Pack resources in Zip file

fixed after refactoring of SequenceFeature[] seq.getSequenceFeatures

propagate SearchResult object use to MCView's highlighted residue renderer.

P1 changed to N1

Add Annotation to specific sequence

Cannot delete residues

Features now array

Keeps original threshold value

setShowSequenceFeatures

First attempt at hidden regions

Less args, faster rendering

Features now an array

First attempt to install hidden regions

Use add seq feature instead of replacing existing features

Features added

Features now array for speed of rendering

Use add feature instead of replacing existing values

Features now array

Use annotation colour for graph

Make variable public for speed of rendering

Features are now an array, not vector

Typo

Record of featuresDisplayed

Inform user of groups error parsing

Drawpanel needs fewer args

Feature text mouse over modified

If overview, residues are gray

Features are an array, rendering is faster

translate cDNA adjusted

Dont colour gaps

Read startgroup and endgroup in features file

Incorporated threshold slider

SliderPanel removed

FeatureGroups added

ShowSeqFeatures selected

Save featureGroup

Use featureGroups from featureRenderer

No longer used for annotation gradient

Fetch Sequence Features menu added

Use original colour scheme as base for annotation colouring

Allows saving of sequence description

Typo

Dont use FeatureFetcher if nucleotide

Threshold single element

Add new Feature

Set as feature, not new group

Saves and loads sequence description

Keeps up to date with featureRenderer

Threshold is single element

if shift down bug fixed

No more supergroup, set Sequence name / Description

New FEature replaces new group

Threshold is a single element

SetThreshold replaces addGraphLine

FeatureGroups added

Removed SuperGroup

Save sequence description in VAMSAS sequence

Check description and status are not null in mouse over

Keeps up to date with features

Feature replaces new superGroup

Feature Groups added

Graphline is a single line

Features file has startgroup, endgroup

No longer used

Missing brace

Parsing features file - dont adjust for alignment position

Update overview if features updated

Overview displays features

Removed file

Feature Settings added to Applet

If conservation is zero, colour is white

Drop target must initialise sequences

New implementation for holding search results

parseResult takes the title as string. usually null

Make URL input window bigger

FormatAdapter throws exception

Check endRes

Copy dataset annotations for paste(this)

Colour above or below threshold

Report invalid chars

Added graphtype

Graphtype added

Conservation colouring does what it should always have done

Make java 1.1 compatible

Slight adjustments

Fetch sequence(s)

Java 1.1 compatible

Many changes

Save and load graph type

Max size is 100 for conservation

Retrieves PFAM alignments

Slightly bigger for Mac

Tooltip for multiple graph lines updated

set index of new annotation

Allow for non graph annotations in combobox

Reading features files readded as ref to FeatureRenderer is required

has ref to annotation

Add annotation with sequence ref updated

Reads annotation files

Applet draws line graphs