JAL-2662 tweak README, format code

JAL-2698 what's new...

JAL-2811 Add layer for cursor in SeqCanvas

JAL-2805 warning messages added if Forester detects file loading issues

JAL-2810 release notes

Merge branch 'imp/JAL-2810_ftsIDtab' into develop

JAL-2805 First try at loading tree through Forester by calling Aptx main

Added file filters for Forester supported tree formats to the file
chooser window and Forester tree parser in the ActionPerformed of
loading an associated tree, also see Forester commits for more details

JAL-2698 stub for 2.10.3 new known issues entries

JAL-2702 groovy interpreter update and java 9 jnlp release notes

Merge branch 'bug/JAL-2702_groovyconsoleJava9' into develop

JAL-2702 --illegal-access=warn for JVM launch

JAL-2176 removed unused Sequence.index

JAL-2702 update to groovy 2.4.12

JAL-2810 updated help docs for auto search checkbox and retrieve IDs tab

JAL-2784 new checks for gg==null

JAL-2810 updated screenshots in documentation

JAL-2810 auto search checkbox state stored as user preference. Enabled by default.

JAL-2679 example accession changed to CAD01290

JAL-2810 mainFramTabs -> tabs

JAL-2810 simpler tooltip (assume user will work out that pressing return will update results)

JAL-2828 allow CalcId to match on String equivalence (migrated from Alignment’s implementation of findAnnotation)

JAL-2828 refactored duplicate code for searching lists of AlignmentAnnotation to static methods.

JAL-2829 fixes and unit tests

JAL-2562 updated findPosition javadoc to match behaviour

JAL-2794 reorganized node select code, added subtree selection support

JAL-2829 unit tests for failing cases

JAL-2794 comments comments comments

JAL-2794 most method parameters/class variables made final

JAL-2794 comments, selected node now doesn't have to be external per se

JAL-2794 PaintRefresher support, Aptx node selection now shown on align

JAL-2794 interface comment

JAL-2794 Made HashMap with Nodes as keys and sequences as values as well

JAL-2794 Aptx instances get their parent alignment, start on binding

Binding from Alignment to Aptx is now functional (including shift and/or
ctrl presses for multiple sequences), other way around is WIP

JAL-2794 Cleaning up tree conversion, sequences are now in the tree

JAL-2794 getters and setters for finding nodes in forester made public

JAL-2795 created static class for forester conversions

JAL-2794 Interface name change (oops)

JAL-2794 made JalviewTreeViewerBinding an interface

JAL-2794 Added getter for AlignmentViewport to TreeBuilder

Merge branch 'bug/JAL-2742' into develop

Revert "JAL-2742 release notes - pending confirmation that there was impact to user"
-- no impact so won't include development detail in release notes.

This reverts commit ba70dbddc08876d8d72bb303823f683b65bf13c7.

JAL-2225 release note

Merge branch 'bug/JAL-2225mapMultipleChains' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2225mapMultipleChains

JAL-2698 14 Nov 2017 release date for 2.10.3

JAL-2775 release notes

Merge branch 'imp/JAL-2775' into develop

JAL-2810 i18n tab label

JAL-2774 Added javadoc for new event parameters

JAL-2810 ‘Close’ is now ‘Cancel’ in SequenceFetcher panel

JAL-2810 working back button shown for bulk ID retrieval tab in FTS search

JAL-2774 Fix fastpaint of wrapped alignment

JAL-2821 refactored drawPartialGroupOutline

JAL-2810 bulk fetch for PDB IDs

JAL-2804 clearer tooltip for autosearch checkbox

JAL-2794 simplified/clarified associating leaves to sequences

JAL-2756 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2756sequenceidmessage' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2698_release2103' into develop

JAL-2818 modified README for launching jalview from source build

JAL-2794 created tree viewer binding class

JAL-2795 bunch of cleanup and comments

JAL-2795 added back test loop for Aptx tree naming & initTreePanel

JAL-2795 Reverted code changes needed to cluster from Forester

JAL-2795 Forester now NJ-clusters the DistanceMatrix from Jalview

JAL-2795 moved matrix conversion to the ForesterMatrix class

JAL-2795 Sequence[] references now as SequenceI[] & deleted double class

JAL-2795 removed sequences[] class variable, more comments

Merge branch 'develop' into imp/JAL-2775

JAL-2774 Fix repaint artefacts

JAL-2774 Fixed merge issues

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into imp/JAL-2774

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqCanvas.java

JAL-2810 checkbox label for Autosearch

JAL-2810 default border colour

JAL-2756 update for new EBI https link

JAL-2795 neater error message

JAL-2795 added error catching for invalid identifier

JAL-2795 changed getting index of identifier to Stream (moved to Java 8)

Searching through with Stream prevents having to duplicate the array
with Arrays.toList

JAL-2795 rebuilt MatrixConverter to be purely static

JAL-2795 finalized method arguments; commited forester matrix changes

JAL-2795 removed unneeded for loop (woops) and initialized identifiers[]

JAL-2795 implemented getting/setting identifiers

JAL-2795 added comments links from ForesterMatrix to MatrixI

JAL-2795 removed now unneeded values variable in ForesterMatrix

JAL-2795 add get for all matrix values to MatrixI (and concrete classes)

JAL-2795 foresterMatrix now stores distance values itself

JAL-2795 more matrix implementations

JAL-2795 moved ForesterMatrix to ext.forester

JAL-2795 Added get and set values to the converted matrix

JAL-2810 prototype retrieve ID tab for the Uniprot FTS panel

JAL-2795 start of Jalview's Matrix conversion

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2804 update search results when enter pressed or query retrieved from history

JAL-2804 checkbox to enable/disable auto search (with tooltip)

JAL-2804 kludge method to test if last key event handled was ENTER

JAL-2526 updated javadoc

Start of matrix converter

Added proper title to aptx trees

test name change

Made FreeUpMemoryTest compatible with modified CalculationChooser