bin/jalview/datamodel/BinaryNode.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   3 this.$element = null;\r
   4 this.name = null;\r
   5 this.$left = null;\r
   6 this.$right = null;\r
   7 this.$parent = null;\r
   8 this.bootstrap = 0;\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, jalview.datamodel, "BinaryNode");\r
  11 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  12 function () {\r
  13 this.$left = this.$right = this.$parent = null;\r
  14 this.bootstrap = 0;\r
  15 });\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (element, parent, name) {\r
  18 this.$element = element;\r
  19 this.$parent = parent;\r
  20 this.name = name;\r
  21 this.$left = this.$right = null;\r
  22 }, "~O,jalview.datamodel.BinaryNode,~S");\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "element", \r
  24 function () {\r
  25 return this.$element;\r
  26 });\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "setElement", \r
  28 function (v) {\r
  29 return this.$element = v;\r
  30 }, "~O");\r
  31 Clazz.defineMethod (c$, "left", \r
  32 function () {\r
  33 return this.$left;\r
  34 });\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setLeft", \r
  36 function (n) {\r
  37 return this.$left = n;\r
  38 }, "jalview.datamodel.BinaryNode");\r
  39 Clazz.defineMethod (c$, "right", \r
  40 function () {\r
  41 return this.$right;\r
  42 });\r
  43 Clazz.defineMethod (c$, "setRight", \r
  44 function (n) {\r
  45 return this.$right = n;\r
  46 }, "jalview.datamodel.BinaryNode");\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "parent", \r
  48 function () {\r
  49 return this.$parent;\r
  50 });\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "setParent", \r
  52 function (n) {\r
  53 return this.$parent = n;\r
  54 }, "jalview.datamodel.BinaryNode");\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "isLeaf", \r
  56 function () {\r
  57 return (this.$left == null) && (this.$right == null);\r
  58 });\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "SetChildren", \r
  60 function (leftchild, rightchild) {\r
  61 if (leftchild != null) {\r
  62 this.setLeft (leftchild);\r
  63 leftchild.detach ();\r
  64 leftchild.setParent (this);\r
  65 }if (rightchild != null) {\r
  66 this.setRight (rightchild);\r
  67 rightchild.detach ();\r
  68 rightchild.setParent (this);\r
  69 }}, "jalview.datamodel.BinaryNode,jalview.datamodel.BinaryNode");\r
  70 Clazz.defineMethod (c$, "detach", \r
  71 function () {\r
  72 if (this.$parent != null) {\r
  73 if (this.$parent.$left === this) {\r
  74 this.$parent.$left = null;\r
  75 } else {\r
  76 if (this.$parent.$right === this) {\r
  77 this.$parent.$right = null;\r
  78 }}}this.$parent = null;\r
  79 return this;\r
  80 });\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "ascendLeft", \r
  82 function () {\r
  83 var c = this;\r
  84 do {\r
  85 c = c.parent ();\r
  86 } while ((c != null) && (c.left () != null) && !c.left ().isLeaf ());\r
  87 return c;\r
  88 });\r
  89 Clazz.defineMethod (c$, "ascendRight", \r
  90 function () {\r
  91 var c = this;\r
  92 do {\r
  93 c = c.parent ();\r
  94 } while ((c != null) && (c.right () != null) && !c.right ().isLeaf ());\r
  95 return c;\r
  96 });\r
  97 Clazz.defineMethod (c$, "setName", \r
  98 function (name) {\r
  99 this.name = name;\r
 100 }, "~S");\r
 101 Clazz.defineMethod (c$, "getName", \r
 102 function () {\r
 103 return this.name;\r
 104 });\r
 105 Clazz.defineMethod (c$, "setBootstrap", \r
 106 function (boot) {\r
 107 this.bootstrap = boot;\r
 108 }, "~N");\r
 109 Clazz.defineMethod (c$, "getBootstrap", \r
 110 function () {\r
 111 return this.bootstrap;\r
 112 });\r