AlignmentAnnotation: added annotation score attribute and allowed for annotation[] array to be null

bugfix for sequence features mapped to multiple contigs on local sequence frame

updated mapping for EMBL_Services_V1.1.xsd and tested with basic CDS feature detection.

functions that operate on references to sequences in alignment rather than copies.

distinct methods for getting references to selected sequences or getting new seuqence objects corresponding to selection.

getColour method added

Check for null displayCharacters

Dbref fetcher takes sequences, not alignment

getColour added to structures

Test out new arrangement

Get colour from structure added

check dispalyChar is not null

Check displayChar is not null

Colour is null

remove seqref annotations

remove alignmentAnnotation added

Only fetch refs for seelcted sequences

fix null annotation values

global dbref fetch option in web services menu.

value only annotation

adds annotation for display (with flag to set alignmentAnnotation as hidden initially)

annotation and seqs vectors are protected members for use by file parsers for adding data for import.

tfactor annotation description includes full sequenceID

tfactor and occupancy extracted from PDB file, and tfactor added as sequence associated alignment annotation.

bugfix

fixed column selection cut/paste and self paste.

sequence associated alignment annotation copy for column range selection

ensure edit command gapChar is updated and used for padding when no alignmentI reference is available

padGaps flag in copy constructor

javadoc note on padding AlignmentAnnotation to alignment width

copying sequenceMapping, restrict(alstart/end) and pad(alwidth) method.

REPLACE added to edit command

Only setDropTarget if Desktop is not null

Validate range for all annotations

Redundant code commented out

hastext = false

dont set seqref null if index incorrect

featureGroups not null

Pad gaps when annotation editing

quality has text false

Quality does not have text

Alignment of labels and text

checks for scrollbar height

Disable memory checker for now

adjustForAlignment on new seq ref

Check values not null in copy constructor

made compileApplet and obfuscate depend on the presence of a java 1.1 jdk to ensure that applet jar is properly 1.1 compliant.

java 1.1 compliance

bugfix for jalviewApplet run from command line.

bugfix.

jmol lib dependency for proguard and castorbinding target.

use of suffix string (filename.blc#suffixstring) to read a specified iteration from blc file.

refactored to allow seeks on a FileParse datasource so IdentifyFile can be applied to an inputstream.

javadoc

ascii type

paste adds or creates full copies of objects in clipboard, and properly copies sequence associated alignment annotation.

pdb files are global to all alignments with new mapping mechanism.

paste/cut now adds or removes associated AlignmentAnnotation.

copy constructors and AlignmentAnnotation sequenceRef mechanisms for pasting sequences and annotation.

copy constructor and ascii type change.

proper copy constructor (not clone)

Applet remembers PDBEntries, can launch multiple structures from popupmenu

Add system.out for Mcview / Jmol detection

Remove system.out

drawSequence must be synchronized

Too many calls to paintAlignment

FeatureRenderer takes alignmentPanel

Check alignment has same sequence

basic support for multi-exon CDS features

Number pad keys can be used in cursor mode

SetTargetColour before dialog.show

Modified to compile applet with Jmol jar present

fixed for display of 'null' group features

fixed base lookup bug in dna pairwise alignment and ensured abiguous and non-standard aa and na codes are preserved in aligned sequences.

Can add features with no group

Adjustment for hidden columns

Use same mouse events as scalePanel

Amend features/annotations in applet

Used several places

If hiddenColumns are null, then column is viisble

featureAdded not in applet

Paste menu item dispalyed on right click. Memory settings visible in this version

Pasted file doesnt have title and not reloadable

call getAllframes on desktop instance

newFEatures flag for seq type

Use newFeatures flag

combobox for overlapping features

paintALignment

flag for dasCoordSysFound added

Throw exception if pdb result size is zero

doco change.

update settings for new groups (always displayed) and new feature types (containing group is checked and type is checked and displayed on top)

bugfix + create/amend whilst feature panel open (still fixing)

typo fix.

Allow for scroll bar height

featuresAdded method introduced for consistency with application for notifying gui when features have been modified/created.

fr==null check.

feature group state and type order preference storage/retrieval.

featuresAdded call for transferred PDB features

featuresAdded() method, state change support between feature setting box and featureRenderer, feature ordering conserved between group selections, new features appear on top of old, and 'optimise' feature ordering button added.