JAL-1988 JAL-3772 Moving packages to somewhere more obvious (jbgui -> gui)

JAL-3416 set flatlaf default drag mode to LIVE_DRAG_MODE

JAL-1988 JAL-3772 Change default alignmentviewport saved status and set to true when loaded from file

JAL-4064 tidying build.gradle

JAL-4064 re-added bundled macOS JREs as Filesets, which is the only way to get them in the DMG where we want them

JAL-4064 Cleaned up file sets in install4j template. New media installers for AARCH64 JVMs for macOS and Linux in install4j template.  New variables passed to install4j by gradle.

JAL-4064 Download JRE/JDKs from Azul if not os/arch combination not available from Adoptium

JAL-2349 JAL-3855 bizarre resizing exception when resizing protein alignment for a linked CDS protein alignment

JAL-4091 lines to associate rows sharing same sequence ref - needs some work still ! (And would be great to have more interactivity!)

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-1988 JAL-3772 removed a debugging log line

JAL-4094 shift+click drag up/down to resize all annotation rows with matching calcId and label.


JAL-4091 - noodling about including the names for sequences associated with annotation rows in the annotation row label area

JAL-4090 bump version and set up release notes for 2.11.3

Merge branch 'features/JAL-4061_and_JAL-4062_findselectfeatures' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-1988 JAL-3772 Removed 'Wait' button from waitDialog, no iterations for GUI. Added bulletpoint to files saving list. Added use of passed in button objects to modal JvOptionPane, so buttons can be controlled (e.g. setEnabled, setVisible) outside of JvOptionPane.

Merge branch 'bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-2349 allow contact matrix to provide labels for its annotation row

JAL-4086 commented out attempt to create measurement lines between aligned residues in different chains

JAL-4089 use column selection to superpose if 4 or more selected

JAL-2961 centerViewOn command for structure viewers - called after superposition

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol

JAL-1988 JAL-3772 Fixed wait between waitDialog appearances, ensuring all files saving will quit straight away. Goodbye message to user if waitDialog still visible.

JAL-1988 Allow generic Container object in JvOptionPane showDialog. Fix dynamically saving files in the wait for save dialog

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling

JAL-4083 don't need globalUseScriptWait after all, just a couple of calls to jmolHistory need the flag too

JAL-4083 only set globalUseScriptWait if needed

JAL-4083 Use jmolViewer.scriptWait instead of jmolViewer.evalStringQuiet whilst highlightingt more than one residue

JAL-4086 quick and dirty mouseovers on ruler highlighting all positions highlighted on a particular column..

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol

JAL-3416 (and others) increasing number of STDERR lines used for jalview.bin.CommandLineOperations tests for increased robustness

JAL-3772 silly NPE error fixed

JAL-3416 Making FlatLaF default for macs due to a problem with VAqua not starting on macs

JAL-1988 JAL-3772 wait timer working first time but blocking desktop gui updates

JAL-1988 JAL-3772 Non-blocking modal dialogs for unsaved changes and saving files.  Wait timer not working. Wait dialog update/close on files saved not working.

JAL-2349 JAL-3855 highlight residues associated with elements under mouse - Jmol doesn’t like highlighting many residues at once this way.

JAL-2349 JAL-3855 fix failing tests

JAL-2349 JAL-3855 experiment masking hidden columns in contact matrix

JAL-4033 - heuristic threshold for pAE matrix - mark any column where pAE values for column+8..  lie outside threshold - definitely better to do a watershed or other type of clustering

JAL-2349 formatting/pick correct exception

JAL-2349 JAL-3855 off by one and daft return

JAL-2349 avoid div-by-zero when annotation height is zero (though poss better to simply avoid rendering contact at all)

JAL-2349 JAL-3855 adapt renderer for AlignmentI.getContactList(..) mapping to sequence associated reference frame

JAL-2349 JAL-3855 ContactListI.getPosition() to recover original position passed to ContactMatrixI.getContactListFor(..)


JAL-2349 JAL-3855 experimenting with filtering columns based on mean of contact map range

JAL-3855 JAL-2349 AlignmentI.getContactList takes care of mapping columns to sequence positions for sequence associated contact matrices. Need to map selected positions back for drag selects

JAL-4033 fix drag selections and distinguish row/columnwise highlights from intersections on matrix

JAL-2349 (still buggy) interactive selection  - time to write tests!

JAL-2349 tooltip reports value from contact range

JAL-2349 adjusted range calculation to be inclusive rather than inclusive, exclusive of bounds

JAL-2349 debugged click/drag and added yellow rubber banding (like Alphafold)

JAL-2349 JAL-3855 - interactive point-wise row/column selection, and first attempt at alt-drag for region selections (not yet working!)

JAL-3855 RGB colours from the alphafold paE scale.

JAL-2349 JAL-4033 refactored contact matrix geom calc to allow reporting of mapped positions in tooltip

JAL-2349 JAL-3855 column selection highlighting

JAL-3855 bump AF version to 3 - keep contact renderer happy by filling out maxcols and maxrows attribute in PAE

JAL-1551 formatting

JAL-2349 JAL-3855 tests that probably should be part of Functional..

JAL-3855 report download errors as errors!

JAL-2349 JAL-3855 Integrate pAE retrieval in StructureFile so it can be transferred as reference annotation

JAL-2349 reusable contact map holder for SequenceI and AnnotatedCollectionI

JAL-3855 2349 TODO

JAL-3855 import pAE when StructureSelectionManager parses an alphaFold structure. Works but AlignmentI holding the contact matrices prevents transfer.

JAL-3855 pAE v2 import

JAL-3855 refactor the pAE retrieval code so it can be called via structureselectionmanager

Merge branch 'features/JAL-3895_alphafoldcolours' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

Merge branch 'develop' into features/JAL-3895_alphafoldcolours

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 final fix for 2.11.2.5 - 5pm BST release

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 revised to avoid a visit from the apostrophe police

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4073 update tests

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-4073 fix PEBCAK failure

JAL-4014 Changed gecos display names to match labels in help

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 revised whatsNew to make sense !

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 release 2.11.2.5 date is 11th Oct

Fix for JAL-4075 - don’t write a label in secondary structure annotation element

JAL-4065 update citations for Pfam and Rfam and added the Interpro citation

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 2.11.2.5 release version bump

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 release notes and updated release date for 2.11.2.5

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

stable url for PFAM retrieval via interpro api :) JAL-4073

JAL-1551 formatting

JAL-3895 alphafold colours via pluggable annotation row builder. Also ensures min/max set correctly

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-1551 formatting

JAL-4065 release notes for JAL-4073 JAL-4074

JAL-4073 Pfam retrieval now works via a template including $PFAMID$ and $ALTYPE$ (full, seed, etc). Also changed name of PFAM_BASEURL_KEY to PFAM_INTERPRO_URL_TEMPLATE to avoid misconfiguration

Patch for JAL-4074 - any content ending in ‘gzip’ recognised as a gzipped stream to decompress

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling

JAL-1988 JAL-3772 linked undostack to saved changes flags. No confirmation if all viewports have been saved individually

JAL-1988 better wording for quit dialog

JAL-1988 JAL-3772 Quit confirmation dialog boxes with saving files check and wait