JAL-3234 enable codesigning and executable-post-processor for install4j

JAL-3234 Gradle properties for signing: OSX_KEYSTORE, OSX_KEYPASS, JSIGN_SH

JAL-3224 JAL-3225 Some fixes in install4j template and build.gradle, and a correction of the Policy code in Jalview.java that I messed up earlier

JAL-3224 JAL-3225 To be compatible with install4j bundled JRE on windows, have changed all the java_vm folder references to jre in getdown jars too. Install4j Windows media now bundles a JRE (into this location) so it can launch install4j installer too.  Java 11 installers working on Windows, but Java 1.8 complaining about com.sun.xml.ws.policy.Policy not found.

JAL-3224 JAL-3225 Added lines to check for updates to getdown-launcher.jar into Jalview. Put getdown-core into Jalview libs instead of getdown-launcher (enables update of getdown-launcher). Adjusted Eclipse to not error on use of com.sun.management.OperatingSystemMXBean.

JAL-3224 Tidied up Network installers in install4j template. Moved getdown-launcher.jar into dist (needed by Jalview anyway)

JAL-3224 minor fix for build.gradle and gradle eclipse

Merge branch 'task/JAL-3225_Integration_Gradle_building_into_Eclipse' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 java 8 and java 11 specific getdown jre sets

JAL-1929 JAL-3224 JRE getdown URLs must be relative to host of getdown app base

JAL-3130 add JAVA_VERSION to shadowJar classifier so artifacts are distinct

JAL-3130 make sure only libDistDir/*.jar are added to the runtime classpath in shadowJar and makeDist

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 getdown artefacts staged as getdown/website/${JAVA_VERSION}/...

JAL-1929 JAL-3224 getdown channel structure is {build/release version channel}/{JVM}

[JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
repaint request preceded two full requests, thus resulting
in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
still present for the second and third request.

This resulted in incomplete painting.

The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
components.

BH 2019.04.22

update of SwingJS -- no changes known.

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j (still!)

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j

JAL-3224 JAL-3196 specify file object in projectFile property for install4j task

JAL-3130 JAL-3224 patch URL paths to point to jalview.org/getdown/jpre/... for JREs

JAL-3130 provide absolute module path as J11 compile argument, and drop unneeded modules srcSet resource

Merge branch 'jims/JAL-3130_Java11_Gradle_publishing' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-2791 tailored message if find fails on selection region

minor code clean up

minor code clean up

// BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
    // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
    // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
    // requiring a full re-layout of all parents and children.
    // Note in JComponent:
    // This method is called by the toolkit internally and should
    // not be called directly by programs.
    // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.

Adds check for gap padding to disallow fast paint upon pasting if
alignment has been modified.

removes unnecessary clearFastPaint

Corrects incorrect calls to ViewportRanges.setEndSeq()

This function has the limit of height - 1, not height. Also adds safety
for start < 0 in ViewportRanges.setEndSeq();

pushing again, just comments

hack for fastpaint Java bug upshifting one line after a sequence
selection paste. Covered in Java by a full paint by ConsensusThread.

JAL-1793 basic help text for VCF option

JAL-3111 additional release notes

JAL-3111 small simplification of table tags, valign top

JAL-3111 release notes first pass complete

JAL-3130 moved jar needed for getdown to libs (not a module)

reverting     seqPanel.seqCanvas.clearFastPaint();

JAL-3224 Removed JREs (these now need to be in ~/buildtools/jre/openjdk-java_vm/...). Moved install4j config to utils. Made install4j template file (gradle will edit this correctly). Fixed symbolic link in bundled MacOS JRE problem. Added getdown launcher with .tgz unbundling support [currently broken].

JAL-2620 updated help page to mention alternative genetic code tables

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 dbSource always "ENSEMBL"

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

explicit Hashtable objects

adds an explicit clearing of the SeqCanvas fastPaint flag upon viewport
adjustment

JAL-3026 fix bug loading Jalview Project (in Java)

JAL-3111 fix 2.11 html anchor in docs

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date

JAL-3111 tweak PCA documentation

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3224 Add commons-compress-1.18.jar

JAL-3224 Bundling appropriate Mac OS/Windows JRE as java_vm in install4j

JAL-3224 New version of getdown which will cope with unpacking .tgz resources, specifically for the java_vm and symbolic links within

JAL-3130 moved resources/install4j to utils/install4j

better resource loading/file caching

caching of DnD files dropped

jmol-app updated for SwingJS ZipTools upgrade

localizes Thread colourby so that it does not cause ThreadStateException
in Java

comments only

JAL-3130 tidy up system.output

JAL-3130 call Jalview via the Test JVM’s JAVA_HOME/bin/java

JAL-3130 refactored ‘clover’ to ‘use_clover’ since clover is an ambiguous property - still offer -Pclover=true as command line switch to enable clover coverage

JAL-3130 JAL-1889 reportCurrentWorkingDirectory test to report absolute path when running command line tests

missing check for JavaScript in client response for String (Java) vs.
Map (JavaScript) -- since JavaScript has already done the conversion to
a Map and needs no further JSON parsing.

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

unused old SwingJS dependencies

unused old SwingJS dependencies

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

Adds _j2sclasslist.txt to SwingJS distribution; fixes missing
menuListener

JAL-3196 change default are resource properties to jalview.org/getdown/jre

Merge branch 'bug/JAL-3218scalePanelPopups' into develop

Reinstate imports from "JAL-1889 JAL-3130 patch broken tests" commit 05efc2ac3c6427a4dabce842ebbd6f2ae17f49b9.

JAL-1189 JAL-3130 patch broken tests

JAL-3130 Somewhere in the old libs the Jws2 client is working.  Compile with Java 11 in Java 1.8 target mode, and then run in Java1.8 JRE with 'java -cp "j8lib/*:classes" jalview.bin.Jalview'.  Will need to find out which of these is actually needed

JAL-3130 Helper classes to take Class Exceptions when run in java 1.8 JRE out of main classes

JAL-3130 some clover fixes for helplinks. Use 'gradle test -Pclover=true'

JAL-3193 no separatge EnsemblGenomes source in SequenceFetcher

JAL-3130 adapted getdown src. attempt 2. first attempt failed due to cp'ed .git files

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3130 write clover.xml during cloverReport phase

JAL-3130 make sure testng-results.xml is generated

JAL-3130 specify module list when launching new Jalview for CLI tests

JAL-3130 instrument main and compile separately to test classes so Clover doesn’t misclassify them

JAL-3130 gradle test now runs open clover 4.3.1 and new cloverReport task

Merge branch 'develop' into task/JAL-3130_Java_11_investigations-getdown_src

JAL-3130 ensure J11 libs/modules are added when building and running test suite

JAL-3130 clean up eclipse class path for dependencies moved to j11lib

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3033 and more classes for examples core

JAL-3033 jalview.org/jalview-js/JalviewJS.shtml?open%20http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa

JTable improvements

- prevents loss of tool tip when clicking or editing

- corrects offset of center label in variable color option

- speed somewhat improved

better comment regarding setting recognized ajax-enabled sites

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

code formatting only

JAL-3033 more classes for the kitchen sink

JAL-3033 updated classlist for loading the example file (jim's kitchensink corefile)