very basic code convention. no licensing/stripping yet.

better code convention name

jalopy is used for sourcescrub target of build.xml (sourcescrub is not
a standard target name;-)

removed signature for this jar

loads of changes. Jalopy source formatting, better WS client build (but still not automatic) and jar building (still not optimised yet).

added a couple of debug statements for unix browser launching problems.

closes if accepted

made error for browser configuration on unix a bit easier to see.

firefox now default for unixen.

more subtle rearrangements

Reinstated 'create tree from selected region only' with better indication that only part of an alignment was used to calculate the tree.

tidied the exceptions and ws server error behaviour

Menus

new

*** empty log message ***

Warn if URL not found

Cut and paste changed

Reverse order for windows, readin from url

startup file is jalview.org

Name of xml file changed

Check startup file is not null

minor changes to make jalopy happy

minor changes to try and make jalopy happy

Moved comment so it doesn't break jalopy (this is not good!)

added the sorting entry to calculations, and corrected the PID
ordering and the redundancy calculation help description.

Changed sortByPID to use the gapped PID function.

comments

Added clustalW 'realignment' (primitive)

added default ClustalWS or MuscleWS to remove gaps.

propagated use of jalview.util.GapChars for gap removal.

more robust parsing for DBset/DBname|id1|id2 type ids

modified history for redundancy removal.

fixed stacktrace potential for pairwise alignment action.

Modified output on stdout for similarity matrix.

images moved

fixed brain interruption bug.

ignores blank lines read in and write out

right ordering for RedundancyPanel constructor

added proper state check for failedJob flag.

Added jobFail state

better recognition of MSF files.

Added menus

edits

image moved

pref

menus

Image moved

identity changed

Cut and paste menus added

Cut and paste changes

C&P changes

Check if colos are null

Cut and paste changes

Add cut and paste menus

CutAndPaste changed

Added nicer header formatting for MSFfile output.

recovered changes from v 1.84

Check if usrCol is null

New cut and paste

Jpredfile now uses the PileUpfile io class.

Addred GapChar string for convenient regex construction

Response to bug mantis?id=8187 - some quick hacks to read and write david's MSF file with '~' as a gap character.

Remove desc for conserve graph

Old MSF Format writer now renamed.

fixed use of PID rather than 'Comparison' Alignment percentage id
calculation.

fairly pointless catch exception error information added. (attempt to
catch case when a parse() call breaks in an unexpected fashion...)

fixed redundancy Undo and allowed it to work on UNALIGNED SEQUENCES
(ho ho)

bug fix in jpred client. TreeViewer display state and gui consistency
improved (treecanvas/Treepanel state exchange functions).

partially updated help. Added separate treeviewing item in the root
menu.

check for null residues

DOnt add Conservation graph to every residue

toString modified

reset colours added

more clustalx bugs fixed

getHexString added

all can threshold

output to textbox

layout changes

capitals

format changes

remove scrollpane

Capitalise

c&p changed

use getHexString in util

usercolours changed

output text to textbox

all colours can threshold

selectiongroup could be null

saves usercolours

formatforoutput never used

output values to textbox

toString method added

XML schema changes

usercolourscheme changed

formatting changes

all colours can threshold

usercolours changed

remove comment

can output details to textbox

usercolours added