5

source level now 1.5

new appletlib path for jars specific to the applet

update Jmol to 12.0.6

1.5 annotation removal

update jmol instance

thread safe construction of Jmol instance and hack to translate invalid jmol state statements.

refactor to abstract jmol/jalview binding and applet and application specific sequence structure binding.

code design comment

1.5 annotation fix and thread safe menu update

refactor to jalview.api methods

1.5 annotation fix

colour menu items are in same radiobutton group

cutn'paste fix so rna residue chains are assembled correctly

improved parameter set store/save/rename logic and debugged parameter/option display

jaba ws client revision 2680

reverted dodgy test code

improved dialog layout and flow and fixed switching between presets. No preset save/load support yet.

ask user if they want to run the JabaWS tester on new URLs

render jnlp artefacts for 1G and 2G machines (jalview_1G and jalview_2G.jnlp)

interactive/batch mode test for groovy scripting (See JAL-611)

ensure that both null and undefined colourscheme names resolve to 'None' when the applied colour scheme is reflected in the gui

reorganised colourscheme enumeration to make it easier to add hardwired schemes.

jabaws is the new jaba!

jaba!=jws2

URLs that begin with javascript: are opened in the same window. See
http://issues.jalview.org/browse/JAL-604

less ambiguous feature style description

removed 'method notes' comment in job output.

update to Jaba_r1 minimal client distribution, and resolve issues JAL-602

wrong config string

jaba on classpath