Merge branch 'JAL-1286' into Release_2_8_1_Branch
slightly dirty merge - JAL-1400 patches have been brought in too
Conflicts:
build.xml

JAL-1286 additional tests to ensure that non-GZ files with a .gz at end
are read in correctly

JAL-1286 check if local file ends with .gz and opens as a gzip stream

JAL-1286 test input of gzip stream from local file

JAL-1400 found a fix for the sandbox exception - need a 'permissions' parameter
http://stackoverflow.com/questions/18914650/can-you-sign-a-java-applet-but-keep-it-in-the-sandbox-not-give-it-full-access-t
http://docs.oracle.com/javase/tutorial/deployment/applet/html.html

experiment with reinstating the sandbox permissions

JAL-1400 try putting explicit domain for jalviewLite applet

JAL-1400 Always create indices for jar before signing

JAL-1400 sign everything !

JAL-1400 explicit security settings for applet

JAL-1400 explicit security permissions for Desktop

 JAL-1403 make sure MacOS installer searchers for the Apple Java install, otherwise it silently fails due to a JVM not being found.

JAL-1403 make sure MacOS installer searchers for the Apple Java install, otherwise it silently fails due to a JVM not being found.

Merge branch 'JAL-1403' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1403 updated paths to IA 2013 and additional build parameter to disable the update thread so builds happen quicker

JAL-1403 upgraded the InstallAnywhere build file to IA Professional 2013

Merge branch 'JAL-1397' into Release_2_8_1_Branch

fix for JAL-1398 - original colourscheme is enabled if colourscheme has a BaseColour setting.
See JAL-1399 for future improvements.

JAL-1233 TODO concerning the way we propagate annotation colourschemes to new groups.

JAL-1397 make sure annotation colourscheme is up to date after loading the project

JAL-1397 store colour by sequence and originalColour flags for AnnotationColourScheme

JAL-1397 make sure ColourschemeI instances are up to date after a new view is created

JAL-1397 propagate any consensus/conservation colourscheme state changes to the background colourscheme being thresholded by annotation colourscheme

JAL-1397 getters for originalColours flag

Merge branch 'JAL-1395' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1395 do not calculate non-gap consensus when no symbols present in column (regression on JAL-1373

Merge branch 'JAL-1292_regression' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1164 regression on JAL-1292 use bitset to mark graphGroup as rendered

Merge branch 'JAL-1164_disorderforselection' into Release_2_8_Branch

JAL-1164 regression on JAL-1292 use bitset to mark graphGroup as rendered

Merge branch 'JAL-1164_disorderforselection' into Release_2_8_1_Branch

Conflicts:
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

JAL-1164 scope bySequence analysis methods to start/end of selected region or alignment region.

JAL-1114 javadoc

JAL-1114 promote start/end attributes to gettable fields of annotatable collections

JAL-1114 API javadoc

JAL-1164 only predict on currently selected sequences for perSequence

JAL-1385 expose core view model methods in interface

Merge branch 'Release_2_8_1_Branch_i18n' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1354 watch for exceptions when initialising (Security exceptions can occur in the JalviewLite applet when running in default sandbox)

JAL-1354 ensure resource bundles are copied into JalviewApplet jar.
JAL-1390 consider splitting language resources from main Jars

reindexed Jmol jar with 'jar -i' to fix JAL-1389

Merge branch 'Release_2_8_1_Branch_i18n' into Release_2_8_1_Branch

localisation for JAL-1384 and JAL-1388

Merge branch 'Release_2_8_1_Branch' into Release_2_8_1_Branch_i18n

Conflicts:
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

Merge branch 'JAL-643_JAL-1384' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1384 JAL-1388 revised popup menu documentation for group create/edit/remove

JAL-1384 Create Group in selection popup menu
JAL-1388 move Remove Group option to selection menu
JAL-1388 Group editing menu is now context dependent (either 'Edit Group' or 'Edit New Group')

fix for JAL-1387

JAL-1384 documentation and consistent ordering for new items in select menu

JAL-1384 group/ungroup sequences with command/ctrl+G and shift+command/ctrl+G

JAL-1385 refactor logic to AlignmentViewController

JAL-1385 JAL-535 refactor sequence colour settings to abstract alignment view model

JAL-1385 expose core view model methods in interface

JAL-1385 Alignment view controller logic implementation and API

Merge branch 'JAL-1378_jb2.1cli' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1379 graceful degradation to legacy service when JABAWS Jpred service not available

JAL-1379 JAL-1378 exclusion list property to ignore services not fully integrated with Jalview

JAL-1378 hack to place 'Predictors' into Secondary struture predictors (may be redacted later)

JAL-1364 use gapMap to map RNAalifold annotation onto correct columns

JAL-1379 JAL-1358 only enable/disable menu entries associated with services not applicable for the current sequence type

JAL-1383 - disable startup of the Envision2 workflow discovery thread

JAL-940 JAL-1378 EOL comment on JWS v1 services

update JABA client dependency in InstallAnywhere build

Merge branch 'RNAalifold' into Release_2_8_1_Branch

fix for JAL-1380 and efficiency todo for JAL-1381

JAL-1378 JWS-71 update to from-source build of JABA v2.1 client for use with JABA test server

JAL-1365 test that RNAAliFold service settings are stored and recovered from Jalview projects

formatting

JAL-1365 unified GUI building for AACon and RNAAliFold service clients

JAL-1365 use AlignAnalysisUIText class to provide metadata for a service's UI elements

JAL-1365 refactored core methods from RNAAliFold and AACon service clients to a common Alignment Analysis client class

JAL-1365 new metadata class to describe instantaneous calculation services like AACon and RNAAliFold

JAL-1270 nominal jalview version string for projects written during development tests

JAL-1270 Desktop.instance is null during headless jalview tests

formatting

JAL-1355 - fix compilation errors: typos and missing imports

tweak - v is lowercase in Jalview

i18n how to

Merge branch 'JAL-1373_precision' into RNAalifold

Merge branch 'JAL-1373_precision' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1373 tweak precision calculation so alignments of less than 100 sequences don't include any decimal points.

JAL-920 compute a consensus for single sequence

Merge branch 'JAL-1373_precision' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1373 JAL-520 wrap tooltips for columns in annotation rows

JAL-1373 generate percentages with appropriate precision

JAL-1373 pass size of sequence set to consensus rendering routines so appropriate precision can be chosen

JAL-1358 monday morning commits :(

JAL-1358 jabaws not jaba

JAL-1358 update jabaws client for installanywhere

JAL-1358 remove old v2 jaba min-client

Brief html documentation entry for RNAalifold under webServices

Colour be RNA helices bug fixed

JAL-1358 Cleaned up RNAalifoldClient.java. RNA helices colouring bug and parameters bug unsolved

i18n date/time handling

i18n

RNAalifoldClient updated to be more like AAConClient and now (attempts) to support all the output from RNAalifold

JAL-1358 jalview displays some RNA struture annotation but the format is very messed up

Merge branch 'JAL-1359_patch' into Release_2_8_1_Branch

JAL-1359 simpler logic for deciding if all threads have finished.
Note: I couldn't reproduce the JAL-1359 bug after rebuilding my JABAWS development server - so trust me on this fix :)

Merge remote-tracking branch 'origin/Release_2_8_1_Branch' into RNAalifold