Merge branch 'JAL-1347' into Release_2_8_Branch

JAL-1347 identify and set rendering settings for consensus annotation rows
JAL-966 Note  - should abstract this logic even further away in Jalview v3

JAL-1347 refactor logic for setting display flags for histogram and profile to main control loop

JAL-1347 make it efficient to call getConsensus to test identity of alignment annotation rows

Merge branch 'Release_2_8_1_Branch' into Release_2_8_Branch

make sure 'example alignment' can be found in documentation

Merge branch 'structures/JAL-1016' into Release_2_8_Branch

JAL-1345 - set nSeconds arg for chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/#compare according to total number of superpositions

JAL-1016 Instruct user to report situations where the race condition still happens

JAL-1332 make SSM context discovery safer (particularly in plugin context)

JAL-583 refactor todo about separating code to construct Jmol superposition from the code that obtains the atom matching used to construct the expression

fix for JAL-1016 - wait around until we have a complete set of PDB filename mappings available in Jmol

JAL-1016 - do our assertions immediatly

Merge branch 'bug/JAL-1230' into Release_2_8_Branch

JAL-1230 update alignment state for annotation edits, and validate annotation panel height to ensure any autocalculated annotation is made visible

JAL-1230 proxy method for synchronising internal AlignmentI state in response to changes in alignment annotation

JAL-1230 simplify initialisation of consensus, conservation and structure consensus rows

Merge branch 'bug/JAL-1230' into Release_2_8_Branch

Merge commit '72c628b' into Release_2_8_Branch

Merge branch 'feature/JAL-1330' into Release_2_8_Branch

JAL-1330 pick primary seqeunce data source for authority rather than first node of sub tree

JAL-1230 comment unused code to avoid NPE

JAL-1327 TODO

JAL-1326 JAL-1327 update all graphline thresholds with flag for interactive or final adjustment event

JAL-1241 - generate colour for all annotation values within range

Merge branch 'JAL-1294_iupredexportimport' into Release_2_8_Branch

JAL-1325 formatting

JAL-1325 JAL-1294 resolve SEQUENCE_REF and GROUP_REF for GRAPHLINE statements

JAL-1294 JAL-1325 store graphline for individual annotation rows.

JAL-1294 JAL-1325 bugfix equals

JAL-1294 JAL-1325 test annotation threshold line equivalence

Merge branch 'JAL-1321_jws2_tooltips' into Release_2_8_Branch

JAL-1127 set option widgets to service defaults only when showing default settings

JAL-1240 avoid NPE when source has no proxy available

Merge branch 'JAL-1321_jws2_tooltips' into Release_2_8_Branch

JAL-1320 ascending alphabetical order

JAL-1320 preserve option/parameter order with LinkedHashMap

JAL-1320 sort options and parameters according to their name

typo

JAL-1321 don't show a tooltip for empty strings

Merge branch 'JAL-1319_jronn_npe' into Release_2_8_Branch

JAL-1319 (blacklist fix) check for presence of a score object before we start making annotation

Merge branch 'JAL-1312_ambiguity_na' into Release_2_8_Branch

JAL-1027 fix errors in alternative codon table

JAL-1027 check that ResidueProperties.codonHash2 is actually identical to the codon table used in previous versions

JAL-1027 use alternative codon table in ResidueProperties.codonHash2 for translation

JAL-1035 option to allow 'STOP' codon to translate as '*'

JAL-1312 patch for regression noticed after patch to jalview.analysis.Dna cdna translation

JAL-1312 rewrite of code for first reported exception - note - maintaining scontigs may not even be necessary !

JAL-1312 formatting and more comprehensive test

JAL-1312 remove unnecessary methods

JAL-1312 more helpful error message when translation breaks

JAL-529 - IUBMB nucleotide ambiguity codes and programmatic generation of codons and inverse tables

JAL-1318 - route warnings to stderr (need to find a better solution for JAL-1069)

JAL-1318 avoid failure if SequenceI objects don't have valid dataset references

JAL-966 avoid using java.util.Vector

test for JAL-1312

Merge branch 'JAL-1316' into Release_2_8_Branch

JAL-1316 compact '' to '

JAL-1316 recognise and extract quoted region as nodename

JAL-1316 JAL-1313 newick IO test harness

Merge branch 'JAL-1314_headlessFlag' into Release_2_8_Branch

JAL-1314 allow 'nogui' and 'headless' as synonyms for 'nodisplay' argument and ensure awt.gui.headless=true is set as early as possible.

JAL-1314 test for common variants of -nodisplay performing the same for EPS generation
JAL-1314 test for identical termination behaviour with/without java.awt.headless=true

Merge branch 'JAL-1315_headlessEPS' into Release_2_8_Branch

fix for JAL-1315

JAL-1315 test for exit and successful generation of EPS using commandline

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into Release_2_8_Branch

fix for JAL-1298

JAL-715 - TODO

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into Release_2_8_Branch

JAL-1309 fix broken partition computation for adding in ungrouped sequences as final group

JAL-945 uniquify prior to submission

formatting

JAL-715 allow headless construction for testing

JAL-724 JAL-715 refactor and create new test for RSBS framework and Multi-harmony service

fix for JAL-1246

JAL-1307 patch to squash number format exceptions when pressing return

JAL-1300 documentation

Merge branch 'JAL-1259_hotfix' into Release_2_8_Branch

JAL-1259 patch to avoid NPE

Merge branch 'JAL-1161_optimisingAnnotationPanel' (early part) into Release_2_8_Branch

JAL-1291 reinstate fastPaint flag manipulation to make trackPad scrolling smooth

JAL-1291 TODO: revised graphGroup model so grouped graphs are more efficiently rendered

JAL-1291 - don't touch the graphics object until after deciding to skip annotation row

JAL-1291 conditional output of rendering debugging info

patch for JAL-1300 fixes JAL-1294: read and write COMBINE statements that use SEQUENCE_REF and GROUP_REF scope to conserve annotation rows with seqeunce and group references

JAL-1300 test and example data for parsing annotation files with COMBINE statements to group sequence associated annotation

JAL-1295 test to demonstrate JAL-1294 (caused by JAL-1297)

JAL-1295 refactored Jws2 discovery bootstrap code to test utility class

JAL-1295 relaxed test for Annotation element equivalence and javadoc to clarify format for Annotation.toString

JAL-381 Desktop.addInternalFrame cannot be called in headless mode

JAL-1299 fix: ensure a new graphGroup is created if first row identified in COMBINE statement doesn't have existing graphGroup assignment

JAL-1295 JAL-1296 clearer assertion failed message

JAL-1295 JAL-1297 enhance test to check graph visiblity and graphGroup set equivalence

fix for JAL-1297: COMBINE output now follows specification and all additional annotation rows included in output (not just the first one which wasn't hidden)

JAL-1296 JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294
test alignment annotation file IO for example given in documentation and for multiple combine statement

JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 allow alignment+annotation equivalence test to be used in other tests

javadoc and formatting

JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 sensible toString for benefit of annotation IO test