JAL-4125 Move confirmation of closing external viewer windows into the quit handler, and allow all to close or not in closeViewer whilst quitting.

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

JAL-3077 broken conflict resolve resulted in failing test (nb - still not resolved the issue of (promoted) dbrefs!)

Fix for JAL-4126 - don’t automatically create a threshold line when no threshold line is needed when reconstructing the annotation colour scheme from a project file

JAL-4126 comment out closeAll - so we can visually check the alignment frame as it is restored

JAL-4126 failing test - colour scheme appears to be being created and configured, but the renderer is not actually using the colour scheme to shade the sequence when the project is restored.

JAL-4125 Additions to JvOptionPane and QuitHandler with StructureViewerBase handling closed frame during quit differently. Still not working as dialog content does not appear until after quithandling thread has finished (it's blocking EDT).  Need to break the doDesktopQuit Callable up into sections, that add another bit to the end when necessary.

JAL-629 Fasta sequence id reading whitespace fix. Flexioble pae json keys and structure. Headless fixes. Logging fixes (MessageManager -- test broken). ArgParser and Console helper methods. Commands added e.g. --colour=gecos:flower.

JAL-629 "updated" json-simple

JAL-1551 remove temp file in src

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-1713 update from Jalview 2.11.3 develop
Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject
regenerated jaxb classes to resolve conflicts

JAL-1988 Make sensible choices if only the opening file has been opened, and alter the message if an alignment has been fetched but not changed

JAL-4118 remove unnecessary sleep from QuitHandlerTest

JAL-4118 fix a small buglet in BackupFiles exhibited in tests on build server. Possible problem with filename with dirs in passed to BackupFiles.

JAL-1988 Add a sleep to file save test to give time for file to save

JAL-629 example files from nf-core

JAL-629 helper eclipse CLI run

JAL-629 adjust arg type for tempfac-shading -- was grabbing next argument

JAL-4116 relegate the failed to promote warning to Console.debug so most users won’t even see it (or be slowed down by it).

Merge branch 'new_feature/JAL-4019_ambiguous_base_colourscheme' into develop

JAL-4090 Release 2.11.3.0 release notes and version bump

Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into develop

JAL-629 hacked in --tempfac-shading - hardcoded to use existing colours in per-sequence annotation

JAL-629 suggest not breaking out of the structure processing loop if just one structure has a bunk sequence association..

JAL-629 need to delay call to AlignFile.parse() if StructureFile needs to configure itself at construction time

JAL-629 don’t carry on Jalview.main if we’ve already processed command line args another way

JAL-629 don’t trash user’s system property file when adjusting settings to process CL args

JAL-629 don’t complain for Unary args

JAL-629 labelled breaks are frowned upon by everyone

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

Merge branch 'develop' (JAL-4102 2.11.2.6 patch release) into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-629 Attempts to add PAE to structure. --headless working. Make HTML output single threaded in headless mode. Delete an editor temp file.

JAL-4104 JAL-4102 update help docs with script to add jalview command line tool to osx path

JAL-4102 whatsNew for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

JAL-4114 model_page_url not required in v2.0 response

JAL-4102 update date and release notes for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

Merge branch 'patch/Release_2_11_2_6_Branch' into develop

JAL-2353 primary ref candidates that should be promoted should preserve original version string

JAL-4114 missing mock server response

JAL-4114 only rank model qualities that are computed with the same method, and uprank models with pLDDT over other types of models in the same model type category

JAL-4114 alphafold now marked as AB-INITIO so adjust ranking in categories

JAL-4114 additional warnings when PDBe doesn’t return as many responses as queries made to it when adding in additional metadata

JAL-4114 patch REST client for changed JSON schema in 3D beacons v2 API

JAL-4114 formatting

JAL-4114 updated mock tests and responses for v2.0 api

JAL-629 make sequence id key 'seqid'

JAL-3416 No longer needed

Merge branch 'develop' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 More tweaking of FlatLaf. Problem with macOS themed FlatLaf solved with new DesktopManager

JAL-1988 JAL-3772 Mark the _default_ STARTUP_FILE as 'all saved' after initial opening

JAL-629 added Alphafold cif, pdb and PAE json files to examples/AlphaFold

JAL-629 refactoring TFType.  Remove i18n identification of annotation.

JAL-3416 More explicit setting of FlatLaf macOS theme

JAL-3416 Upgraded FlatLaf to 3.0 and added macOS theme for macOS

JAL-3416 remove a missed panel titlebar icon in TreePanel

JAL-3416 Fix file permissions on bundled macOS JREs

JAL-4111 Added commit and date text to splashscreens of all channels

JAL-4111 improvement to convert -draw argument

JAL-4111 Use ImageMagick to add commit and build time text to DMG and getdown splash images

JAL-4111 Fixed channel.props to allow replacement of __SUFFIX__. Generic background images with 'branch version' for getdown and DMG

JAL-4111 fixed DMG background image for generic Develop-X.XX app name, and new DS_Store

JAL-4111 Allow -PCHANNEL=DEVELOP-version for new appbase.  Add a utils/channel/develop-2.12 dir with new getdown images.

JAL-629 Add image output and quit

JAL-629 move SubId to more logical place. Attempt removal of annotations in a better way (commented out).

JAL-629 Open Structure Viewer from cmdline

JAL-629 null check, fixed tests!

JAL-629 fix opening files

JAL-629 stray code deleted

JAL-629 Allow attachment of pAE file to a particular sequence

JAL-629 implementation of --tempfac options

JAL-4102 bump version number

JAL-4102 2.11.2.6 hotfix release notes - JAL-4101 JAL-2353

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-629 Doing things with the command line arguments

JAL-4019 Clarification of position on 'X' in help text

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 make flatlaf default for linux

JAL-4019 finalised a boolean option and tidied some comments

JAL-4019 Put original test back

JAL-4019 Make diagnostic message debug level

JAL-4019 small colour fix for X in the documentation

JAL-4019 attribution to Suzanne

JAL-4019 Help pages for Nucleotide Ambiguity colour scheme

JAL-4019 small but important corrections to array order, and X colour

JAL-4019 Added tests for new Nucleotide sequence detection

JAL-4019 improvement to short sequence nucleotide detection, and some tidying of unused parameters

JAL-4019 Nucleotide Ambiguity Colour Scheme added. Test for nucleotide sequence adapted to recognise nucleotide sequences with (more than 15%) ambiguity codes. Two tests fixed.

JAL-3416 Add necessary logo to non-internal Frames

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 Add necessary logo to non-internal Frames

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 Remove all JFrame/JInternalFrame icons (set to null)

Merge branch 'bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064