Save text colours

remove system.out

tooltip

Shortcuts

smooth font gone, setFileName and close open alignPanel

close frame true

smooth fonts moved here

cut and paste input output

close menu item true

New window

Smooth fonts

Shortcuts

Check conensus is not null

alignFrame.setFileName

Cutandpaste used for input/output

1.1 compatible

Reload alignment

Reload alignment

Set description

currentSeq and set description in dataset

Text by default

Use sequence description

Dont set the dataset name and description

Tooltip on mouseover

Apple friendly

Remove unnecessary imports

warning note added to consequence

Dont load trees if copying Viewport

Check features.length>0

Color updated for new seq, OK is default option

Tidy up group size after alignmentChanged

hidden seqs and setOrder bug fixed

Add keylistener to InternalFrame, not canvas

Only recalc consensus for start to end of group

Only calculate consenus from start to end

If start is not zero, we need to put -- at the start

example links

Remember fileName in alignFrame

dont limit menu size

accelerators, save menu item

Alignpanel is not new if copied from j2xml

Consensus may already have been removed

Remove unnecessary refresh

Use Jalview2XML to copy AlignmentPanel

return if image is null

Update editMenuBar after alignment  changed

Set menu state in alignFrame

Fire align change for case change

History is per viewport

selected states set in updateMenusFromViewport

Use system path separator char

dasregistry is now dasregistry.org

Fix for feature name amended

shift I to inverse sequence selection

Append html

Update features

conservation lock

deleteSequenceFeature

Remove consensus annotation if out of memory

updatingConsensus, updatingConservation is static - only one thread can run the calculation at once, otherwise we'll go out of memory

PaintRefresher can calculate seqs added or removed

Dont remove or add PaintRefresher registrations for explode, gather views

-1 error

Reset colour schemes and alignmentChanged moved to viewport

If sequence is null, dont add it

New padgaps works out number of gaps to insert, delete

Rename old properties file before writing new

Focus listener on Tabbed pane, gives keyboard focus back to alignFrame

Only adds history item if size>0

Returns number of columns deleted

Remove system.out

void changeCase(ActionEvent e

set quality to null if removed

showConservation, quality, identity not used

Dont readd the undo

check command.string[i] is not null

Sequence length maybe less than end

Error message changed

Sequences may be hidden, not in this aligment

Invert accelerators

sequence may be null if hidden or deleted

Set alignFrame of gathered panels to be the source AlignFrame

remove gaps size range

No need to reduce length if inserting more gaps at the end of a sequence

Check if hiddenSequence has been deleted

Known bugs fixed

Dont scroll off width-1

We can delete sequence 0

Return if negative width, ie alignment deleted

Check hiddenSequence before placing in tmp

Get sequence in routine

viewport.hasHiddenColumns updated after undo/redo performed

EditCommand added to AlignFrame

Adjusts columnSelection correctly

Adjusts hiddenColumns correctly

more accelerators

Only send one call per sequence at the moment

ShowConservation, quality, identity not used

Must set alignIndex before delete takes place

Use EditCommand.Cut