JAL-3141 Made some suggested changes from code review

JAL-1889 additional test for clover-added fields

JAL-1889 ignore 'synthetic' fields added for jacoco

JAL-1767 minimise local variable scope

JAL-1767 port save/load PCA panel to JAXB - JAL-3063

JAL-3171 JAL-3063 merge updates from JAL-1767

Merge branch 'features/JAL-1767pcaInProject' into bug/JAL-3171_maintain_datasets_across_views

JAL-3178 include non-positional features in their group on export

JAL-2791 JAL-2808 correct Javadoc for api method

JAL-3032  ignore /site also on non-JS branches

JAL-2846 ahem - proper release note for this fix from KJVDH !

JAL-3178 known defect in release notes

JAL-3111 JAL-2846 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2846' into develop

JAL-3111 tweaked release notes and documented JAL-2864

Merge branch 'bug/JAL-2864nullOverviewCanvas' into develop

JAL-2865 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2750' into develop

Merge branch 'task/JAL-3174_fixed_filename_tests' into develop

JAL-3174 backout un-needed stacktrace for exception raised during testing (since we expect it)

JAL-3174 Merging in some test filename-case fixes

Merge branch 'bug/JAL-2541cutRelocateFeatures' into develop

JAL-2541 JAL-2822 release notes

JAL-3111 bump release 2.11 release to January 2019

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2541cutRelocateFeatures

JAL-3171 dataset reference tests now in Functional group

JAL-3171 record mapping between unmarshalled sequence’s dataset sequence ID and materialised dataset to allow belt-and-braces discovery of existing dataset - test now passes

JAL-3171 raise warning when a dataset reference exists *and* a different dataset exists for the sequenceSetID

JAL-3171 more complex project test - where sequences were copied from one alignment view into a new alignment and more views created.

JAL-3171 resolve dataset for imported projects via the alignment’s SequenceSetId

JAL-3171 failing test for legacy projects and fixing multiple dataset references

JAL-3171 register existing dataset for new view

JAL-3171 failing test checking preservation of dataset

JAL-1421 added type to List and Vector

JAL-3169 leave file browser open on Cancel in overwrite check

JAL-1854 fix Checkstyle import violations

JAL-1854 Checkstyle updated to 8.12

JAL-3063 Castor removed from codebase

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-2420 don't offer Reveal All over alignment panel

JAL-3166 catch NPE if all sequences are hidden

JAL-3140 updated IntervalStore jar

JAL-3140 named tagged version of intervalstore.jar

JAL-3140 NCList now via IntervalStore library

JAL-3164 redraw complement overview on hide columns

JAL-3158 additional calls to reset 'selection changed' flag after update

JAL-3161 limit tooltip and status updates to visible columns

.gitignore changes

JAL-3154 disable drag to reorder JTable columns

JAL-1889 ignore Clover instrumentation in test (second attempt)

JAL-1889 unit test tweaks for running on server

JAL-3141 Slightly improved message and more thorough tests

JAL-3141 couple of minor fixes for example files being displayed in the Preferences tab

JAL-3141 Tests now available and working, bringing to light a problem with the classInit flag (now removed). Added some more dodgy Spanish translations.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now fits.  Moved initial option setting into Preferences with all the other preference initial setting.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now working. Doesn't fit in default space though -- needs adjusting

JAL-3143 unit tests updated for code changes!

JAL-3141 Ostensibly all backups working for alignment and project saves. Need to add a preferences tab and some tests.

JAL-3143 comma-delimited feature attributes for alleles,
clinical_significance

JAL-3143 fetch Ensembl(Genomes) features as JSON not GFF

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

BackupFilter and other unfinished business

JAL-3139 check group visibility when removing 'redundant' features

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Tidying

JAL-3141 Backup files being created with default suffix up to 10 backups. Configurable in .jalview_properties but no GUI for this yet.

JAL-1244 comments, javadoc, method signature tweaks

JAL-1244 editSequence extract method refactoring

JAL-1244 improved status message for insert/delete gap

JAL-3132 status message for sequence and/or graph group annotation

JAL-1244 no status message (yet) for locked edit of single sequence

JAL-1244 status message for insert/delete gaps on single sequence

JAL-1244 status message while dragging a stretch group

JAL-3132 set status message when over sequence id or annotation label

JAL-3093 unit tests, no mouse action over left/right wrapped scale

JAL-3093 tweaks to code and test for 3px gap above annotations in
wrapped mode

JAL-3093 unit tests for SeqPanel.findMousePosition

JAL-3093 limited Consensus popup menu when in wrapped mode

JAL-3093 added MousePos.isOverAnnotation() for extra clarity of
intention

JAL-3093 'read-only' annotations when in wrapped mode

JAL-3093 refactor (+test) Annotation Labels tooltip ready for reuse

JAL-3093 unit tests for finding annotation row index for mouse pos

JAL-3093 show annotation tooltips and status message in wrapped mode

JAL-3063 service param files read/saved using JAXB not Castor binding

JAL-3063 top level element added to JalviewWsParamSet.xsd

JAL-3063 comments re use of xjc to generate Java binding classes

JAL-2791 refactored Export Features to apply all visibility tests

JAL-2791 new method to test if feature fails colour threshold test

JAL-2791 method that tests all conditions for feature visibility

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

JAL-3063 tidy commented out code

JAL-3063 wrappers with check for null getting optional Integer, Float,
Boolean XML attributes

JAL-2843 tweaks to help text for filters

JAL-2843 help text for colour by attribute, feature filters

Merge branch 'bug/JAL-3120restoreFeatureColour' into develop

JAL-3120 preserve plain colour value when changing to Colour by Label

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop