bin/jalview/datamodel/Mapping.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["java.util.Iterator"], "jalview.datamodel.Mapping", ["jalview.datamodel.AlignedCodon", "$.IncompleteCodonException", "$.SequenceFeature", "jalview.util.MapList", "java.util.NoSuchElementException", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.Mapping.AlignedCodonIterator")) {\r
   5 jalview.datamodel.Mapping.$Mapping$AlignedCodonIterator$ ();\r
   6 }\r
   7 this.map = null;\r
   8 this.to = null;\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, jalview.datamodel, "Mapping");\r
  11 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  12 function (map) {\r
  13 this.map = map;\r
  14 }, "jalview.util.MapList");\r
  15 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  16 function (to, map) {\r
  17 this.construct (map);\r
  18 this.to = to;\r
  19 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.util.MapList");\r
  20 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  21 function (to, exon, is, i, j) {\r
  22 this.construct (to,  new jalview.util.MapList (exon, is, i, j));\r
  23 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~A,~N,~N");\r
  24 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  25 function (map2) {\r
  26 if (map2 !== this && map2 != null) {\r
  27 if (map2.map != null) {\r
  28 this.map =  new jalview.util.MapList (map2.map);\r
  29 }this.to = map2.to;\r
  30 }}, "jalview.datamodel.Mapping");\r
  31 Clazz.defineMethod (c$, "getMap", \r
  32 function () {\r
  33 return this.map;\r
  34 });\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setMap", \r
  36 function (map) {\r
  37 this.map = map;\r
  38 }, "jalview.util.MapList");\r
  39 Clazz.overrideMethod (c$, "equals", \r
  40 function (o) {\r
  41 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.Mapping))) {\r
  42 return false;\r
  43 }var other = o;\r
  44 if (other === this) {\r
  45 return true;\r
  46 }if (other.to !== this.to) {\r
  47 return false;\r
  48 }if ((this.map != null && other.map == null) || (this.map == null && other.map != null)) {\r
  49 return false;\r
  50 }if ((this.map == null && other.map == null) || this.map.equals (other.map)) {\r
  51 return true;\r
  52 }return false;\r
  53 }, "~O");\r
  54 Clazz.defineMethod (c$, "getPosition", \r
  55 function (mpos) {\r
  56 if (this.map != null) {\r
  57 var mp = this.map.shiftTo (mpos);\r
  58 if (mp != null) {\r
  59 return mp[0];\r
  60 }}return mpos;\r
  61 }, "~N");\r
  62 Clazz.defineMethod (c$, "getWord", \r
  63 function (mpos) {\r
  64 if (this.map != null) {\r
  65 return this.map.getToWord (mpos);\r
  66 }return null;\r
  67 }, "~N");\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth", \r
  69 function () {\r
  70 if (this.map != null) {\r
  71 return this.map.getFromRatio ();\r
  72 }return 1;\r
  73 });\r
  74 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedWidth", \r
  75 function () {\r
  76 if (this.map != null) {\r
  77 return this.map.getToRatio ();\r
  78 }return 1;\r
  79 });\r
  80 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedPosition", \r
  81 function (pos) {\r
  82 if (this.map != null) {\r
  83 var mp = this.map.shiftFrom (pos);\r
  84 if (mp != null) {\r
  85 return mp[0];\r
  86 }}return pos;\r
  87 }, "~N");\r
  88 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedWord", \r
  89 function (pos) {\r
  90 if (this.map != null) {\r
  91 var mp = this.map.shiftFrom (pos);\r
  92 if (mp != null) {\r
  93 return  Clazz.newIntArray (-1, [mp[0], mp[0] + mp[2] * (this.map.getToRatio () - 1)]);\r
  94 }}return null;\r
  95 }, "~N");\r
  96 Clazz.defineMethod (c$, "locateFeature", \r
  97 function (f) {\r
  98 if (true) {\r
  99 if (this.map != null) {\r
 100 var frange = this.map.locateInFrom (f.getBegin (), f.getEnd ());\r
 101 if (frange == null) {\r
 102 return null;\r
 103 }var vf =  new Array (Clazz.doubleToInt (frange.length / 2));\r
 104 for (var i = 0, v = 0; i < frange.length; i += 2, v++) {\r
 105 vf[v] =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (f);\r
