JAL-824 - patch to schema to allow jmol colouring state to be stored

toggle of inclusion/exclusion of views for colouring was't working

JAL-824 - ensure Jmol colouring is a radio button

documentation for JAL-824 and JAL-621

documentation for JAL-732

htmlfix

formatting

removed useless flag (was always null for button press) to ensure default view colouring behaviour for JAL-824 when sequence colouring is chosen

JAL-823 and JAL-824 - seqColour no longer the default colouring state unless PDB file opened from alignment window

comments re JAL-823 legacy issue

clarify tooltip

moved loadingFromArchive flag modification to after GUI refreshes are completed and javadoc.

option for enabling Jmol colouring mode JAL-824

JAL-641 patch

patch for JAL-733

patch for JAL-820 and JAL-821

separated alignment annotation height calculation from panel height adjustment

moved to same place as in jalview.gui

save and recover graph height, visibility and row position for autocalculated annotation rows (JAL-785) and column label formatting attributes (JAL-817 and JAL-818).

allow an alignment annotation row to be removed and re-inserted without losing any of its sequence or group associations (JAL-784)

allow an existing alignment annotation row to be bound to a sequenceGroup as its consensus or conservation row (JAL-784)

added graphHeight attribute to schema (JAL-784)

avoid race condition when featureRenderer for structure is updated by its associated view.

patched XML parser to ensure it properly escapes non-html friendly characters prior to tooltip generation (resolves JAL-808)

todo

imported properties via -props should never be overwritten

allow groovy scripts to be run when in headless mode - pass startupAlFrame as context

allow groovy scripts to be run when in headless mode - pass startupAlFrame as context

allow groovy scripts to be run when in headless mode - pass startupAlFrame as context

resolves JAL-805

resolves JAL-804

excess imports

patch for JAL-780

patch for occasional ArrayIndexOutOfBounds

patch for JAL-792

first patch for JAL-774 - ensure end is a valid bound to limit search for last sequence position (at least as long as sequence)

first approximation for JAL-782 - hint that opaque groupName is actually the name

JAL-777/JAL-641 debugging

new alignmentPanel api  + JAL-777/JAL-641 debugging

fix scrolltoposition behaviour and new alignmentPanel api

fix scrolltoposition behaviour

JAL-574

convenience method to discover all Jmols

JAL-779 and some redraw refinements

JAl-574

avoid exceptions for orphaned windows

bugfixing for JAL-778

new multiple multiple view associations JAL-777

call to release any explicit event handler references and fix for occasional arrayIndexOutOfboundsErrors

dynamic alignmentPanel menu class

call to release any explicit event handler references

removed explicit 'linkedAlignmentPanel' flag

fix for occasional race conditions

fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view for colouring and optionally for superposition as well.

protype api

classCast exception - attempting to update registry to bind jalview object to the VorbaId rather than the actual Vamsas data object the VorbaId refers to.

fix for JAL-776

fixes JAL-775

JAL-769

JAL-564 (annotation panel height adjustment) and alignment annotation popup menu items for JAL-759

JAL-621 (mouseover debugging) and JAL-564 (annotation panel height adjustment)

JAL-621 and JAL-564

JAL-621 - also renamed list of javascript handlers

refactored annotation panel height calculation

JAL-621 - also renamed list of javascript handlers

javadoc

Balascz reported problems - jalview tries to write back to the URL. Fixed this so that Jalview will only write back to properties files, and also ensured properties are modified before potentially failing writes occur.

JAL-761

1.2ish awt methods

java 1.4.2 applet build

1.2ish awt methods and excluding unused code

don't need to retrieve idwidthadjuster

javadoc

patch for JAL-760

group associated annotation and logos JAL-516 JAL-759

adjustable annotation panel height and vertical scrollbar JAL-516,JAL-338,JAL-306

fixes JAL-757

extended mouseover message with absolute sequence position info JAL-433, relaxed id matching for order/selection/highlighting JAL-753 and order/getOrder methods JAL-754

search result highlighting and scrolling and some patches for JAL-695

more efficient highlighting and selection display JAL-469

more efficient highlighting and selection display

logic bug for auto scrolling

relaxed ID matching parameter JAL-753 and sortBy JAL-754

relaxed ID matching parameter JAL-753

ensure source is rarely null

extended mouseover message with absolute sequence position info JAL-433

patch for JAL-695 - need to test if this is observed in applet

patch for JAL-695

javadoc

javadoc

avoid creating lots of identical search results. patch for JAL-751

removed securityException caused by accessing class directly from sun. package

refactored VamsasListener to allow the source of the event to be passed to handlers

additional test - koders.com/java/fid4C9593FE80CE8AA81158AF712B50C7A689488FD8.aspx c.f. JAL-749

warn user that no JS callbacks will work by default, and show stacktrace if debug is enabled JAL-749

need to own lock to notify

need to own lock to notify

avoid 1.5 specific methods

revised default separator string expression to avoid utf8 warnings. Regularised new api methods (select, selectIn(alignFrame..), ). improved separatorList routines and added onInit javascript callback.

allow debug messages to be output before jscallback execution