hidden seqs added

dbrefs added

show hide stuff moved from columnSelection

Saves hidden seqs and DBRefs

av.showHiddenMarkers check

Show hide cols and rows

Hide Selected Cols

DBRefs now array

getFullAlignment

Remove note

DBRef is an array, not vector

DBRefs and HiddenRegions saved

Ignore list created

Load tree from file constructor fixed

annotation label font size change in applet.

Make new seq[] when modifying hidden bits

Remove b keystroke

showTranslation is not a checkbox

Merge new frame buttons added

Output to text window added

Correct highlighted res height

Save output use whole alignment

Original tree data output in PFAM format

Count uniprot refs

Highlight hidden columns after revealing

datasetSeq bug

Check for all gapped seqs

Use Selection group to define sequence range to fetch features

Copy works with selection area

Modified for hidden region/group calculation

Use selection area with hidden columns in calculations

omitHiddenColumns

Button to view original data

Takes strings, not seqs

getSelectionAsNewSequence added

Takes a string, not sequence

Works on strings, not seqs

Takes string[] instead of seq[]

use of GapChars

Towards an auto dbref fetcher

Dasobert updates, labels and prefix changes

Just fetch features for selected seqs

DAS feature retrieval updated

Selected DAS sources may differ from default

Sequence is private

Launch full app parameter takes servlet URL

Das source browser

Authority, type and labels

sequences are private in SequenceGroup

Append start and end

Dont discard label if different to H or E

Redundant Remove Redundancy Removed

Sequence numbering maintained

Changeable background colour

Make sure bond has a colour

Make sure atom has a colour

Highlight sequences before seleting

Corrected for hidden rows

Row might have height of zero

check control down if c pressed in cursor mode

changeColour is public

Coms might be null

New panel layouts

Offsets

Optimised PID method

Make 1.1 compatible

Move position of stopLoading for 1.5 people

make 1.1 compatible

Dont write graph type twice

Checks on drawing characters and if sequence ref has been deleted

Colour argument added, to mirror applet view

Prepare for launchFullApplication

Highlight sequences to be deleted before deleting, and apply button exists

Check row.annotations is not null

SelectionGroup is initially null

Replaced by AnnotationFile

Uniprot may have several accession ids

Parse HTML links from jalview features file

DBRefFetcher replaces SequenceFeatureFetcher

Check if featuresDisplayed is null

Case wrapped jar file, wrapped preference true dealt with

No need for repaint

Uses FeaturesFile parser, GFF and Jalview

++ --

Check featureLinks is not null

ParseFeaturesFile takes protocol as arg

Takes AlignFrame as arg, to update progressbar

AlignFrame is now the FeatureListener

Fetch DBRefs

Ye olde SequenceFeatureFetcher

Renamed to DBRefFetcher

Not used in Jalview

Use spice-3d das1 source list for nowjalview/gui/DasSourceBrowser.java

Fixed to trial registry at the moment

new files

Not using AxisDasRegistry

Not needed

check helperUrl is not null

Das client files

Correction - use start and end