 106 vf[v].setBegin (frange[i]);\r
 107 vf[v].setEnd (frange[i + 1]);\r
 108 if (frange.length > 2) {\r
 109 vf[v].setDescription (f.getDescription () + "\nPart " + (v + 1));\r
 110 }}\r
 111 return vf;\r
 112 }}if (false) {\r
 113 var word = this.getWord (f.getBegin ());\r
 114 if (word[0] < word[1]) {\r
 115 f.setBegin (word[0]);\r
 116 } else {\r
 117 f.setBegin (word[1]);\r
 118 }word = this.getWord (f.getEnd ());\r
 119 if (word[0] > word[1]) {\r
 120 f.setEnd (word[0]);\r
 121 } else {\r
 122 f.setEnd (word[1]);\r
 123 }}return  Clazz.newArray (-1, [f]);\r
 124 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
 125 Clazz.defineMethod (c$, "locateRange", \r
 126 function (from, to) {\r
 127 if (this.map != null) {\r
 128 if (from <= to) {\r
 129 from = (this.map.getToLowest () < from) ? from : this.map.getToLowest ();\r
 130 to = (this.map.getToHighest () > to) ? to : this.map.getToHighest ();\r
 131 if (from > to) {\r
 132 return null;\r
 133 }} else {\r
 134 from = (this.map.getToHighest () > from) ? from : this.map.getToHighest ();\r
 135 to = (this.map.getToLowest () < to) ? to : this.map.getToLowest ();\r
 136 if (from < to) {\r
 137 return null;\r
 138 }}return this.map.locateInFrom (from, to);\r
 139 }return  Clazz.newIntArray (-1, [from, to]);\r
 140 }, "~N,~N");\r
 141 Clazz.defineMethod (c$, "locateMappedRange", \r
 142 function (from, to) {\r
 143 if (this.map != null) {\r
 144 if (from <= to) {\r
 145 from = (this.map.getFromLowest () < from) ? from : this.map.getFromLowest ();\r
 146 to = (this.map.getFromHighest () > to) ? to : this.map.getFromHighest ();\r
 147 if (from > to) {\r
 148 return null;\r
 149 }} else {\r
 150 from = (this.map.getFromHighest () > from) ? from : this.map.getFromHighest ();\r
 151 to = (this.map.getFromLowest () < to) ? to : this.map.getFromLowest ();\r
 152 if (from < to) {\r
 153 return null;\r
 154 }}return this.map.locateInTo (from, to);\r
 155 }return  Clazz.newIntArray (-1, [from, to]);\r
 156 }, "~N,~N");\r
 157 Clazz.defineMethod (c$, "intersectVisContigs", \r
 158 function (viscontigs) {\r
 159 var copy =  new jalview.datamodel.Mapping (this);\r
 160 if (this.map != null) {\r
 161 var vpos = 0;\r
 162 var apos = 0;\r
 163 var toRange =  new java.util.Vector ();\r
 164 var fromRange =  new java.util.Vector ();\r
 165 for (var vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2) {\r
 166 var mpr = this.locateMappedRange (1 + viscontigs[vc], viscontigs[vc + 1] - 1);\r
 167 if (mpr != null) {\r
 168 for (var m = 0; m < mpr.length; m += 2) {\r
 169 toRange.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [mpr[m], mpr[m + 1]]));\r
 170 var xpos = this.locateRange (mpr[m], mpr[m + 1]);\r
 171 for (var x = 0; x < xpos.length; x += 2) {\r
 172 fromRange.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [xpos[x], xpos[x + 1]]));\r
 173 }\r
 174 }\r
 175 }}\r
 176 var from =  Clazz.newIntArray (fromRange.size () * 2, 0);\r
 177 var to =  Clazz.newIntArray (toRange.size () * 2, 0);\r
 178 var r;\r
 179 for (var f = 0, fSize = fromRange.size (); f < fSize; f++) {\r
 180 r = fromRange.elementAt (f);\r
 181 from[f * 2] = r[0];\r
 182 from[f * 2 + 1] = r[1];\r
 183 }\r
 184 for (var f = 0, fSize = toRange.size (); f < fSize; f++) {\r
 185 r = toRange.elementAt (f);\r
 186 to[f * 2] = r[0];\r
 187 to[f * 2 + 1] = r[1];\r
 188 }\r
 189 copy.setMap ( new jalview.util.MapList (from, to, this.map.getFromRatio (), this.map.getToRatio ()));\r
 190 }return copy;\r
 191 }, "~A");\r
 192 Clazz.defineMethod (c$, "getTo", \r
 193 function () {\r
 194 return this.to;\r
 195 });\r
 196 Clazz.defineMethod (c$, "setTo", \r
 197 function (tto) {\r
 198 this.to = tto;\r
 199 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 200 Clazz.defineMethod (c$, "finalize", \r
 201 function () {\r
 202 this.map = null;\r
 203 this.to = null;\r
 204 Clazz.superCall (this, jalview.datamodel.Mapping, "finalize", []);\r
 205 });\r
 206 Clazz.defineMethod (c$, "getCodonIterator", \r
 207 function (seq, gapChar) {\r
 208 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.Mapping.AlignedCodonIterator, this, null, seq.getSequence (), gapChar);\r
 209 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
 210 c$.$Mapping$AlignedCodonIterator$ = function () {\r
 211 Clazz.pu$h ();\r
 212 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 213 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 214 this.gap = '\0';\r
 215 this.alignedSeq = null;\r
 216 this.alignedColumn = 0;\r
 217 this.alignedBases = 0;\r
 218 this.fromRanges = null;\r
 219 this.toRanges = null;\r
 220 this.currentFromRange = null;\r
 221 this.currentToRange = null;\r
 222 this.fromPosition = 0;\r
 223 this.toPosition = 0;\r
 224 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 225 }, jalview.datamodel.Mapping, "AlignedCodonIterator", null, java.util.Iterator);\r
 226 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 227 function (a, b) {\r
 228 this.alignedSeq = a;\r
 229 this.gap = b;\r
 230 this.fromRanges = this.b$["jalview.datamodel.Mapping"].map.getFromRanges ().iterator ();\r
 231 this.toRanges = this.b$["jalview.datamodel.Mapping"].map.getToRanges ().iterator ();\r
 232 if (this.fromRanges.hasNext ()) {\r
 233 this.currentFromRange = this.fromRanges.next ();\r
 234 this.fromPosition = this.currentFromRange[0];\r
 235 }if (this.toRanges.hasNext ()) {\r
 236 this.currentToRange = this.toRanges.next ();\r
 237 this.toPosition = this.currentToRange[0];\r
 238 }}, "~A,~S");\r
 239 Clazz.defineMethod (c$, "hasNext", \r
 240 function () {\r
 241 if (this.fromRanges.hasNext ()) {\r
 242 return true;\r
 243 }if (this.currentFromRange == null || this.fromPosition >= this.currentFromRange[1]) {\r
 244 return false;\r
 245 }return true;\r
 246 });\r
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "next", \r
 248 function () {\r
 249 if (!this.hasNext ()) {\r
 250 throw  new java.util.NoSuchElementException ();\r
 251 }var a = this.getNextCodon ();\r
 252 var b = this.getAlignedCodon (a);\r
 253 var c = this.getPeptide ();\r
 254 return  new jalview.datamodel.AlignedCodon (b[0], b[1], b[2], c);\r
 255 });\r
 256 Clazz.defineMethod (c$, "getPeptide", \r
 257 ($fz = function () {\r
 258 if (this.toPosition <= this.currentToRange[1]) {\r
 259 var a = this.b$["jalview.datamodel.Mapping"].to.getSequence ()[this.toPosition - 1];\r
 260 this.toPosition++;\r
 261 return String.valueOf (a);\r
 262 }if (!this.toRanges.hasNext ()) {\r
 263 throw  new java.util.NoSuchElementException ("Ran out of peptide at position " + this.toPosition);\r
 264 }this.currentToRange = this.toRanges.next ();\r
 265 this.toPosition = this.currentToRange[0];\r
 266 return this.getPeptide ();\r
 267 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 268 Clazz.defineMethod (c$, "getNextCodon", \r
 269 ($fz = function () {\r
 270 var a =  Clazz.newIntArray (3, 0);\r
 271 var b = 0;\r
 272 while (b < 3) {\r
 273 if (this.fromPosition <= this.currentFromRange[1]) {\r
 274 a[b++] = this.fromPosition++;\r
 275 } else {\r
 276 if (!this.fromRanges.hasNext ()) {\r
 277 throw  new jalview.datamodel.IncompleteCodonException ();\r
 278 }this.currentFromRange = this.fromRanges.next ();\r
 279 this.fromPosition = this.currentFromRange[0];\r
 280 }}\r
 281 return a;\r
 282 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 283 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedCodon", \r
 284 ($fz = function (a) {\r
 285 var b =  Clazz.newIntArray (a.length, 0);\r
 286 for (var c = 0; c < a.length; c++) {\r
 287 b[c] = this.getAlignedColumn (a[c]);\r
 288 }\r
 289 return b;\r
 290 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A");\r
 291 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedColumn", \r
 292 ($fz = function (a) {\r
 293 while (this.alignedBases < a && this.alignedColumn < this.alignedSeq.length) {\r
 294 if (this.alignedSeq[this.alignedColumn++] != this.gap) {\r
 295 this.alignedBases++;\r
 296 }}\r
 297 return this.alignedColumn - 1;\r
 298 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~N");\r
 299 Clazz.overrideMethod (c$, "remove", \r
 300 function () {\r
 301 });\r
 302 c$ = Clazz.p0p ();\r
 303 };\r
 304 });\r